def save(self: "BioPlateManipulation", plate_name: str,
**kwargs) -> Optional[str]:
"""
Save BioPlate objwct to plate history database
Parameters
----------
plate_name : str
name of plate to save it in database eg : "expetiment 1"
kwargs : dict
To know kwargs see :func:`~BioPlate.database.plate_historic_db.PlateHist.add_hplate`
Returns
-------
response : str
database response for adding or updating plate historic database
"""
dbName = kwargs.get("db_hist_name")
if not dbName:
phi = PlateHist()
else:
phi = PlateHist(db_name=dbName)
well = next(BioPlateIterate(self, OnlyValue=True)).shape
numWell = well[0] * well[1]
response = phi.add_hplate(numWell, plate_name, self)
if isinstance(response, str):
return response
else:
dict_update = {"plate_name": plate_name, "plate_array": self}
return phi.update_hplate(dict_update, response, key="id")
def count_BioPlateStack(cls):
result = {}
index = 0
for plate in BioPlateIterate(cls.plate, OnlyValue=True):
if plate.name == "Plate":
result[index] = cls.count_BioPlatePlate()
pass
elif plate.name == "Inserts":
try:
result[index] = cls.count_BioPlateInserts()
except StopIteration:
break
index += 1
return result
def iterate(self: "BioPlateManipulation",
order: str = "C",
accumulate: bool = True) -> Generator:
"""
Generaror to Iterate a BioPlate instance by column or row, with ability to group value of same well
Parameters
----------
order : { 'C', 'R'}
Iterate by column (C) or by row (R)
accumulate : bool (by default True)
Group data of same well together
Yields
-------
well : tuple
each iteration contain well identifier and value(s) eg : ("B2", "value")
"""
yield from BioPlateIterate(self, order=order, accumulate=accumulate)
def __new__(cls, plate, reverse=False):
cls.plate = plate
cls.reverse = reverse
cls.plate_iterated = BioPlateIterate(plate, OnlyValue=True)
return cls.count()
def test_inserts(self):
self.assertEqual(
list(BioPlateIterate(self.inserts)),
[
("A1", "A1", ""),
("B1", "B1", ""),
("C1", "C1", ""),
("D1", "D1", ""),
("E1", "E1", ""),
("F1", "F1", ""),
("G1", "G1", ""),
("H1", "H1", ""),
("A2", "A2", ""),
("B2", "B2", ""),
("C2", "C2", ""),
("D2", "D2", ""),
("E2", "E2", ""),
("F2", "F2", ""),
("G2", "G2", ""),
("H2", "H2", ""),
("A3", "A3", ""),
("B3", "B3", ""),
("C3", "C3", ""),
("D3", "D3", ""),
("E3", "E3", ""),
("F3", "F3", ""),
("G3", "G3", ""),
("H3", "H3", ""),
("A4", "A4", ""),
("B4", "B4", ""),
("C4", "C4", ""),
("D4", "D4", ""),
("E4", "E4", ""),
("F4", "F4", ""),
("G4", "G4", ""),
("H4", "H4", ""),
("A5", "A5", ""),
("B5", "B5", ""),
("C5", "C5", ""),
("D5", "D5", ""),
("E5", "E5", ""),
("F5", "F5", ""),
("G5", "G5", ""),
("H5", "H5", ""),
("A6", "A6", ""),
("B6", "B6", ""),
