####Travaux pratiques dans le cadre du cours Système.

Pour tester :

• Se rendre sur : http://jebimoh.fr

• télécharger le fichier d'exemple fourni en lien (sample.txt)

Fournit un graphique du pourcentage de variants obtenus pour un échantillon. Le fichier doit être formaté de la manière suivante :

Gene	Variant_sur_Génome_g.	Variant_sur_CDS_c.	Variant_sur_protéine_p_c.	VAF_%

Nota : le séparateur de champs est une tabulation (et une seule).

Cinetique de l'évolution clonale pour un ou plusieurs patients Le fichier doit être formaté de la manière suivante :

UPN-23;del(5q) %;TP53 p.R282W VAF %;R282W-CCF;TP53 p.R248Q VAF %;R248Q-CCF;TP53 p.R273C VAF %;R273C-CCF

• Un champs d'entête contenant le motif "-CCF" correspond à un patient

• Une ligne correspond à une date

Nota : le séparateur de champs est le ";" (point virgule).

• Utiliser python (ok)

• Utiliser CGI (ok)

• Créer un formulaire (ok)

• Créer un élément graphique SVG (ok)

• Utiliser Javascript (ok)

En supléments aux fichier du site, il y a le répertoire other :

• Les fichiers sample.txt* sont d'autre fichiers d'exemple à télécharger pour tester

• Le fichier jebimoh.conf contient la configuration d'Apache2

• python3 avec les modules :
  • cgi
  • cgitb (pour le debugage)
  • python3-markdown (pour lire les fichiers markdown)
  • python3-cairosvg (pour transformer des SVG en PNG)