Implementação do cálculo da entropia configuracional

• Dependências (nomes podem variar para cada distribuição):

  • boost (boost, boost-devel, boost-graph)
  • python (python2, python2-devel, python2-matplotlib, python2-numpy, python2-tkinter, python2-graphviz)

• Rodar script instalar.sh ou

• Compilar nauty:

  • Entrar em src/cpp/libs/nauty

  • ./configure

  • alterar Makefile:

    • adicionar opção -fPIC em CFLAGS

  • make

  • alterar nauty.h:

    • substituir bloco #define _FILE_OFFSET_BITS por:

     #ifndef _FILE_OFFSET_BITS
     #define _FILE_OFFSET_BITS 0
     #if _FILE_OFFSET_BITS == 64
     #define _LARGEFILE_SOURCE
     #else
     #undef _FILE_OFFSET_BITS
     #endif
     #endif
    

• Mudanças Aboria:

  • Entrar em src/cpp/libs/Aboria/third-party/nanoflann/nanoflann.hpp
  • Alterar WORDSIZE para WORDSIZE_NANNOFLANN

• Argumentos:

<$1>: from measurement (Y or N)

• Se sim (Y)

<$2>: measurement filepath

• Se não (N)

<$2>: xyz filepath
<$3>: file type (V = Vink file or N = Normal)
<$4>: covalent radii cut off
<$5>: c
<$6>: initial n
<$7>: final n
<$8>: calculate (Y or N)

• Possíveis mudanças necessárias para rodar o programa:

  • Alterar número de posições aleatórias geradas, (padrão m = n^2N)
    • Alterar função getNumberRandomPositions no arquivo src/python/configurational_entropy.py
  • Alterar eixos do gráfico gerado, (padrão -10, 10):
    • Alterar função calculateConfigurationalEntropy no arquivo src/python/configurational_entropy.py
  • plt.axis([n1, n2, -10, 10])

• python2 main.py N arquivos_xyz/SILICA_SAMPLES/3k/3k-total-2-ase.xyz V 1.12 5 20 22 N
• python2 main.py Y medicoes/med_fcc2048.xyz_01_1_2019_00_00_00.ce