("C6", "C6", ""),
("D6", "D6", ""),
("E6", "E6", ""),
("F6", "F6", ""),
("G6", "G6", ""),
("H6", "H6", ""),
("A7", "A7", ""),
("B7", "B7", ""),
("C7", "C7", ""),
("D7", "D7", ""),
("E7", "E7", ""),
("F7", "F7", ""),
("G7", "G7", ""),
("H7", "H7", ""),
("A8", "A8", ""),
("B8", "B8", ""),
("C8", "C8", ""),
("D8", "D8", ""),
("E8", "E8", ""),
("F8", "F8", ""),
("G8", "G8", ""),
("H8", "H8", ""),
("A9", "A9", ""),
("B9", "B9", ""),
("C9", "C9", ""),
("D9", "D9", ""),
("E9", "E9", ""),
("F9", "F9", ""),
("G9", "G9", ""),
("H9", "H9", ""),
("A10", "A10", ""),
("B10", "B10", ""),
("C10", "C10", ""),
("D10", "D10", ""),
("E10", "E10", ""),
("F10", "F10", ""),
("G10", "G10", ""),
("H10", "H10", ""),
("A11", "A11", ""),
("B11", "B11", ""),
("C11", "C11", ""),
("D11", "D11", ""),
("E11", "E11", ""),
("F11", "F11", ""),
("G11", "G11", ""),
("H11", "H11", ""),
("A12", "A12", ""),
("B12", "B12", ""),
("C12", "C12", ""),
("D12", "D12", ""),
("E12", "E12", ""),
("F12", "F12", ""),
("G12", "G12", ""),
("H12", "H12", ""),
],
)
self.assertEqual(
list(BioPlateIterate(self.inserts, accumulate=False)),
[
("A1", "A1"),
("B1", "B1"),
("C1", "C1"),
("D1", "D1"),
("E1", "E1"),
("F1", "F1"),
("G1", "G1"),
("H1", "H1"),
("A2", "A2"),
("B2", "B2"),
("C2", "C2"),
("D2", "D2"),
("E2", "E2"),
("F2", "F2"),
("G2", "G2"),
("H2", "H2"),
("A3", "A3"),
("B3", "B3"),
("C3", "C3"),
("D3", "D3"),
("E3", "E3"),
("F3", "F3"),
("G3", "G3"),
("H3", "H3"),
("A4", "A4"),
("B4", "B4"),
("C4", "C4"),
("D4", "D4"),
("E4", "E4"),
("F4", "F4"),
("G4", "G4"),
("H4", "H4"),
("A5", "A5"),
("B5", "B5"),
("C5", "C5"),
("D5", "D5"),
("E5", "E5"),
("F5", "F5"),
("G5", "G5"),
("H5", "H5"),
("A6", "A6"),
("B6", "B6"),
("C6", "C6"),
("D6", "D6"),
("E6", "E6"),
("F6", "F6"),
("G6", "G6"),
("H6", "H6"),
("A7", "A7"),
("B7", "B7"),
("C7", "C7"),
("D7", "D7"),
("E7", "E7"),
("F7", "F7"),
("G7", "G7"),
("H7", "H7"),
("A8", "A8"),
("B8", "B8"),
("C8", "C8"),
("D8", "D8"),
("E8", "E8"),
("F8", "F8"),
("G8", "G8"),
("H8", "H8"),
("A9", "A9"),
("B9", "B9"),
("C9", "C9"),
("D9", "D9"),
("E9", "E9"),
("F9", "F9"),
("G9", "G9"),
("H9", "H9"),
("A10", "A10"),
("B10", "B10"),
("C10", "C10"),
("D10", "D10"),
("E10", "E10"),
("F10", "F10"),
("G10", "G10"),
("H10", "H10"),
("A11", "A11"),
("B11", "B11"),
("C11", "C11"),
("D11", "D11"),
("E11", "E11"),
("F11", "F11"),
("G11", "G11"),
("H11", "H11"),
("A12", "A12"),
("B12", "B12"),
("C12", "C12"),
("D12", "D12"),
("E12", "E12"),
("F12", "F12"),
("G12", "G12"),
("H12", "H12"),
("A1", ""),
("B1", ""),
("C1", ""),
("D1", ""),
("E1", ""),
("F1", ""),
("G1", ""),
("H1", ""),
("A2", ""),
("B2", ""),
("C2", ""),
("D2", ""),
("E2", ""),
("F2", ""),
("G2", ""),
("H2", ""),
("A3", ""),
