Skip to content

zmactep/ig-pipeline

Folders and files

NameName
Last commit message
Last commit date

Latest commit

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Repository files navigation

ig-pipeline

Зависимости

Для тулов и базы необходимы:

  1. BioPython

  2. scipy/numpy

  3. matplotlib

  4. clustalo

  5. MySQLdb для python3

  6. Зависимости в ig-frontend/requirements.txt

  7. GCC от 4.7 и выше. Перед сборкой нужно убедиться, что в ig-tools/ig-snooper/svm_data_generator скрипт ./rebuild_all.sh отработает без ошибок - это будет означать, что нужные библиотеки/компиляторы для C++ в системе есть.

  8. protoc 2.4.1 (protobuf compiler)

  9. Что-то еще, что нужно будет дописать сюда

Все проверялось только с python3

Подготовка базы

  1. Для MySQL выполнить скрипт ig-db/create_db.sql до строки "after syncdb"

  2. Выполнить "python manage.py syncdb" и "python manage.py syncdb --database=ig" в ./ig-frontend

  3. Выполнить в скрипте ig-db/create_db.sql команды после "after syncdb"

Подготовка конфигов

  1. В ig-config/* необходимо прописать правильные настройки подключения к базе и правильный storage_root

Установка

  1. В директории ./pkgbuild запустить скрипт build_all.sh

  2. Там же запустить install_all.sh от root

В дальнейшем, при перезаливке сервера нужно будет лишь выполнять шаги раздела "Установка".

About

No description, website, or topics provided.

Resources

Stars

Watchers

Forks

Releases

No releases published

Packages

No packages published

Contributors 4

  •  
  •  
  •  
  •