Ejemplos de uclust_search_and_align_from_fasta_filepath en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_uclust.py Proyecto: biocore/burrito-fillings

    def test_uclust_search_and_align_from_fasta_filepath(self):
        """ uclust_search_and_align_from_fasta_filepath functions as expected """
        # rev comp matches allowed (default)
        actual = list(uclust_search_and_align_from_fasta_filepath(
            self.search_align_query1_fp, self.search_align_template1_fp))
        self.assertEqual(actual, self.search_align_out1_expected)

        # rev comp matches not allowed
        actual = list(uclust_search_and_align_from_fasta_filepath(
            self.search_align_query1_fp, self.search_align_template1_fp,
            enable_rev_strand_matching=False))
        self.assertEqual(actual, self.search_align_out1_expected[:2])

Ejemplo n.º 2

Archivo: test_uclust.py Proyecto: biocore/burrito-fillings

 def test_uclust_search_and_align_from_fasta_filepath_protein(self):
     """ uclust_search_and_align_from_fasta_filepath functions with protein """
     # rev comp matches allowed (default)
     actual = list(uclust_search_and_align_from_fasta_filepath(
         self.search_align_query2_fp, self.search_align_template2_fp))
     self.assertEqual(actual, self.search_align_out2_expected)