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# -*- coding: utf-8 -*-
"""
/***************************************************************************
metriquePhenologique
A QGIS plugin
calcul de metrique phenologique et pretraitement
-------------------
begin : 2016-04-29
git sha : $Format:%H$
copyright : (C) 2016 by Dian
email : bah.mamadian@yahoo.fr
***************************************************************************/
/***************************************************************************
* *
* This program is free software; you can redistribute it and/or modify *
* it under the terms of the GNU General Public License as published by *
* the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or *
* (at your option) any later version. *
* *
***************************************************************************/
"""
from PyQt4.QtCore import QSettings, QTranslator, qVersion, QCoreApplication,Qt
from PyQt4.QtGui import QAction, QIcon,QWidget, QPushButton, QApplication, QFileDialog, QMessageBox
from qgis.core import QgsMessageLog
from PyQt4 import QtGui
# Initialize Qt resources from file resources.py
import resources
# Import the code for the dialog
from metrique_phenologique_dialog import metriquePhenologiqueDialog
import os
import os.path
from interpo_lineaire_DOY16jours import interpo_lineaire_DOY16jours
from decoupage_et_serie_temporelle import decoupage_et_serie_temporelle
from function_data_raster import*
from metriquePheno import metrique_pheno_Tang,metrique_pheno_vito,metrique_pheno_greenbrown,metrique_pheno_param
from clip import *
from scipy.signal import savgol_filter
from scipy import interpolate
from whittaker import whittaker
class metriquePhenologique:
"""QGIS Plugin Implementation."""
def __init__(self, iface):
"""Constructor.
:param iface: An interface instance that will be passed to this class
which provides the hook by which you can manipulate the QGIS
application at run time.
:type iface: QgsInterface
"""
# Save reference to the QGIS interface
self.iface = iface
# initialize plugin directory
self.plugin_dir = os.path.dirname(__file__)
# initialize locale
locale = QSettings().value('locale/userLocale')[0:2]
locale_path = os.path.join(
self.plugin_dir,
'i18n',
'metriquePhenologique_{}.qm'.format(locale))
if os.path.exists(locale_path):
self.translator = QTranslator()
self.translator.load(locale_path)
if qVersion() > '4.3.3':
QCoreApplication.installTranslator(self.translator)
# Create the dialog (after translation) and keep reference
self.dlg = metriquePhenologiqueDialog()
QApplication.restoreOverrideCursor()
# Declare instance attributes
self.actions = []
self.menu = self.tr(u'&pretraitement et pheno')
# TODO: We are going to let the user set this up in a future iteration
self.toolbar = self.iface.addToolBar(u'metriquePhenologique')
self.toolbar.setObjectName(u'metriquePhenologique')
self.dlg.pushButton_cheminNDVI.clicked.connect(self.accesRepertoireNdvi)
self.dlg.pushButton_cheminDOY.clicked.connect(self.accesRepertoireDoy)
self.dlg.pushButton_cheminOut.clicked.connect(self.accesCheminSave)
self.dlg.pushButton_cheminNDVI_metrique.clicked.connect(self.accesRepertoireNdviMetrique)
self.dlg.pushButton_cheminNDVI_metrique_fichier.clicked.connect(self.accesFichierNdviMetriqueMultiannuelle)
self.dlg.pushButton_cheminOut_metrique.clicked.connect(self.accesCheminSaveMetrique)
self.dlg.pushButton_cheminZoneEtudes.clicked.connect(self.accesZoneEtudes)
self.dlg.pushButton_execution.clicked.connect(self.active_progressbar,1)
self.dlg.pushButton_execution.clicked.connect(self.validation)
self.dlg.pushButton_execution_metrique.clicked.connect(self.active_progressbar_metrique,1)
self.dlg.pushButton_execution_metrique.clicked.connect(self.validationMetrique)
self.dlg.radioButton_DOY.clicked.connect(self.selectionDOY)
self.dlg.radioButton_NDVI.clicked.connect(self.selectionNDVI)
self.dlg.radioButton_default.clicked.connect(self.selectionDefault)
self.dlg.radioButton_seuil.clicked.connect(self.selectionSeuil)
self.dlg.MOD13Q1.currentChanged[int].connect(self.choixTab)
#permet de réaliser une tache en fonction de l'option de pretraitement choisie
self.dlg.outilPretraitement.currentChanged[int].connect(self.choix)
def choixTab(self,index):
"""
