def post(self):
oligoz_args = {
'infile': self.request.get('fasta', default_value=''),
'extraL': self.request.get('extraL', default_value=''),
'extraR': self.request.get('extraR', default_value=''),
'approx': self.request.get('approx', default_value=False)
}
is_allpairs = self.request.get('allpairs', default_value=False)
pairs = oligoz.fasta_search(
oligoz_args['infile'],
extraL = oligoz_args['extraL'],
extraR = oligoz_args['extraR'],
approx = oligoz_args['approx']
)
oligoz_out = oligoz.main(pairs, allpairs=is_allpairs)
template_values = { 'oligos': oligoz_out }
template = jinja_environment.get_template('index.html')
self.response.out.write(template.render(template_values))
def test_fasta_search(self):
print oligoz.fasta_search(open('seq.fasta'),
extraL='GATAGG', extraR='GAGAG')
def test_fasta_search(self):
print oligoz.fasta_search(open('seq.fasta'))