def showSegmentation(
segmentation,
voxelsize_mm=np.ones([3, 1]),
degrad=4,
label=1,
smoothing=True
):
"""
Funkce vrací trojrozměrné porobné jako data['segmentation']
v data['slab'] je popsáno, co která hodnota znamená
"""
labels = []
segmentation = segmentation[::degrad, ::degrad, ::degrad]
# import pdb; pdb.set_trace()
mesh_data = seg2fem.gen_mesh_from_voxels_mc(segmentation, voxelsize_mm*degrad)
if smoothing:
mesh_data.coors = seg2fem.smooth_mesh(mesh_data)
else:
mesh_data = seg2fem.gen_mesh_from_voxels_mc(segmentation, voxelsize_mm * 1.0e-2)
# mesh_data.coors +=
vtk_file = "mesh_geom.vtk"
mesh_data.write(vtk_file)
QApplication(sys.argv)
view = viewer.QVTKViewer(vtk_file)
view.exec_()
return labels
def showSegmentation(segmentation,
voxelsize_mm=np.ones([3, 1]),
degrad=4,
label=1,
smoothing=True):
"""
Funkce vrací trojrozměrné porobné jako data['segmentation']
v data['slab'] je popsáno, co která hodnota znamená
"""
labels = []
segmentation = segmentation[::degrad, ::degrad, ::degrad]
# import pdb; pdb.set_trace()
mesh_data = seg2fem.gen_mesh_from_voxels_mc(segmentation,
voxelsize_mm * degrad)
if smoothing:
mesh_data.coors = seg2fem.smooth_mesh(mesh_data)
else:
mesh_data = seg2fem.gen_mesh_from_voxels_mc(segmentation,
voxelsize_mm * 1.0e-2)
# mesh_data.coors +=
vtk_file = "mesh_geom.vtk"
mesh_data.write(vtk_file)
QApplication(sys.argv)
view = viewer.QVTKViewer(vtk_file)
view.exec_()
return labels
def smoothMesh(self):
from seg2fem import gen_mesh_from_voxels_mc, smooth_mesh
self.statusBar().showMessage('Smoothing mesh...')
QApplication.processEvents()
if self.mesh_smooth_method == 'marching cubes':
self.mesh_data = gen_mesh_from_voxels_mc(self.segmentation_data,
self.voxel_sizemm * 1.0e-3)
self.mesh_data.coors += self.dcm_offsetmm.reshape((1,3)) * 1.0e-3
elif self.mesh_smooth_method == 'taubin':
mid = self.rbtng_mesh_mesh.checkedId()
if mid == 'v':
volume_corr=True
else:
volume_corr=False
self.mesh_data.coors = smooth_mesh(self.mesh_data,
n_iter=10, lam=0.6307, mu=-0.6347,
volume_corr=volume_corr)
self.setLabelText(self.text_mesh_data, '%d %s, smooth method - %s'\
% (self.mesh_data.n_el,
elem_tab[self.mesh_data.descs[0]],
self.mesh_smooth_method))
self.statusBar().showMessage('Ready')
def liver_cut(self):
'''
Pokud není zvolené kriterium pro provádění resekční linie, program zahlásí chybu
'''
if (self.planew == None) & (self.cut_point == None):
self.info_text.appendPlainText (_fromUtf8("Neexistuje rovina řezu"))
self.info_text.appendPlainText (_fromUtf8('Nejdříve vytvořte rovinu(Plane), nebo bod(Point)'))
'''
Pokud je zvoleno jako resekční kritérium rovina spustí se metoda Rez_podle_roviny ze skriptu virtual_resection
'''
if self.planew != None:
self.info_text.appendPlainText (_fromUtf8("Provádění řezu. Prosím čekejte"))
data_z_resekce,odstraneni_procenta = virtual_resection.Rez_podle_roviny(self.planew,self.segment,self.new_vox)
'''
Zde se provádí výpis velikosti (v procentech) odříznuté části jater do editoru pro uživatele
Pokud je z jater odříznuto příliš mnoho, algoritmus někdy přepočítá jejich hodnotu nad hranici sta procent, proto
je to zde ošetřeno podmínkou
'''
if (odstraneni_procenta > 100):
self.liver_text.appendPlainText(_fromUtf8("Odstraněno příliš mnoho. Nelze spočítat"))
else:
self.liver_text.appendPlainText(_fromUtf8("Bylo ostraněno cca "+str(odstraneni_procenta)+" % jater"))
'''
Zde je vypnuta vytvořená rovina, což je provedeno z toho důvodu, aby mohlo být prováděno více řezů za sebou
'''
self.planew.Off()
'''
Pokud je zvoleno jako resekční kritérium bod spustí metoda. Tato metoda nejdříve vytvoří metici nul o stejné velikosti jako je matice
původních dat. V této matici je na pozici bodu, který zvolí uživatel nula naahrazena jedničkou. Celá tato matice je společně s maticí
původních dat předána resekčnímu algoritmu podle bodu ze skriptu virtual_resection
'''
if self.cut_point != None:
self.info_text.appendPlainText (_fromUtf8("Provádění řezu. Prosím čekejte"))
pozice = self.cut_point.GetPosition()
self.data['data3d'] = self.data['data3d'][::self.degrad,::self.degrad,::self.degrad]
seeds = np.zeros((self.data['segmentation'].shape[0],(self.data['segmentation'].shape[1]),(self.data['segmentation'].shape[2])))
seeds[pozice[0]/self.new_vox[0]][pozice[1]/self.new_vox[1]][pozice[2]/self.new_vox[2]] = 1
self.data = virtual_resection.Resekce_podle_bodu(self.data,seeds)
data_z_resekce = self.data['segmentation'] == self.data['slab']['liver']
self.cut_point.Off()
'''
Následně je vytvořen soubor VTK obsahující část jater, bez uříznuté části.
'''
mesh_data = seg2fem.gen_mesh_from_voxels_mc(data_z_resekce, self.new_vox)
if True:
for x in xrange (15):
mesh_data.coors = seg2fem.smooth_mesh(mesh_data)
print("Done")
self.planew = None
self.cut_point = None
vtk_file = "mesh_new.vtk"
mesh_data.write(vtk_file)
self.View(vtk_file)
def generate_mesh(self,segmentation,voxelsize_mm):
self.segment = segmentation
print("Generuji data...")
self.voxelsize_mm = voxelsize_mm
'''
Nahrazuje původní velikost voxelu, velikostí vexoelů zvětšenou o hodnotu degradace
'''
self.new_vox = voxelsize_mm * self.degrad
'''
Zde je použita metoda ze skriptu seg2fem, která ze zadaných dat a velikosti voxelu vytvoří vtk soubor
Data se před vytvořením vtk souboru ještě vyhlazují,aby měla hladší povrch
Výsledný soubor je uložen pod názvem mesh_new.vtk
'''
mesh_data = seg2fem.gen_mesh_from_voxels_mc(self.segment, self.new_vox)
if True:
for x in xrange (50):
mesh_data.coors = seg2fem.smooth_mesh(mesh_data)
print("Done")
vtk_file = "mesh_new.vtk"
mesh_data.write(vtk_file)
return vtk_file