Permet de gerer les differentes options déja choisies par l'utilisateur ou les paramètres par défaut
"""
if self.dlg.radioButton_default.isChecked():
self.dlg.frame_seuil.setEnabled(0)
if self.dlg.radioButton_seuil.isChecked():
self.dlg.frame_seuil.setEnabled(1)
def choix(self,index):
"""
permet de réaliser une tache en fonction de l'option de prétraitement choisie
"""
if self.dlg.outilPretraitement.currentIndex()==1:
self.dlg.cheminDOY.setEnabled(1)
self.dlg.cheminNDVI.setEnabled(1)
self.dlg.pushButton_cheminDOY.setEnabled(1)
self.dlg.pushButton_cheminNDVI.setEnabled(1)
if self.dlg.outilPretraitement.currentIndex()==0:
if self.dlg.radioButton_DOY.isChecked():
self.dlg.cheminNDVI.clear()
self.dlg.cheminNDVI.setEnabled(0)
self.dlg.pushButton_cheminNDVI.setEnabled(0)
self.dlg.cheminDOY.setEnabled(1)
if self.dlg.radioButton_NDVI.isChecked():
self.dlg.cheminDOY.clear()
self.dlg.cheminDOY.setEnabled(0)
self.dlg.pushButton_cheminDOY.setEnabled(0)
self.dlg.cheminNDVI.setEnabled(1)
if self.dlg.outilPretraitement.currentIndex()==2:
self.dlg.cheminDOY.clear()
self.dlg.cheminDOY.setEnabled(0)
self.dlg.cheminNDVI.setEnabled(1)
self.dlg.pushButton_cheminDOY.setEnabled(0)
def accesRepertoireNdvi(self):
"""! \brief cette fonction permet de selectionner le lien du répertoire
dans lequel se trouve le NDVI
"""
ndviPath = QFileDialog.getExistingDirectory(self.dlg,u'Repertoire du NDVI','.')
if ndviPath:
self.dlg.cheminNDVI.setText(ndviPath)
def accesRepertoireNdviMetrique(self):
"""
cette fonction permet de selectionner le lien du répertoire
dans lequel se trouve le NDVI
"""
ndviPath = QFileDialog.getExistingDirectory(self.dlg,u'Répertoire du NDVI','.')
if ndviPath:
self.dlg.cheminNDVI_metrique.setText(ndviPath)
def accesFichierNdviMetriqueMultiannuelle(self):
"""
!\brief cette fonction permet de selectionner le lien du repertoire
dans lequel se trouve le NDVI
"""
ndviPath = QFileDialog.getOpenFileName(self.dlg,
u"Ouvrir le fichier NDVI multiannuelle",
u"/home/puiseux/images",
u"Images (*.tif )")
if ndviPath:
self.dlg.cheminNDVI_metriqueFichier.setText(ndviPath)
def accesRepertoireDoy(self):
"""
cette fonction permet de selectionner le lien du repertoire
dans lequel se trouve le DOY
"""
doyPath = QFileDialog.getExistingDirectory(self.dlg,u'Repertoire du DOY','.')
if doyPath:
self.dlg.cheminDOY.setText(doyPath)
def accesCheminSave(self,var):
"""
cette fonction permet de selectionner le repertoire d'enregistrement des fichiers
"""
savePath = QFileDialog.getExistingDirectory(self.dlg,u'Repertoire d''enregistrement','.')
if savePath:
self.dlg.cheminOut.setText(savePath)
def accesCheminSaveMetrique(self,var):
"""
cette fonction permet de selectionner le repertoire d'enregistrement des fichiers
"""
savePath = QFileDialog.getExistingDirectory(self.dlg,u'Repertoire d''enregistrement des parametres','.')
if savePath:
self.dlg.cheminOut_metrique.setText(savePath)
def accesZoneEtudes(self):
"""
cette fonction permet de selectionner le lien du repertoire
dans lequel se trouve le NDVI
"""
zonePath = QFileDialog.getOpenFileName(self.dlg, u"Enregistrer",
u"/home/puiseux/",
u"Images (*.shp )")
if zonePath:
self.dlg.zoneEmprise.setText(zonePath)
def selectionDefault(self):
"""
Permet de verrouiller le changement de seuil et permettre l'utilisation des valeurs de seuils par défaut
en fonction de la fonction choisie
"""
self.dlg.frame_seuil.setEnabled(0)
def selectionSeuil(self):
"""
Permet de deverrouiller le changement de seuil et permettre à l'utilisateur de saisir ses propres seuils
"""
self.dlg.frame_seuil.setEnabled(1)
self.dlg.seuilEOS.setEnabled(1)
self.dlg.seuilSOS.setEnabled(1)
def selectionNDVI(self):
"""
permet de charger le lien du repertoire du NDVI et verrouiller celui du DOY
"""
if self.dlg.outilPretraitement.currentIndex()==0:
self.dlg.cheminDOY.setEnabled(0)
self.dlg.cheminNDVI.setEnabled(1)
def selectionDOY(self):
"""
/** permet de charger le lien du repertoire du DOY et verrouiller celui du NDVI */
"""
if self.dlg.outilPretraitement.currentIndex()==0:
self.dlg.cheminNDVI.setEnabled(0)
self.dlg.cheminDOY.setEnabled(1)
def active_progressbar(self,inY):
"""
permet d'activer la barre de progression. Il desactive ensuite le bouton de validation
afin d'eviter à l'utilisateur de lancer une validation pendant que le programme tourne.
