def register(subparsers):
parser = subparsers.add_parser('map_frame')
mapper_subparser = parser.add_subparsers(dest='mapper')
mapper_subparser.required = True
for mapper_name in available_mappers():
# Create mapper parser.
mapper_parser = mapper_subparser.add_parser(mapper_name)
# Add default options.
mapper_parser.add_argument('--from_type', required=True)
mapper_parser.add_argument('--to_type', required=True)
# Add i/o options.
mapper_parser.add_argument('input')
mapper_parser.add_argument('output')
# Add mapper specific options.
opt_func = get_mapper_options(mapper_name)
opt_func(mapper_parser)
parser.set_defaults(main=main)
return parser
def register(subparsers):
parser = subparsers.add_parser('map_ids')
mapper_subparser = parser.add_subparsers(dest='mapper')
mapper_subparser.required = True
for mapper_name in available_mappers():
# Create mapper parser.
mapper_parser = mapper_subparser.add_parser(mapper_name)
# Add default options.
mapper_parser.add_argument('--from_type', required=True)
mapper_parser.add_argument('--to_type', required=True)
# Add i/o options.
mapper_parser.add_argument('--input', type=argparse.FileType('r'))
mapper_parser.add_argument('--output', default=None)
# Add gene id list.
mapper_parser.add_argument('gene_id', nargs='*')
# Option to print as map.
mapper_parser.add_argument('--as_map', default=False,
action='store_true')
# Add mapper specific options.
opt_func = get_mapper_options(mapper_name)
opt_func(mapper_parser)
parser.set_defaults(main=main)
return parser
