Bioinformatika, Programų sistemų 7 semestro praktinė užduotis, 3.1 atsiskaitomasis darbas

Tai yra bioinformatikos 3.1 uzduoties realizacija, kuria atliko Egidijus Lukauskas.

Programos kodas parasytas Python (v2.6-7) kalba yra faile "bio.py".

Į katalogus "threat" ir "nonthreat" parsiunčiamos sekos ir išsaugomos failuose, kurių pavadinimai atrodo taip: "hpv_type_XX.fasta".

Tuose pačiuose kataloguose, programos cdhit pagalba, yra sugeneruojami failai be identiškų sekų. Jų pavadinimai atitinkamai: "hpv_type_xx_unique.fasta".

"merged_seq.fasta" failas yra sugeneruotas paėmus visų unique failų iš katalogų "threat" ir "nonthreat" turinius. Šis failas panaudotas sugeneruoti rezultato failui "mafft_aligned.fasta". Jis sugeneruojamas programos MAFFT pagalba.

Pateikiamas Makefile, kuris eksportuoja mafft programai reikalingą globalu kintamąjį. Jeigu eksportavimas nereikalingas, programa paleidziama tiesiog komandine eilute "python bio.py" (gali kisti priklausomai nuo naudojamos OS).