Elle permet aussi d'eviter de géler l'application.
Entree:
inY: un booléen qui permet de dire si on active ou on desactive la barre.
"""
self.dlg.progressBar.setEnabled(inY)
if inY==1:
QApplication.setOverrideCursor(Qt.WaitCursor)
self.dlg.pushButton_execution.setEnabled(0)
QApplication.processEvents()
if inY==0:
QApplication.processEvents()
QApplication.restoreOverrideCursor()
self.dlg.pushButton_execution.setEnabled(1)
self.dlg.progressBar.setValue(0)
def active_progressbar_metrique(self,inY):
"""
permet d'activer la barre de progression. Il desactive ensuite le bouton de validation
afin d'eviter à l'utilisateur de lancer une validation pendant que le programme tourne.
Elle permet aussi d'eviter de géler l'application.
Entree:
inY: un booléen qui permet de dire si on active ou on desactive la barre.
"""
self.dlg.progressBar_metrique.setEnabled(inY)
if inY==1:
QApplication.setOverrideCursor(Qt.WaitCursor)
self.dlg.pushButton_execution_metrique.setEnabled(0)
QApplication.processEvents()
if inY==0:
QApplication.restoreOverrideCursor()
self.dlg.pushButton_execution_metrique.setEnabled(1)
QApplication.processEvents()
self.dlg.progressBar_metrique.setValue(0)
# noinspection PyMethodMayBeStatic
def tr(self, message):
"""Get the translation for a string using Qt translation API.
We implement this ourselves since we do not inherit QObject.
:param message: String for translation.
:type message: str, QString
:returns: Translated version of message.
:rtype: QString
"""
# noinspection PyTypeChecker,PyArgumentList,PyCallByClass
return QCoreApplication.translate('metriquePhenologique', message)
def validation(self):
"""
cette fonction permet de determiner l'action à réaliser quand on clique sur
Valider
"""
#________si le decoupage est selectionné______________
#==============================================================================
QApplication.setOverrideCursor(Qt.WaitCursor)
QApplication.processEvents()
self.active_progressbar(1)
if self.dlg.outilPretraitement.currentIndex()==0:
zoneEtudes=self.dlg.zoneEmprise.text() #zone d'etude
self.dlg.progressBar.setTextVisible(1)
debutYear=int(self.dlg.spinBox_debut.value()) #annee de debut
lienSave=self.dlg.cheminOut.text() #lien d'enregistrement
if self.dlg.radioButton_NDVI.isChecked():
nomDonnee='NDVI' # type de données
lienDonnee=self.dlg.cheminNDVI.text() # repertoire des données
if self.dlg.radioButton_DOY.isChecked():
nomDonnee='DOY' # type de données
lienDonnee=self.dlg.cheminDOY.text() # repertoire des données
if self.dlg.radioButton_imageParAn.isChecked():
pluriAnnuelle=0
if self.dlg.radioButton_pluriAnnuelle.isChecked():
pluriAnnuelle=1
dt='int16'
lienZoneEtudes= str(zoneEtudes)
progress=0
if not (os.path.exists(lienDonnee)) or not os.path.exists(lienZoneEtudes) or not (os.path.exists(lienSave)) :
#teste si le lien fournit pour le NDVI et /ou du DOY existe
try:
if not os.path.exists(lienDonnee):
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Problème de lien ', u"le lien du répertoire contenant les images à decouper est inexistant ")
self.active_progressbar(0)
return
if not os.path.exists(lienZoneEtudes):
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Problème de lien ', u"le lien de la zone d'etudes est inexistant ")
QApplication.restoreOverrideCursor()
return
if not os.path.exists(lienSave):
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Problème de lien ', u"le lien du répertoire d'enregistrement est inexistant ")
QApplication.restoreOverrideCursor()
return
except:
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Problème de lien ', u"problème avec un ou plusieurs liens")
QApplication.restoreOverrideCursor()
return
else:
verifie=0
liste=[];
os.chdir(lienDonnee)
donnee= os.listdir(lienDonnee)
annee=debutYear
for element in donnee:
if element.endswith('.tif'):
liste.append(element);
if len(liste)>=23:
k=0
compt=0
nYear=len(liste)/23
if (pluriAnnuelle==0): #création d'une image multibande par année
try:
