这是一个做富集分析的python包
- 需要用到的python环境包有
- pandas,numpy,re,logging,os,sys,statsmodels.sandbox.stats.multicomp
- 需要用到的文件
- GO数据库里面的obo文件
- 差异表达基因的ID文件
- 基因的GO注释文件
- 用法
python GOTermEnrichment.py --oboFile gene_ontology.1_2.obo --selectionSetFiles gene.lst --gene2GoFile hg19.annot --outdir ./