한국정보과학회 제43회 정기총회 및 동계학술발표회 게재용 공개 코드
- Python 2.7.12 (Anaconda Build)
- 사용 주요 라이브러리: MedPy, Tensorflow
- Ubuntu 14.04
- Hardware
- CPU: i7-6700K
- GPU: NVIDIA GTX 970
- RAM: 16GB
- BRATS 2015 데이터
- Covert3D Tool
- 3D Slicer
- 최소 100GB 저장 공간.
-
BRATS 2015 압축 해제.
- "input" 폴더 생성 후 test, train 데이터 (HGG, LGG, HGG_LGG) 압축 해제.
-
불필요 파일 및 폴더 제거 및 파일 이름 변경. ("input" 폴더로 cd 한 후)
for n in ./*/*/*/*.txt; do rm "$n"; done
for n in ./*/*/*/*; do mv "$n" "$(dirname "$(dirname "$n")")"; done
for n in ./*/*/*/; do rm -r "$n"; done
a=1
cd HGG
for n in *; do mv "$n" "h.$a"; let a=a+1; done
a=1
cd ../LGG
for n in *; do mv "$n" "l.$a"; let a=a+1; done
a=1
cd ../HGG_LGG
for n in *; do mv "$n" "t.$a"; let a=a+1; done
for n in */*.mha; do new="$(echo "$n" | sed 's/\//./')"; mv "$n" "$new"; done
cd ../HGG
for n in */*.mha; do new="$(echo "$n" | sed 's/\//./')"; mv "$n" "$new"; done
cd ../HGG_LGG
for n in */*.mha; do new="$(echo "$n" | sed 's/\//./')"; mv "$n" "$new"; done
cd ..
for n in */*/; do rm -r "$n"; done
for n in ./*/*; do mv "$n" "$(dirname "$(dirname "$n")")"; done- "input" 폴더가 들어있는 폴더에 "GT", "data" 폴더 생성.
- "input" 폴더에 "OT" 단어가 포함된 파일 모두 "GT"로 이동.
- C3D 툴로 .mha 파일을 .nii파일로 변경. ("GT" 파일로 cd 후, c3d 경로 변경 필수)
for n in *.mha; do ~/c3d/bin/c3d "./$n" -type uchar ../data/"${n%.mha}.nii"; done- N4ITK 툴 사용 (3D slicer 경로 변경 필수)
cd ../input
for n in *.mha; do ~/slicer/lib/Slicer-4.5/cli-modules/N4ITKBiasFieldCorrection "./$n" ../data/"${n%.mha}.nii"; done-
createdb.py 파라미터
- ROTATE: 90도 회전 횟수. (1->0번, 4->3번)
- ORIG_READ_PATH: N4ITK가 끝난 .nii 파일들이 들어 있는 폴더이다.
- WRITE_PATH: 학습 및 실험 중 산출되는 데이터를 저장할 폴더이다.
-
train.py 파라미터
- NUM_EPOCHS: epoch 횟수.
- BATCH_SIZE: 각 step 당 데이터 개수.
- EVAL_FREQUENCY: 몇 step 당 학습 결과를 출력할지.
-
test.py 파라미터
- VAL_SIZE: 실험할 학습용 데이터 개수.
윤지석
고려대학교 컴퓨터학과