コード例 #1
0
ファイル: test_core.py プロジェクト: yamagatm/NeuroM
def test_neurite_deepcopy():

    d = _io.load_neuron(FILENAMES[0])
    nrt = d.neurites[0]
    nrt2 = deepcopy(nrt)

    nt.assert_true(nrt is not nrt2)

    _check_cloned_neurites(nrt, nrt2)
コード例 #2
0
ファイル: test_core.py プロジェクト: jdcourcol/NeuroM
def test_neurite_deepcopy():

    d = _io.load_neuron(FILENAMES[0])
    nrt = d.neurites[0]
    nrt2 = deepcopy(nrt)

    nt.assert_true(nrt is not nrt2)

    _check_cloned_neurites(nrt, nrt2)
コード例 #3
0
ファイル: test_core.py プロジェクト: yamagatm/NeuroM
def test_neuron_deepcopy():

    d = _io.load_neuron(FILENAMES[0])
    dc = deepcopy(d)

    nt.assert_true(d is not dc)

    nt.assert_true(d.soma is not dc.soma)

    nt.assert_true(np.all(d.soma.points == dc.soma.points))
    nt.assert_true(np.all(d.soma.center == dc.soma.center))
    nt.assert_equal(d.soma.radius, dc.soma.radius)

    for a, b in zip(d.neurites, dc.neurites):
        _check_cloned_neurites(a, b)
コード例 #4
0
ファイル: test_core.py プロジェクト: jdcourcol/NeuroM
def test_neuron_deepcopy():

    d = _io.load_neuron(FILENAMES[0])
    dc = deepcopy(d)

    nt.assert_true(d is not dc)

    nt.assert_true(d.soma is not dc.soma)

    nt.assert_true(np.all(d.soma.points == dc.soma.points))
    nt.assert_true(np.all(d.soma.center == dc.soma.center))
    nt.assert_equal(d.soma.radius, dc.soma.radius)

    for a, b in zip(d.neurites, dc.neurites):
        _check_cloned_neurites(a, b)
コード例 #5
0
ファイル: test_view.py プロジェクト: juanchopanza/NeuroM
def test_neuron3d_no_neurites():
    filename = os.path.join(SWC_PATH, 'point_soma.swc')
    f, a = view.neuron3d(io.load_neuron(filename))
コード例 #6
0
ファイル: test_view.py プロジェクト: juanchopanza/NeuroM
from neurom.view import view
from neurom.point_neurite.treefunc import set_tree_type
import os
import numpy as np
import pylab as plt
from neurom.point_neurite.point_tree import PointTree


DATA_PATH = './test_data'
SWC_PATH = os.path.join(DATA_PATH, 'swc/')

pt_raw_data = pt_io.load_data(SWC_PATH + 'Neuron.swc')
pt_neuron = make_neuron(pt_raw_data, set_tree_type)
soma0 = pt_neuron.soma

fst_neuron = io.load_neuron(os.path.join(SWC_PATH, 'Neuron.swc'))


def test_tree():
    axes = []
    for tree in pt_neuron.neurites:
        fig, ax = view.tree(tree)
        axes.append(ax)
    nt.ok_(axes[0].get_data_ratio() > 1.00 )
    nt.ok_(axes[1].get_data_ratio() > 0.80 )
    nt.ok_(axes[2].get_data_ratio() > 1.00 )
    nt.ok_(axes[3].get_data_ratio() > 0.85 )
    tree0 = pt_neuron.neurites[0]
    fig, ax = view.tree(tree0, treecolor='black', diameter=False, alpha=1., linewidth=1.2)
    c = ax.collections[0]
    nt.ok_(c.get_linewidth()[0] == 1.2 )