# set the name of the selection to return.

if selName == None:

rSelName = "foundSeq" + str(random.randint(0, 32000))

selName = rSelName

elif selName == "sele":

rSelName = "sele"

else:

rSelName = selName

# input checking

if not checkParams(needle, haystack, selName, het, firstOnly):

print "There was an error with a parameter. Please see"

print "the above error message for how to fix it."

return None

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'T6A': 'A', 'TA3': 'T', 'TA4': 'X', 'TAF': 'T', 'TAL': 'N',

'TAV': 'D', 'TBG': 'V', 'TBM': 'T', 'TC1': 'C', 'TCP': 'T',

'TCQ': 'X', 'TCR': 'W', 'TCY': 'A', 'TDD': 'L', 'TDY': 'T',

'TFE': 'T', 'TFO': 'A', 'TFQ': 'F', 'TFT': 'T', 'TGP': 'G',

'TH6': 'T', 'THC': 'T', 'THO': 'X', 'THR': 'T', 'THX': 'N',

'THZ': 'R', 'TIH': 'A', 'TLB': 'N', 'TLC': 'T', 'TLN': 'U',

'TMB': 'T', 'TMD': 'T', 'TNB': 'C', 'TNR': 'S', 'TOX': 'W',

'TP1': 'T', 'TPC': 'C', 'TPG': 'G', 'TPH': 'X', 'TPL': 'W',

'TPO': 'T', 'TPQ': 'Y', 'TQQ': 'W', 'TRF': 'W', 'TRG': 'K',

'TRN': 'W', 'TRO': 'W', 'TRP': 'W', 'TRQ': 'W', 'TRW': 'W',

'TRX': 'W', 'TS ': 'N', 'TST': 'X', 'TT ': 'N', 'TTD': 'T',

'TTI': 'U', 'TTM': 'T', 'TTQ': 'W', 'TTS': 'Y', 'TY2': 'Y',

'TY3': 'Y', 'TYB': 'Y', 'TYI': 'Y', 'TYN': 'Y', 'TYO': 'Y',

'TYQ': 'Y', 'TYR': 'Y', 'TYS': 'Y', 'TYT': 'Y', 'TYU': 'N',

'TYX': 'X', 'TYY': 'Y', 'TZB': 'X', 'TZO': 'X', 'U ': 'U',

'U25': 'U', 'U2L': 'U', 'U2N': 'U', 'U2P': 'U', 'U31': 'U',

'U33': 'U', 'U34': 'U', 'U36': 'U', 'U37': 'U', 'U8U': 'U',

'UAR': 'U', 'UCL': 'U', 'UD5': 'U', 'UDP': 'N', 'UFP': 'N',

'UFR': 'U', 'UFT': 'U', 'UMA': 'A', 'UMP': 'U', 'UMS': 'U',

'UN1': 'X', 'UN2': 'X', 'UNK': 'X', 'UR3': 'U', 'URD': 'U',

'US1': 'U', 'US2': 'U', 'US3': 'T', 'US5': 'U', 'USM': 'U',

'V1A': 'C', 'VAD': 'V', 'VAF': 'V', 'VAL': 'V', 'VB1': 'K',

'VDL': 'X', 'VLL': 'X', 'VLM': 'X', 'VMS': 'X', 'VOL': 'X',

'X ': 'G', 'X2W': 'E', 'X4A': 'N', 'X9Q': 'AFG', 'XAD': 'A',

'XAE': 'N', 'XAL': 'A', 'XAR': 'N', 'XCL': 'C', 'XCP': 'X',

'XCR': 'C', 'XCS': 'N', 'XCT': 'C', 'XCY': 'C', 'XGA': 'N',

'XGL': 'G', 'XGR': 'G', 'XGU': 'G', 'XTH': 'T', 'XTL': 'T',

'XTR': 'T', 'XTS': 'G', 'XTY': 'N', 'XUA': 'A', 'XUG': 'G',

'XX1': 'K', 'XXY': 'THG', 'XYG': 'DYG', 'Y ': 'A', 'YCM': 'C',

'YG ': 'G', 'YOF': 'Y', 'YRR': 'N', 'YYG': 'G', 'Z ': 'C',

'ZAD': 'A', 'ZAL': 'A', 'ZBC': 'C', 'ZCY': 'C', 'ZDU': 'U',

'ZFB': 'X', 'ZGU': 'G', 'ZHP': 'N', 'ZTH': 'T', 'ZZJ': 'A'}

# remove hetero atoms (waters/ligands/etc) from consideration?

if het:

cmd.select("__h", "br. " + haystack)

else:

cmd.select("__h", "br. " + haystack + " and not het")

# get the AAs in the haystack

aaDict = {'aaList': []}

cmd.iterate("(name ca) and __h", "aaList.append((resi,resn,chain))", space=aaDict)

IDs = map(lambda x: int(x[0]), aaDict['aaList'])

AAs = ''.join(map(lambda x: one_letter[x[1]], aaDict['aaList']))

chains = [x[2] for x in aaDict['aaList']]

reNeedle = re.compile(needle.upper())

it = reNeedle.finditer(AAs)

# make an empty selection to which we add residues

cmd.select(rSelName, 'None')

for i in it:

(start, stop) = i.span()

# we found some residues, which chains are they from?

i_chains = chains[start:stop]

# are all residues from one chain?

if len(set(i_chains)) != 1:

# now they are not, this match is not really a match, skip it

continue

chain = i_chains[0]

cmd.select(rSelName, rSelName + " or (__h and i. " + str(IDs[start]) + "-" + str(IDs[stop - 1]) + " and c. " + chain + " )")

if int(firstOnly):

break

cmd.delete("__h")

"""

This is just a helper function for checking the user input

"""

# check Needle

if len(needle) == 0 or type(needle) != types.StringType:

print "Error: Please provide a string 'needle' to search for."

print "Error: For help type 'help motifFinder'."

return False

# check Haystack

if len(haystack) == 0 or type(haystack) != types.StringType:

print "Error: Please provide valid PyMOL object or selection name"

print "Error: in which to search."

print "Error: For help type 'help motifFinder'."

return False

# check het

try:

het = bool(int(het))

except ValueError:

print "Error: The 'het' parameter was not 0 or 1."

return False

# check first Only

try:

firstOnly = bool(int(het))

except ValueError:

print "Error: The 'firstOnly' parameter was not 0 or 1."

return False

# check selName

if type(selName) != types.StringType:

print "Error: selName was not a string."

return False