("B3", ""),
("C3", ""),
("D3", ""),
("E3", ""),
("F3", ""),
("G3", ""),
("H3", ""),
("A4", ""),
("B4", ""),
("C4", ""),
("D4", ""),
("E4", ""),
("F4", ""),
("G4", ""),
("H4", ""),
("A5", ""),
("B5", ""),
("C5", ""),
("D5", ""),
("E5", ""),
("F5", ""),
("G5", ""),
("H5", ""),
("A6", ""),
("B6", ""),
("C6", ""),
("D6", ""),
("E6", ""),
("F6", ""),
("G6", ""),
("H6", ""),
("A7", ""),
("B7", ""),
("C7", ""),
("D7", ""),
("E7", ""),
("F7", ""),
("G7", ""),
("H7", ""),
("A8", ""),
("B8", ""),
("C8", ""),
("D8", ""),
("E8", ""),
("F8", ""),
("G8", ""),
("H8", ""),
("A9", ""),
("B9", ""),
("C9", ""),
("D9", ""),
("E9", ""),
("F9", ""),
("G9", ""),
("H9", ""),
("A10", ""),
("B10", ""),
("C10", ""),
("D10", ""),
("E10", ""),
("F10", ""),
("G10", ""),
("H10", ""),
("A11", ""),
("B11", ""),
("C11", ""),
("D11", ""),
("E11", ""),
("F11", ""),
("G11", ""),
("H11", ""),
("A12", ""),
("B12", ""),
("C12", ""),
("D12", ""),
("E12", ""),
("F12", ""),
("G12", ""),
("H12", ""),
],
)
def test_stack(self):
self.assertEqual(
list(BioPlateIterate(self.stack)),
[
("A1", "A1", "A1plt1"),
("B1", "B1", "B1plt1"),
("C1", "C1", "C1plt1"),
("D1", "D1", "D1plt1"),
("E1", "E1", "E1plt1"),
("F1", "F1", "F1plt1"),
("G1", "G1", "G1plt1"),
("H1", "H1", "H1plt1"),
("A2", "A2", "A2plt1"),
("B2", "B2", "B2plt1"),
("C2", "C2", "C2plt1"),
("D2", "D2", "D2plt1"),
("E2", "E2", "E2plt1"),
("F2", "F2", "F2plt1"),
("G2", "G2", "G2plt1"),
("H2", "H2", "H2plt1"),
("A3", "A3", "A3plt1"),
("B3", "B3", "B3plt1"),
("C3", "C3", "C3plt1"),
("D3", "D3", "D3plt1"),
("E3", "E3", "E3plt1"),
("F3", "F3", "F3plt1"),
("G3", "G3", "G3plt1"),
("H3", "H3", "H3plt1"),
("A4", "A4", "A4plt1"),
("B4", "B4", "B4plt1"),
("C4", "C4", "C4plt1"),
("D4", "D4", "D4plt1"),
("E4", "E4", "E4plt1"),
("F4", "F4", "F4plt1"),
("G4", "G4", "G4plt1"),
("H4", "H4", "H4plt1"),
("A5", "A5", "A5plt1"),
("B5", "B5", "B5plt1"),
("C5", "C5", "C5plt1"),
("D5", "D5", "D5plt1"),
("E5", "E5", "E5plt1"),
("F5", "F5", "F5plt1"),
("G5", "G5", "G5plt1"),
("H5", "H5", "H5plt1"),
("A6", "A6", "A6plt1"),
("B6", "B6", "B6plt1"),
("C6", "C6", "C6plt1"),
("D6", "D6", "D6plt1"),
("E6", "E6", "E6plt1"),
("F6", "F6", "F6plt1"),
("G6", "G6", "G6plt1"),
("H6", "H6", "H6plt1"),
("A7", "A7", "A7plt1"),
("B7", "B7", "B7plt1"),
("C7", "C7", "C7plt1"),
("D7", "D7", "D7plt1"),
("E7", "E7", "E7plt1"),
("F7", "F7", "F7plt1"),
("G7", "G7", "G7plt1"),
("H7", "H7", "H7plt1"),
("A8", "A8", "A8plt1"),
("B8", "B8", "B8plt1"),
("C8", "C8", "C8plt1"),
("D8", "D8", "D8plt1"),
("E8", "E8", "E8plt1"),
("F8", "F8", "F8plt1"),
("G8", "G8", "G8plt1"),
("H8", "H8", "H8plt1"),
("A9", "A9", "A9plt1"),
("B9", "B9", "B9plt1"),
("C9", "C9", "C9plt1"),
("D9", "D9", "D9plt1"),
