Ejemplos de GFFNode en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: test_gff.py Proyecto: yuzhenpeng/find_cns

def test_gff_node():

    node_gen = GFFNode.yield_nodes(GFF)
    n = node_gen.next()
    assert len(n.nodes) == 0

    n = node_gen.next()
    assert n.parent.start == 3631, n.parent
    assert len(list(n.nodes)) == 12, list(n.nodes)

    n = node_gen.next()
    assert n.parent.attrs["ID"] == "thaliana_1_6160_6269", n.parent

    n = node_gen.next()
    assert n.parent.end == 8737, n.parent

Ejemplo n.º 2

Archivo: test_gff.py Proyecto: gturco/find_cns

def test_gff_node():

    node_gen = GFFNode.yield_nodes(GFF)
    n = node_gen.next()
    assert len(n.nodes) == 0

    n = node_gen.next()
    assert n.parent.start == 3631, n.parent
    assert len(list(n.nodes)) == 12, list(n.nodes)

    n = node_gen.next()
    assert n.parent.attrs["ID"] == "thaliana_1_6160_6269", n.parent

    n = node_gen.next()
    assert n.parent.end == 8737, n.parent

Ejemplo n.º 3

Archivo: test_gff.py Proyecto: yuzhenpeng/find_cns

def test_gff_line():
    line_gen = GFFNode.yield_nodes(GFF)

Ejemplo n.º 4

Archivo: test_gff.py Proyecto: yuzhenpeng/find_cns

def test_gff_all():
    for f in GFFNode.yield_nodes(GFF):
        pass

Ejemplo n.º 5

Archivo: test_gff.py Proyecto: gturco/find_cns

def test_gff_line():
    line_gen = GFFNode.yield_nodes(GFF)

Ejemplo n.º 6

Archivo: test_gff.py Proyecto: gturco/find_cns

def test_gff_all():
    for f in GFFNode.yield_nodes(GFF): pass