コード例 #1
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ファイル: tasks.py プロジェクト: macmanes-lab/dammit
 def cmd():
     with open(output_filename, 'a') as fp:
         for group in parsers.hmmscan_to_df_iter(input_filename):
             gff_group = gff.hmmscan_to_gff3_df(group, 'dammit.hmmscan',
                                                database)
             gff.write_gff3_df(gff_group, fp)
コード例 #2
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ファイル: tasks.py プロジェクト: camillescott/dammit
 def cmd():
     with open(output_filename, 'a') as fp:
         for group in pd.read_csv(input_filename, chunksize=10000):
             gff_group = gff.hmmscan_to_gff3_df(group, database=database)
             gff.write_gff3_df(gff_group, fp)
コード例 #3
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 def cmd():
     with open(output_filename, 'a') as fp:
         for group in pd.read_csv(input_filename, chunksize=10000):
             gff_group = gff.hmmscan_to_gff3_df(group, database=database)
             gff.write_gff3_df(gff_group, fp)
コード例 #4
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ファイル: tasks.py プロジェクト: macmanes/dammit
 def cmd():
     with open(output_filename, 'a') as fp:
         for group in parsers.hmmscan_to_df_iter(input_filename):
             gff_group = gff.hmmscan_to_gff3_df(group, 'dammit.hmmscan',
                                                database)
             gff.write_gff3_df(gff_group, fp)