("E9", "E9", "E9plt1"),
("F9", "F9", "F9plt1"),
("G9", "G9", "G9plt1"),
("H9", "H9", "H9plt1"),
("A10", "A10", "A10plt1"),
("B10", "B10", "B10plt1"),
("C10", "C10", "C10plt1"),
("D10", "D10", "D10plt1"),
("E10", "E10", "E10plt1"),
("F10", "F10", "F10plt1"),
("G10", "G10", "G10plt1"),
("H10", "H10", "H10plt1"),
("A11", "A11", "A11plt1"),
("B11", "B11", "B11plt1"),
("C11", "C11", "C11plt1"),
("D11", "D11", "D11plt1"),
("E11", "E11", "E11plt1"),
("F11", "F11", "F11plt1"),
("G11", "G11", "G11plt1"),
("H11", "H11", "H11plt1"),
("A12", "A12", "A12plt1"),
("B12", "B12", "B12plt1"),
("C12", "C12", "C12plt1"),
("D12", "D12", "D12plt1"),
("E12", "E12", "E12plt1"),
("F12", "F12", "F12plt1"),
("G12", "G12", "G12plt1"),
("H12", "H12", "H12plt1"),
],
)
self.assertEqual(
list(BioPlateIterate(self.stack, order="C")),
[
("A1", "A1", "A1plt1"),
("B1", "B1", "B1plt1"),
("C1", "C1", "C1plt1"),
("D1", "D1", "D1plt1"),
("E1", "E1", "E1plt1"),
("F1", "F1", "F1plt1"),
("G1", "G1", "G1plt1"),
("H1", "H1", "H1plt1"),
("A2", "A2", "A2plt1"),
("B2", "B2", "B2plt1"),
("C2", "C2", "C2plt1"),
("D2", "D2", "D2plt1"),
("E2", "E2", "E2plt1"),
("F2", "F2", "F2plt1"),
("G2", "G2", "G2plt1"),
("H2", "H2", "H2plt1"),
("A3", "A3", "A3plt1"),
("B3", "B3", "B3plt1"),
("C3", "C3", "C3plt1"),
("D3", "D3", "D3plt1"),
("E3", "E3", "E3plt1"),
("F3", "F3", "F3plt1"),
("G3", "G3", "G3plt1"),
("H3", "H3", "H3plt1"),
("A4", "A4", "A4plt1"),
("B4", "B4", "B4plt1"),
("C4", "C4", "C4plt1"),
("D4", "D4", "D4plt1"),
("E4", "E4", "E4plt1"),
("F4", "F4", "F4plt1"),
("G4", "G4", "G4plt1"),
("H4", "H4", "H4plt1"),
("A5", "A5", "A5plt1"),
("B5", "B5", "B5plt1"),
("C5", "C5", "C5plt1"),
("D5", "D5", "D5plt1"),
("E5", "E5", "E5plt1"),
("F5", "F5", "F5plt1"),
("G5", "G5", "G5plt1"),
("H5", "H5", "H5plt1"),
("A6", "A6", "A6plt1"),
("B6", "B6", "B6plt1"),
("C6", "C6", "C6plt1"),
("D6", "D6", "D6plt1"),
("E6", "E6", "E6plt1"),
("F6", "F6", "F6plt1"),
("G6", "G6", "G6plt1"),
("H6", "H6", "H6plt1"),
("A7", "A7", "A7plt1"),
("B7", "B7", "B7plt1"),
("C7", "C7", "C7plt1"),
("D7", "D7", "D7plt1"),
("E7", "E7", "E7plt1"),
("F7", "F7", "F7plt1"),
("G7", "G7", "G7plt1"),
("H7", "H7", "H7plt1"),
("A8", "A8", "A8plt1"),
("B8", "B8", "B8plt1"),
("C8", "C8", "C8plt1"),
("D8", "D8", "D8plt1"),
("E8", "E8", "E8plt1"),
("F8", "F8", "F8plt1"),
("G8", "G8", "G8plt1"),
("H8", "H8", "H8plt1"),
("A9", "A9", "A9plt1"),
("B9", "B9", "B9plt1"),
("C9", "C9", "C9plt1"),
("D9", "D9", "D9plt1"),
("E9", "E9", "E9plt1"),
("F9", "F9", "F9plt1"),
("G9", "G9", "G9plt1"),
("H9", "H9", "H9plt1"),
("A10", "A10", "A10plt1"),
("B10", "B10", "B10plt1"),
("C10", "C10", "C10plt1"),
("D10", "D10", "D10plt1"),
("E10", "E10", "E10plt1"),
("F10", "F10", "F10plt1"),