T,minX,maxY,nL,nC=clipRaster(liste[0],lienZoneEtudes)
T=[]
nZ=23 # Nous avons 23 images par annee, donc 23 bandes
serie=sp.empty((nL,nC,nZ),dtype=dt)
for element in liste:
QApplication.processEvents()
if (k<22) :
serie[:,:,k],minX,maxY,nL,nC=clipRaster(element,lienZoneEtudes)
progress=progress+(1.0/len(liste)*95)
self.dlg.progressBar.setValue(progress)
k=k+1
else :
serie[:,:,k],minX,maxY,nL,nC=clipRaster(element,lienZoneEtudes)
data = gdal.Open(liste[0],gdal.GA_ReadOnly) # pour recuperer les parametres des images entrées
GeoTransform = data.GetGeoTransform()
GeoTransform=list(GeoTransform)
#on modifie Geotransform pour l'adapter à l'emprise de notre zone d'etudes
GeoTransform[0]=minX #
GeoTransform[3]=maxY #
Projection = data.GetProjection()
outputName=os.path.join(lienSave,'serie_tempo_'+nomDonnee+'_'+str(annee)+'.tif') #nom des images de sorties
annee=annee+1
write_data(outputName,serie,GeoTransform,Projection) # Enregistrement du NDVI
k=0 #on reinitialise k
serie=sp.empty((nL,nC,nZ),dtype=dt) #on crée une nouvelle serie
compt=compt+1 #pour verifier le nombre d'image considéré par année
verifie=1.
except:
QApplication.restoreOverrideCursor()
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Problème découpage', u"problème lors du découpage avec une sortie 1 image/an")
self.dlg.progressBar.setValue(0)
self.active_progressbar(0)
return
else:#création d'une image multi_bande et pluriannuelle
try:
nZ=len(liste)# le nombre de bandes correspond aux nombres d'images contenues liste
T,minX,maxY,nL,nC=clipRaster(liste[0],lienZoneEtudes)
T=[]
serie=sp.empty((nL,nC,nZ),dtype=dt)
k=0
progress=0
self.dlg.progressBar.setValue(0)
for element in liste:
QApplication.processEvents()
serie[:,:,k],minX,maxY,L,C=clipRaster(element,lienZoneEtudes)
k=k+1
progress=progress+(1.0/len(liste)*98)
self.dlg.progressBar.setValue(progress)
if( k>=len(liste)):
data = gdal.Open(liste[0],gdal.GA_ReadOnly) # pour recuperer les parametres des images entrées
GeoTransform = data.GetGeoTransform()
GeoTransform=list(GeoTransform)
#on modifie Geotransform pour l'adapter à l'emprise de notre zone d'etudes
GeoTransform[0]=minX #
GeoTransform[3]=maxY #
Projection = data.GetProjection()
nom='serie_tempo_'+nomDonnee+'_'+str(debutYear)+'_sur_'+str(nYear)+'ans.tif'
outputName=os.path.join(lienSave,nom) #nom des images de sorties
write_data(outputName,serie,GeoTransform,Projection) # Enregistrement du NDVI
verifie=1
except:
QApplication.restoreOverrideCursor()
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Problème découpage', u"problème lors du découpage avec une sortie multi-annuelle")
self.active_progressbar(0)
return
if verifie==1:
self.dlg.progressBar.setValue(100)
QApplication.restoreOverrideCursor()
QMessageBox.information(self.dlg, u'succès', u"Découpage effectué avec succès")
self.active_progressbar(0)
if self.dlg.outilPretraitement.currentIndex()==1:
verifie=0
lienNdvi=self.dlg.cheminNDVI.text()
lienDoy=self.dlg.cheminDOY.text()
lienSave=self.dlg.cheminOut.text()
debutYear=int(self.dlg.spinBox_debut.value())
finYear=int(self.dlg.spinBox_fin.value())
save=1
lissage=self.dlg.filtreInterpol.currentIndex() #determine si l'image de sortie sera lissé ou pas et avec quelle filtre
if self.dlg.radioButton_imageParAn_interpol.isChecked():
pluriAnnuelle=0
if self.dlg.radioButton_pluriAnnuelle_interpol.isChecked():
pluriAnnuelle=1
#==============================================================================
nYear=finYear-debutYear #nombre d'années
if (not (os.path.exists(lienNdvi)) or not os.path.exists(lienDoy) or not os.path.exists(lienSave)) or nYear<0:
#teste si le lien fournit pour le NDVI et /ou du DOY existe
try:
if not os.path.exists(lienNdvi):
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Problème de lien ', u"le lien du répertoire contenant les images du NDVI est inexistant ")
QApplication.restoreOverrideCursor()
self.active_progressbar(0)
return
if not os.path.exists(lienDoy):
