参考 http://zh-google-styleguide.readthedocs.io/en/latest/contents/
文档涉及了C++、Python、Shell等语言
支持python3
# 宝德云
export PYTHONPATH=/data/grandanalysis:$PYTHONPATH
使用例子
cd example
读取 fastq
from grandflow.io import FastqReader
fr = FastqReader('./data/test.fq.gz')
for xx in fr:
print('header:' + xx.header)
print('comment:' + xx.comment)
print('sequence:' + xx.sequence[:100])
break
读取 vcf
from grandflow.io import VcfReader
vr = VcfReader('./data/test.vcf')
for xx in vr:
print('chrom:' + xx.chrom)
print('id:' + xx.id)
print(xx.info)
break
更详细的内容，可以参考GrandFlow文档
https://grandomics-bioinfo.github.io/GrandFlow/
http://192.168.1.200:8001/index.html (北京地区IP访问)
文档采用Sphinx，根据docstring自动生成
文档采用 Google Style Python Docstrings, 示例：http://www.sphinx-doc.org/en/stable/ext/example_google.html
Github页面：https://github.com/Nextomics/GrandFlow
该文件夹不能直接修改，每天早晨10点git pull一次
如需修改必须 git clone/pull 至自己目录，采用单独git分支完成修改、测试，确保流程正确运行后，git merge 到主分支，git push到仓库，等待第二天早晨10的自动git pull，或请管理员手动完成。
该环节对git使用要求很高，需要重点关注。
作业管理系统采用SJM(https://github.com/StanfordBioinformatics/SJM )进行调度。
官方说明文档：https://github.com/StanfordBioinformatics/SJM/blob/master/doc/MANUAL.txt
# sjm 每次最多投100个任务，后面的会陆陆续续投递，速度较慢。为了解决这个问题，可以设置几个参数为10000
sjm --max_running 10000 --max_dispatch 10000 --max_pending 10000 M18A0771_sv.minimap2.sjm