("G10", "G10", "G10plt1"),
("H10", "H10", "H10plt1"),
("A11", "A11", "A11plt1"),
("B11", "B11", "B11plt1"),
("C11", "C11", "C11plt1"),
("D11", "D11", "D11plt1"),
("E11", "E11", "E11plt1"),
("F11", "F11", "F11plt1"),
("G11", "G11", "G11plt1"),
("H11", "H11", "H11plt1"),
("A12", "A12", "A12plt1"),
("B12", "B12", "B12plt1"),
("C12", "C12", "C12plt1"),
("D12", "D12", "D12plt1"),
("E12", "E12", "E12plt1"),
("F12", "F12", "F12plt1"),
("G12", "G12", "G12plt1"),
("H12", "H12", "H12plt1"),
],
)
self.assertEqual(
list(BioPlateIterate(self.stack, order="C", accumulate=False)),
[
("A1", "A1"),
("B1", "B1"),
("C1", "C1"),
("D1", "D1"),
("E1", "E1"),
("F1", "F1"),
("G1", "G1"),
("H1", "H1"),
("A2", "A2"),
("B2", "B2"),
("C2", "C2"),
("D2", "D2"),
("E2", "E2"),
("F2", "F2"),
("G2", "G2"),
("H2", "H2"),
("A3", "A3"),
("B3", "B3"),
("C3", "C3"),
("D3", "D3"),
("E3", "E3"),
("F3", "F3"),
("G3", "G3"),
("H3", "H3"),
("A4", "A4"),
("B4", "B4"),
("C4", "C4"),
("D4", "D4"),
("E4", "E4"),
("F4", "F4"),
("G4", "G4"),
("H4", "H4"),
("A5", "A5"),
("B5", "B5"),
("C5", "C5"),
("D5", "D5"),
("E5", "E5"),
("F5", "F5"),
("G5", "G5"),
("H5", "H5"),
("A6", "A6"),
("B6", "B6"),
("C6", "C6"),
("D6", "D6"),
("E6", "E6"),
("F6", "F6"),
("G6", "G6"),
("H6", "H6"),
("A7", "A7"),
("B7", "B7"),
("C7", "C7"),
("D7", "D7"),
("E7", "E7"),
("F7", "F7"),
("G7", "G7"),
("H7", "H7"),
("A8", "A8"),
("B8", "B8"),
("C8", "C8"),
("D8", "D8"),
("E8", "E8"),
("F8", "F8"),
("G8", "G8"),
("H8", "H8"),
("A9", "A9"),
("B9", "B9"),
("C9", "C9"),
("D9", "D9"),
("E9", "E9"),
("F9", "F9"),
("G9", "G9"),
("H9", "H9"),
("A10", "A10"),
("B10", "B10"),
("C10", "C10"),
("D10", "D10"),
("E10", "E10"),
("F10", "F10"),
("G10", "G10"),
("H10", "H10"),
("A11", "A11"),
("B11", "B11"),
("C11", "C11"),
("D11", "D11"),
("E11", "E11"),
("F11", "F11"),
("G11", "G11"),
("H11", "H11"),
("A12", "A12"),
("B12", "B12"),
("C12", "C12"),
("D12", "D12"),
("E12", "E12"),
("F12", "F12"),
("G12", "G12"),
("H12", "H12"),
("A1", "A1plt1"),
("B1", "B1plt1"),
("C1", "C1plt1"),
("D1", "D1plt1"),
("E1", "E1plt1"),
("F1", "F1plt1"),
("G1", "G1plt1"),
("H1", "H1plt1"),
("A2", "A2plt1"),
("B2", "B2plt1"),
("C2", "C2plt1"),
("D2", "D2plt1"),
("E2", "E2plt1"),
("F2", "F2plt1"),
("G2", "G2plt1"),
("H2", "H2plt1"),
("A3", "A3plt1"),
("B3", "B3plt1"),
("C3", "C3plt1"),
("D3", "D3plt1"),
("E3", "E3plt1"),
("F3", "F3plt1"),
("G3", "G3plt1"),
("H3", "H3plt1"),
("A4", "A4plt1"),
("B4", "B4plt1"),
("C4", "C4plt1"),
("D4", "D4plt1"),
("E4", "E4plt1"),
("F4", "F4plt1"),
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],
)
def test_plt_onlyvalue(self):
np.array_equal([self.plt[1:, 1:]],
list(BioPlateIterate(self.plt, OnlyValue=True)))