np.random.seed(SEED) ################################################################################ ## PARAMETERS ################################################################################ from cellsim16popsParams_modified_ac_inh import multicompartment_params, \ point_neuron_network_params #Full set of parameters including network parameters params = multicompartment_params() #set up the file destination setup_file_dest(params, clearDestination=True) ############################################################################### # MAIN simulation procedure ############################################################################### #tic toc tic = time() ######## Perform network simulation ############################################ ##initiate nest simulation with only the point neuron network parameter class networkParams = point_neuron_network_params() nest_simulation.sli_run(parameters=networkParams, fname='microcircuit.sli',
np.random.seed(SEED) ################################################################################ ## PARAMETERS ################################################################################ from cellsim16popsParams_default import multicompartment_params, \ point_neuron_network_params #Full set of parameters including network parameters params = multicompartment_params() #set up the file destination setup_file_dest(params, clearDestination=True) ############################################################################### # MAIN simulation procedure ############################################################################### #tic toc tic = time() ######## Perform network simulation ############################################ ##initiate nest simulation with only the point neuron network parameter class networkParams = point_neuron_network_params() nest_simulation.sli_run(parameters=networkParams, fname='microcircuit.sli',
#but here all presynaptic senders are also postsynaptic targets PS.update(dict( mapping_Yy = list(zip(PS.X, PS.X)) )) ################################################################################ # MAIN simulation procedure # ################################################################################ #tic toc tic = time() ######### Perform network simulation ########################################### if properrun: #set up the file destination, removing old results by default setup_file_dest(PS, clearDestination=True) if properrun: #execute network simulation BN.simulate() #wait for the network simulation to finish, resync MPI threads COMM.Barrier() #Create an object representation containing the spiking activity of the network #simulation output that uses sqlite3. Again, kwargs are derived from the brunel #network instance. networkSim = CachedNetwork( simtime = BN.simtime, dt = BN.dt,
if parameter_set_file.endswith('python') or parameter_set_file.endswith('.py'): ps_id = helpers.get_unique_id(psc.base_parameters) parameter_set_file = os.path.join('parameters', ps_id + '.sli') else: ps_id = os.path.split(sys.argv[-1])[-1][:-4] #get corresponding parameterSet dictionary PS, PSET = get_LFP_parameters(parameter_set_file, ps_id) ################################################################################ # MAIN simulation procedure # ################################################################################ if PROPERRUN: #set up the file destination, removing old results by default setup_file_dest(PS, clearDestination=False) #wait for operation to finish COMM.Barrier() if RANK == 0: simstats = file(os.path.join(PS.savefolder, 'simstats.dat'), 'w') #tic toc tic = time() ticc = tic #Create an object representation containing the spiking activity of the network #simulation output that uses sqlite3. networkSim = CachedTopoNetwork(**PS.network_params)