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Problème de lien ', u"le lien du répertoire contenant les images du DOY est inexistant ")
QApplication.restoreOverrideCursor()
self.active_progressbar(0)
return
if not os.path.exists(lienSave):
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Problème de lien ', u"le lien du répertoire d'enregistrement est inexistant ")
QApplication.restoreOverrideCursor()
self.active_progressbar(0)
return
if nYear<0:
message=u"l'année de debut "+str(debutYear)+u" doit être inferieure à l'année de fin "+str(finYear)
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Problème de periode ', message)
QApplication.restoreOverrideCursor()
self.active_progressbar(0)
return
except:
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Interpolation', "Problème au niveau des liens")
QApplication.restoreOverrideCursor()
self.active_progressbar(0)
return
else:
annee=debutYear;
listeNdvi=[]; #Initialisation de la liste qui stock les NDVI
listeDoy=[]; #Initialisation de la liste qui stock les DOY
donneeNdvi= os.listdir(lienNdvi)
if len(donneeNdvi)>0:
for element in donneeNdvi:
if element.endswith('.tif'): # stocker dans la liste que des fichiers images
listeNdvi.append(element)
else:
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Répertoire vide ', u"le répertoire du NDVI est vide")
QApplication.restoreOverrideCursor()
self.active_progressbar(0)
return
donneeDoy= os.listdir(lienDoy)
if len(donneeNdvi)>0:
for element in donneeDoy:
if element.endswith('.tif'): # stocker dans la liste que des fichiers images
listeDoy.append(element)
else:
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Répertoire vide ', u"le répertoire du DOY est vide")
QApplication.restoreOverrideCursor()
self.active_progressbar(0)
return
if len(listeDoy)==0:
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Fichier .tif ', u"le répertoire du DOY ne contient pas de données .tif")
QApplication.restoreOverrideCursor()
self.active_progressbar(0)
return
if len(listeNdvi)==0:
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Fichier .tif ', u"le répertoire du NDVI ne contient pas de données .tif")
QApplication.restoreOverrideCursor()
self.active_progressbar(0)
return
#======================================================================
#======================================================================
imageNDVI=os.path.join(lienNdvi , listeNdvi[0]);#lien qui permet d'acceder à la k-ième image
[NDVI,GeoTransform,Projection]=open_data(imageNDVI) #stockage du NDVI dans un tableau
doyTheorique=sp.arange(25)*16+1 # Creation du DOY theorique
[nl,nc,z]=NDVI.shape
self.dlg.progressBar.setValue(0)
pas=(1./(nYear+1))*95/nl
progress=0
if pluriAnnuelle==0: #une image par année
try:
verifie=1
for k in range(nYear+1):
imageNDVI=os.path.join(lienNdvi ,listeNdvi[k]);#lien qui permet d'acceder à la k-ième image
imageDOY= os.path.join(lienDoy , listeDoy[k]); #lien qui permet d'acceder au k-ième DOY
[NDVI,GeoTransform,Projection]=open_data(imageNDVI) #stockage du NDVI dans un tableau
[DOY,GeoTransform,Projection]=open_data(imageDOY) #stockage du DOY dans un tableau
#newDoy=sp.empty(NDVI.shape,dtype='int16')
newNdvi=sp.empty(NDVI.shape,dtype='float16') #variable qui stocke le NDVI après interpolation
ndviXY=sp.empty((25),dtype='int16') #recupère les 23 valeurs de la serie à la position (x,y)
doyXY=sp.empty((25),dtype='int16') #recupère les 23 valeurs de la serie à la position (x,y)
for l in range(nl) :
QApplication.processEvents()
progress=progress+pas
self.dlg.progressBar.setValue(progress)
for c in range(nc):
doyXY[1:-1]=DOY[l,c,:]+16
ndviXY[1:-1]=NDVI[l,c,:]
ndviXY[0]=NDVI[l,c,-1]
ndviXY[-1]=NDVI[l,c,0]
doyXY[-1]= 385
doyXY[0]=1
interpolation=interpolate.interp1d(doyXY,ndviXY)#création de la fonction d'interpolation
newNDVIXY=interpolation(doyTheorique) #interpolation
if (lissage==1):
newNdvi[l,c,:]=savgol_filter(newNDVIXY[1:-1], 9, 6);
prefixe='interpolation_SG_'
if(lissage==2):
