flow:
- select_structures.py
- compute_params.py
- spindle.py -> calinski-harabasz *- analyse_erds_spectrum.py *- create_histograms.py
- compute_params.py
- group_patients_info.py
select_structures.py - wywołanie: run select_structures.py /home/mzieleniewska/empi/from_hpc/data/smp/patients_99rms_new_reader/occ_results/*spindle_occ.csv -t 12.0 oraz run select_structures.py /home/mzieleniewska/empi/from_hpc/data/smp/patients_99rms_new_reader/occ_results/*SWA_occ.csv -t 75.0 - zapisuje nowe pliki *_occ_sel.csv z wybranymi strukturami (spindle > 12/20 uV, swa > 75 uV)
compute_params.py - katalog: /home/mzieleniewska/sleep2/eeg_profiles - oblicza parametry i tworzy plik params.csv dla każdego pacjenta - wywołanie: ./compute_params.py /home/mzieleniewska/Coma_sleep_2016/w_projekcie/montage_ears/data_control/.b #dla kontroli ./compute_params.py /home/mzieleniewska/Coma_sleep_2016/w_projekcie/montage_ears/data/*.b #dla pacjentow
spindle.py - katalog: /home/mzieleniewska/budzik_analiza2 (git branch analyse-sleep-features) - przykładowe wywołanie: ./spindle.py /home/mzieleniewska/empi/from_hpc/data/smp/patients_99rms_new_reader/occ_results/*_occ_sel.csv (SWA lub spindle) - w pliku nalezy zdefiniować nazwę pliku wyjściowego! - procedura klastrowania (calinski-harabasz)
analyse_erds_spectrum.py - katalog: /home/mzieleniewska/budzik_analiza3 (git branch mp-spectrum-night) - przykładowe wywołanie: ./analyse_erds_spectrum.py /home/mzieleniewska/Coma_sleep_2016/w_projekcie/montage_ears/data/*.bin
group_patients_info.py - katalog: /home/mzieleniewska/sleep2/eeg_profiles - grupuje parametry; tworzy plik classification_parameters.csv
analyse_sleep_features.py - katalog: /home/mzieleniewska/budzik_analiza2 (git branch analyse-sleep-features) - przeprowadza klasyfikację na podstawie zadanych parametrów
create_histograms.py - katalog: /home/mzieleniewska/sleep2/eeg_profiles - przykładowe wywołanie: ./create_histograms.py /home/mzieleniewska/empi/from_hpc/data/smp/patients_99rms_new_reader/occ_results/*occ_sel.csv --bin-width 180