Secuencia de interés: 703-979 (277 aa)
Estas proteínas venían con residuos adicionales al final del .pdb, generalmente de otras cadenas. Se los borré p/ q no jodan: 2GS6_A 4R3P_A 5CNO_A 5CZH_A
restrain es la carpeta en la q había modelado las estructuras en el intento original de 2015.
Estas proteínas tienen algunos pbmas con la metodología original. Algunas necesitan un rango extendido p/ modelar sin q se corte el loop, otras necesitan q modele regiones auxiliares (ej:186-190) p/ q modeller no me haga un nudo.
self.residue_range('186', '190'),)
La 1erastruct tenía este problema y su modelo de menor energía seguía exhibiendo un nudo, así q elegí uno alternativo sin nudo, el modelo 50. Y si bien no era el modelo de menor energía, estaba dentro del top10. La 2da no conectaba 2 residuos de la región 46-48, así q también tuve q seleccionarla a mano y resulto ser la 29. Y si bien no era el modelo de menor energía, estaba dentro del top5.
3GOP_A
4RJ4_A
Todos estos cambios fueron incluidos en el archivo best_models, así q este debería ser una fuente fidedigna de los mejores modelos.
Las primeras 2structs tenían 1 missing suelto en alguna región. Como mi algoritmo p/ detectar missings en el alineamiento es propio de un fronterizo, esto causó problemas. Lo arreglé a mano, algún día arreglaré el algoritmo
2EB2_A
3VJN_A
en pdbs_finales hay 3 tipos de .pdbs: ej: (1XKK_A) Los mejores modelos del modeller, sin modificar. nonrot_1XKK_A pdbs finales p/ analizar 1XKK_A
No hay puentes disulfuro, pero el codigo de NMA espera leer esos archivos y prefiero darselos vacíos a q modificarlo. Así q c/ pdb va a tener este tipo de archivo: (ej:1XKK_A) 1XKK_A
En las carpetas model y modos están los 58 .pdbs iniciales. Una vez obtenidos los modos, calculé las correlaciones entre Bfactors y descarté 7 .pdbs: 2J5F_A 3GT8_C 4I22_A 4I24_A 5CNN_B 5CNO_A 5EDP_A 5HIB_A
Por lo tanto, en la carpeta gram hay solo 58 .pdbs y los archivos pdbs.list am.list e im.list son distintos.
Creo, a mano, los archivos:
1M14_A_1M14_A_nsub 1M14_A_1M14_A_ord (copiado de modos_1M14_A)
P/ uniformar la cosa.
El apartado 8 quedó outdated, al final, incluí a: 4I22_A 4I24_A y saqué varias activas hasta obtener distribuciones como las q solía tener. Sospecho q algunas q están clasificadas como activas, no lo son tanto.
La diferencia entre las carpetas renonmis_gram y nonmis_gram es la ausencia de estas 2 activas: 5EM7_A 5HIC_A Por lo q en renonmis_gram sólo corrí las activas y copié los rtdos del gramiano (zeta_, nd_, autovectores, autovalores) de nonmis_gram.
Recordar q las siguientes notebooks no tienen relevancia por haber sido reemplazadas por leo_renonmis_grammiano_viejo grammiano_mayor_mov.ipynb grammiano_nonmissing.ipynb leo_grammiano_viejo.ipynba leo_nonmis_grammiano_viejo.ipynb
La numeración q uso (de 1 a 277) está desplazada en 702 u.s (de 703 a 979).
Reemplazo estas pdbs inactivas con las q tenía en el trabajo anterior. También reemplazo sus modos y sus frecuencias por los anteriores. 4I22_A 4I24_A
P/ hacer los porcupine de 1M14_A y 3W32_A invertí el modo 1 de la inactiva (3W32_A) y así apuntaban los 2 p/ el mismo lado
En get_bf.ipynb leo los Bfactors experimentales y los índices de los átomos q no estan missing. Guardo esto en archivos tipo "exp_bf_1M14_A" y "nonmissing_1M14_A" p/ después usar estos datos a la hora de calcular las amplitudes de los modos.
La diferencia entre old_egfr.cfg y egfr.cfg es q el último usa indices de atomos y agrega un nitrógeno extra p/ extender la cavidad. Pero el resto de los átomos q usa son los mismos Calpha q usaba el config viejo.