newNdvi[l,c,:]=whittaker(newNDVIXY[1:-1]) #recuperation des valeurs utiles
prefixe='interpolation_WS_'
if(lissage==0):
newNdvi[l,c,:]=newNDVIXY[1:-1] +0.0 #recuperation des valeurs utiles
prefixe='interpolation_noFilter_'
if save==1: #enregistrement de la serie après interpolation
output_name=os.path.join(lienSave ,prefixe+str(annee)+'.tif') #lien d'enregistrement de la serie de l'année (année)
write_data(output_name,newNdvi,GeoTransform,Projection)
annee=annee+1
except:
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Interpolation', u"problème lors de l'interpolation avec une sortie image par an")
QApplication.restoreOverrideCursor()
self.active_progressbar(0)
return
#======================================================================
else: #une image dont nombre de bandes est égale à nombre d'année
imageNDVI=os.path.join(lienNdvi , listeNdvi[0])
[NDVI,GeoTransform,Projection]=open_data(imageNDVI)
[nL,nC,i]=NDVI.shape
nZ=len(listeNdvi)*23 #23images par années * le nombre d'années
#newDoy=sp.empty(NDVI.shape,dtype='int16')
newNdvi=sp.empty((nL,nC,nZ),dtype='float16') #variable qui stocke le NDVI après interpolation
ndviXY=sp.empty((25),dtype='int16') #recupère les 23 valeurs de la serie à la position (x,y)
doyXY=sp.empty((25),dtype='int16') #recupère les 23 valeurs de la serie à la position (x,y)
for k in range(nYear+1):
try:
QApplication.processEvents()
verifie=1
imageNDVI=os.path.join(lienNdvi , listeNdvi[k]);#lien qui permet d'acceder à la k-ième image
imageDOY= os.path.join(lienDoy , listeDoy[k]); #lien qui permet d'acceder au k-ième DOY
[NDVI,GeoTransform,Projection]=open_data(imageNDVI) #stockage du NDVI dans un tableau
[DOY,GeoTransform,Projection]=open_data(imageDOY) #stockage du DOY dans un tableau
doyTheorique=sp.arange(25)*16+1 # Creation du DOY theorique
for l in range(nL) :
QApplication.processEvents()
progress=progress+pas
self.dlg.progressBar.setValue(progress)
for c in range(nC):
## réalisation de l'interpolation cyclique
doyXY[1:-1]=DOY[l,c,:]+16
ndviXY[1:-1]=NDVI[l,c,:]
ndviXY[0]=NDVI[l,c,-1]
ndviXY[-1]=NDVI[l,c,0]
doyXY[-1]= 385
doyXY[0]=1
interpolation=interpolate.interp1d(doyXY,ndviXY)#création de la fonction d'interpolation
newNDVIXY=interpolation(doyTheorique) #interpolation
deb=k*23
fin=(k+1)*23
if (lissage==1):
newNdvi[l,c,deb:fin]=savgol_filter(newNDVIXY[1:-1], 9, 6);
prefixe='interpolation_SG_'
if(lissage==2):
newNdvi[l,c,deb:fin]=whittaker(newNDVIXY[1:-1]) #recuperation des valeurs utiles
prefixe='interpolation_WS_'
if(lissage==0):
newNdvi[l,c,deb:fin]=newNDVIXY[1:-1] +0.0 #recuperation des valeurs utiles
prefixe='interpolation_noFilter_'
except:
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Interpolation', u"problème lors de l'interpolation avec une sortie pluriannuelle")
QApplication.restoreOverrideCursor()
self.active_progressbar(0)
return
if save==1: #enregistrement de la serie après interpolation
output_name=os.path.join(lienSave,prefixe +str(debutYear)+'_a_'+str(finYear)+'ans.tif') #lien d'enregistrement de la serie de l'année (année)
write_data(output_name,newNdvi,GeoTransform,Projection)
if verifie==1:
self.dlg.progressBar.setValue(100)
QApplication.restoreOverrideCursor()
QMessageBox.information(self.dlg, u'succès', u"Interpolation effectuée avec succès")
self.active_progressbar(0)
#==============================================================================
# interpo_lineaire_DOY16jours(lienNdvi,lienDoy,lienSave,debutYear,finYear,save,pluriAnnuelle,lissage)
def validationMetrique(self):
"""
cette fonction permet de determiner l'action à réaliser quand on clique sur
Valider
"""
chemin=str(self.dlg.cheminNDVI_metriqueFichier.text() )
self.active_progressbar_metrique(1)
if not os.path.exists(chemin) or not os.path.exists(self.dlg.cheminOut_metrique.text()):
if not os.path.exists(chemin):
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Problème de lien ', u"le lien du fichier contenant les images du NDVI est inexistant ")
