コード例 #1
0
ファイル: app.py プロジェクト: shunsunsun/pychembldb 
def compound_by_ChEMBLID(chembl_id):
    chembl_id, format = check_query(chembl_id)
    compound = chembldb.query(Molecule).filter_by(chembl_id=chembl_id).one()

    result = {
        "compound": {
            "acdLogd": float(compound.property.acd_logd),
            "acdLogp": float(compound.property.acd_logp),
            "alogp": float(compound.property.alogp),
            "chemblId": chembl_id,
            "knownDrug": is_known_drug(compound),
            "medChemFriendly": is_med_chem_friendly(compound),
            "molecularFormula": compound.structure.molformula,
            "molecularWeight": float(compound.property.full_mwt),
            "numRo5Violations": compound.property.num_ro5_violations,
            "passesRuleOfThree": is_ro3_pass(compound),
            "rotatableBonds": compound.property.rtb,
            "smiles": compound.structure.canonical_smiles,
            "stdInChiKey": compound.structure.standard_inchi_key
        }
    }
    return jsonify(result)
コード例 #2
0
ファイル: app.py プロジェクト: kzfm/pychembldb 
def compound_by_ChEMBLID(chembl_id):
    chembl_id, format = check_query(chembl_id)
    compound = chembldb.query(Molecule).filter_by(chembl_id=chembl_id).one()

    result = {
    "compound": {
        "acdLogd": float(compound.property.acd_logd),
        "acdLogp": float(compound.property.acd_logp),
        "alogp": float(compound.property.alogp),
        "chemblId": chembl_id,
        "knownDrug": is_known_drug(compound),
        "medChemFriendly": is_med_chem_friendly(compound),
        "molecularFormula": compound.structure.molformula,
        "molecularWeight": float(compound.property.full_mwt),
        "numRo5Violations": compound.property.num_ro5_violations,
        "passesRuleOfThree": is_ro3_pass(compound),
        "rotatableBonds": compound.property.rtb,
        "smiles": compound.structure.canonical_smiles,
        "stdInChiKey": compound.structure.standard_inchi_key
        }
    }
    return jsonify(result)
コード例 #3
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(CompoundProperty).first()
コード例 #4
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(ComponentSynonym).filter_by(component_id=7868).first()
コード例 #5
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(MetabolismRefs).filter_by(
         met_id=120).first()
コード例 #6
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(MoleculeSynonym).filter_by(synonyms="Gleevec").first().molecule.property
コード例 #7
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(ProteinClassification).first()
コード例 #8
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(DrugMechanism).first()
コード例 #9
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(Cell).get(1)
コード例 #10
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(VariantSequence).filter_by(
         variant_id=109).first()
コード例 #11
0
ファイル: test_target_type.py プロジェクト: kzfm/pychembldb 
 def setUp(self):
     self.target_type = chembldb.query(TargetType).first()
コード例 #12
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(MoleculeSynonym).first()
コード例 #13
0
ファイル: test_activities.py プロジェクト: kzfm/pychembldb 
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(Activity).get(31863)
コード例 #14
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(ChemblId).first()
コード例 #15
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(Target).get(1)
コード例 #16
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(BindingSite).filter_by(
         site_name="Mu opioid receptor, 7tm_1 domain").first()
コード例 #17
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(DefinedDailyDose).first()
コード例 #18
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(CompoundRecord).first()
コード例 #19
0
ファイル: test_docs.py プロジェクト: kzfm/pychembldb 
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(Doc).get(10)
コード例 #20
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(CompoundStructure).first()
コード例 #21
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(ActivityStdLookup).get(1)
コード例 #22
0
 def setUp(self):
     self.mol = chembldb.query(Molecule).first()
コード例 #23
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(AssayParameter).filter_by(
         assay_param_id=3710885).first()
コード例 #24
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(BioComponentSequence).first()
コード例 #25
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(ActivityProperty).filter_by(ap_id=1).first()
コード例 #26
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(FracClassification).filter_by(
         frac_class_id=470).first()
コード例 #27
0
ファイル: test_formulations.py プロジェクト: kzfm/pychembldb 
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(Formulation).filter_by(product_id="PRODUCT_017641_001").first()
コード例 #28
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(PredictedBindingDomain).filter_by(
         site_id=1620).first()
コード例 #29
0
ファイル: test_source.py プロジェクト: shunsunsun/pychembldb 
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(Source).get(3)
コード例 #30
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(Target).filter_by(
         chembl_id="CHEMBL2074").first()
コード例 #31
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(PredictedBindingDomain).get(1)
コード例 #32
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(OrganismClass).first()
コード例 #33
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(ProteinFamilyClassification).filter_by(
         protein_class_id=1).first()
コード例 #34
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(LigandEff).first()
コード例 #35
0
ファイル: test_assays.py プロジェクト: kzfm/pychembldb 
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(Assay).get(10)
コード例 #36
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(RelationshipType).first()
コード例 #37
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(ResearchStem).first()
コード例 #38
0
ファイル: test_products.py プロジェクト: kzfm/pychembldb 
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(Product).filter_by(trade_name="PAREDRINE").first()
コード例 #39
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(AssayClassification).filter_by(assay_class_id=1).first()
コード例 #40
0
ファイル: test_binding_sites.py プロジェクト: kzfm/pychembldb 
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(BindingSite).get(1)
コード例 #41
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(HracClassification).filter_by(
         hrac_class_id=1).first()
コード例 #42
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(ComponentDomain).first()
コード例 #43
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(ConfidenceScore).first()
コード例 #44
0
 def setUp(self):
     self.mol = chembldb.query(Molecule).filter_by(chembl_id="CHEMBL941").first()
コード例 #45
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(AssayType).first()
コード例 #46
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(ActionType).first()
コード例 #47
0
ファイル: test_version.py プロジェクト: kzfm/pychembldb 
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(Version).first()
コード例 #48
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(ActivitySupp).filter_by(as_id=1).first()
コード例 #49
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(MechanismRefs).filter_by(
         mec_id=100).first()
コード例 #50
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(IndicationRefs).filter_by(
         drugind_id=22612).first()
コード例 #51
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(StructuralAlertSet).filter_by(
         alert_set_id=1).first()
コード例 #52
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(BioComponentSequence).first()
コード例 #53
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(ResearchCompany).get(1)
コード例 #54
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(SiteComponent).get(1)
コード例 #55
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(TissueDictionary).filter_by(uberon_id="UBERON:0000007").first()
コード例 #56
0
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(DefinedDailyDose).filter_by(
         atc_code="A01AA01").first()
コード例 #57
0
ファイル: test_ligand_eff.py プロジェクト: kzfm/pychembldb 
 def setUp(self):
     self.target = chembldb.query(LigandEff).first()