self.active_progressbar_metrique(0)
return
if not os.path.exists(self.dlg.cheminOut_metrique.text()):
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Problème de lien ', u"le lien d'enregistrement est inexistant ")
self.active_progressbar_metrique(0)
return
else:
try:
[NDVI,GeoTransform,Projection]=open_data(chemin)
[L,C,r]=NDVI.shape
duree=int(self.dlg.spinBox_fin__metrique.value())-int(self.dlg.spinBox_debut__metrique.value())+1
self.dlg.progressBar_metrique.setValue(1)
pas=(1./duree)*88/L
progress=1
seuil1=self.dlg.seuilSOS.value()
seuil2=self.dlg.seuilEOS.value()
#variable qui stocke les 10 metriques pour chaque années
metrique=sp.empty((L,C,10),dtype='float16')
#tableaux dans les quelles les differentes metriques seront stockées séparemment
sos=sp.empty((L,C,duree),dtype='float16')
eos=sp.empty((L,C,duree),dtype='float16')
los=sp.empty((L,C,duree),dtype='float16')
area=sp.empty((L,C,duree),dtype='float16')
areaBef=sp.empty((L,C,duree),dtype='float16')
areaAft=sp.empty((L,C,duree),dtype='float16')
self.dlg.progressBar_metrique.setValue(2)
anomalieSos=sp.empty((L,C,duree),dtype='float16')
anomalieEos=sp.empty((L,C,duree),dtype='float16')
anomalieLos=sp.empty((L,C,duree),dtype='float16')
anomalieArea=sp.empty((L,C,duree),dtype='float16')
anomalieAreaBef=sp.empty((L,C,duree),dtype='float16')
anomalieAreaAft=sp.empty((L,C,duree),dtype='float16')
except:
QMessageBox.warning(self.dlg, u'Déclaration ', u"Erreur lors de la déclaration des paramètres")
QApplication.restoreOverrideCursor()
return
try:
for k in range (duree):
deb=k*23
fin=deb+23
annee=int(self.dlg.spinBox_debut__metrique.value())+k
for x in range(L):
QApplication.processEvents()
progress=progress+pas
self.dlg.progressBar_metrique.setValue(progress)
for y in range(C):
ndvi=NDVI[x,y,deb:fin]*0.0001
if self.dlg.methode.currentIndex()==0:
out1= metrique_pheno_greenbrown(ndvi,"white",seuil1,seuil2)
if self.dlg.methode.currentIndex()==1:
if self.dlg.radioButton_default.isChecked():
out1= metrique_pheno_greenbrown(ndvi,"trs")
else:
out1= metrique_pheno_greenbrown(ndvi,"trs",seuil1,seuil2)
if self.dlg.methode.currentIndex()==2:
if self.dlg.radioButton_default.isChecked():
out1= metrique_pheno_vito(ndvi)
else:
out1= metrique_pheno_vito(ndvi,seuil1,seuil2)
if self.dlg.methode.currentIndex()==3:
if self.dlg.radioButton_default.isChecked():
out1=metrique_pheno_Tang(ndvi)
else:
out1=metrique_pheno_Tang(ndvi,seuil1,seuil2)
outListe=metrique_pheno_param(ndvi,out1[0],out1[1],out1[4])
parametre=out1[0:3]+outListe
progress=progress+0.00001
self.dlg.progressBar_metrique.setValue(progress)
metrique[x,y,:]=sp.array(parametre)
sos[:,:,k]=metrique[:,:,1]
eos[:,:,k]=metrique[:,:,2]
los[:,:,k]=metrique[:,:,3]
area[:,:,k]=metrique[:,:,4]
areaBef[:,:,k]=metrique[:,:,5]
areaAft[:,:,k]=metrique[:,:,6]
if self.dlg.prefixe.text()=='':
prefixe="parametre"
self.dlg.prefixe.setText(prefixe)
else:
prefixe=self.dlg.prefixe.text()
#Enregistrement des metriques année/année
output_name=os.path.join(self.dlg.cheminOut_metrique.text(),prefixe+str(annee)+'.tif')
write_data(output_name,metrique,GeoTransform,Projection)
name=str(self.dlg.spinBox_debut__metrique.value())+'-'+str(self.dlg.spinBox_fin__metrique.value())+".tif"
#=================moyenne et ecart type=============================================================
moySos=sos.mean(2)
moyEos=eos.mean(2)
moyLos=los.mean(2)
moyArea=area.mean(2)
moyAreaBef=areaBef.mean(2)
moyAreaAft=areaAft.mean(2)
stdSos=sos.std(2)
stdEos=eos.std(2)
stdLos=los.std(2)
stdArea=area.std(2)
stdAreaBef=areaBef.std(2)
stdAreaAft=areaAft.std(2)
#==============================================================================
pas2=8/duree
for k in range(duree):
QApplication.processEvents()
anomalieSos[:,:,k]=(sos[:,:,k]-moySos)/stdSos
anomalieEos[:,:,k]=(eos[:,:,k]-moyEos)/stdEos
anomalieLos[:,:,k]=(los[:,:,k]-moyLos)/stdLos
anomalieArea[:,:,k]=(area[:,:,k]-moyArea)/stdArea
anomalieAreaBef[:,:,k]=(areaBef[:,:,k]-moyAreaBef)/stdAreaBef
anomalieAreaAft[:,:,k]=(areaAft[:,:,k]-moyAreaAft)/stdAreaAft
progress=progress+pas2
self.dlg.progressBar_metrique.setValue(progress)
#enregistrement de sos
write_data(os.path.join(self.dlg.cheminOut_metrique.text(),"SOS_"+name),sos,GeoTransform,Projection)
#enregistrement eos
write_data(os.path.join(self.dlg.cheminOut_metrique.text(),"EOS_"+name), eos,GeoTransform,Projection)
#enregistrement los
write_data(os.path.join(self.dlg.cheminOut_metrique.text(),"LOS_"+name),los,GeoTransform,Projection)
#enregistrement area
write_data(os.path.join(self.dlg.cheminOut_metrique.text(),"area_"+name),area,GeoTransform,Projection)
#enregistrement areaAft
write_data(os.path.join(self.dlg.cheminOut_metrique.text(),"areaAfter_max_"+name),areaAft,GeoTransform,Projection)
#enregistrement areaBef
write_data(os.path.join(self.dlg.cheminOut_metrique.text(),"areaBefore_max_"+name),areaBef,GeoTransform,Projection)
#enregistrement de anomalie sos
write_data(os.path.join(self.dlg.cheminOut_metrique.text(),"anomalie_SOS_"+name),anomalieSos,GeoTransform,Projection)
#enregistrement anomalie eos
write_data(os.path.join(self.dlg.cheminOut_metrique.text(),"anomalie_EOS_"+name), anomalieEos,GeoTransform,Projection)
#enregistrement anomalielos
write_data(os.path.join(self.dlg.cheminOut_metrique.text(),"anomalie_LOS_"+name),anomalieLos,GeoTransform,Projection)
#enregistrement anomalie area
write_data(os.path.join(self.dlg.cheminOut_metrique.text(),"anomalie_area_"+name),anomalieArea,GeoTransform,Projection)
#enregistrement anomalie areaAft
write_data(os.path.join(self.dlg.cheminOut_metrique.text(),"anomalie_areaAfter_max_"+name),anomalieAreaBef,GeoTransform,Projection)
#enregistrement anomalie AreaAFT
write_data(os.path.join(self.dlg.cheminOut_metrique.text(),"anomalie_areaBefore_max_"+name),anomalieAreaAft,GeoTransform,Projection)
self.dlg.progressBar_metrique.setValue(100)
QMessageBox.information(self.dlg, u'calcul de paramètre ', u"Extraction des paramètres réussie")
self.active_progressbar_metrique(0)
except:
QMessageBox.warning(self.dlg, u'calcul de paramètre ', u"Erreur lors du calcul des parmaètres")
QMessageBox.information(self.dlg, u'succès', u"Paramètres calculés avec succès")
self.active_progressbar_metrique(0)
return
def add_action(
self,
icon_path,
text,
callback,
enabled_flag=True,
add_to_menu=True,
add_to_toolbar=True,
status_tip=None,
whats_this=None,
parent=None):
"""Add a toolbar icon to the toolbar.
:param icon_path: Path to the icon for this action. Can be a resource
path (e.g. ':/plugins/foo/bar.png') or a normal file system path.
:type icon_path: str
:param text: Text that should be shown in menu items for this action.
:type text: str
:param callback: Function to be called when the action is triggered.
:type callback: function
:param enabled_flag: A flag indicating if the action should be enabled
by default. Defaults to True.
:type enabled_flag: bool
:param add_to_menu: Flag indicating whether the action should also
be added to the menu. Defaults to True.
:type add_to_menu: bool
:param add_to_toolbar: Flag indicating whether the action should also
be added to the toolbar. Defaults to True.
:type add_to_toolbar: bool
:param status_tip: Optional text to show in a popup when mouse pointer
hovers over the action.
:type status_tip: str
:param parent: Parent widget for the new action. Defaults None.
:type parent: QWidget
:param whats_this: Optional text to show in the status bar when the
mouse pointer hovers over the action.
:returns: The action that was created. Note that the action is also
added to self.actions list.
:rtype: QAction
"""
icon = QIcon(icon_path)
action = QAction(icon, text, parent)
action.triggered.connect(callback)
action.setEnabled(enabled_flag)
if status_tip is not None:
action.setStatusTip(status_tip)
if whats_this is not None:
action.setWhatsThis(whats_this)
if add_to_toolbar:
self.toolbar.addAction(action)
if add_to_menu:
self.iface.addPluginToMenu(
self.menu,
action)