Python filter_lastal_bamの例

コード例 #1

ファイル: test_taxon_filter.py プロジェクト: yesimon/viral-ngs

 def test_lastal_empty_output(self):
     in_bam = os.path.join(util.file.get_test_input_path(self), 'test-reads-human.bam')
     taxon_filter.filter_lastal_bam(
         in_bam,
         self.lastdb_path,
         util.file.mkstempfname()
     )

コード例 #2

ファイル: test_taxon_filter.py プロジェクト: yesimon/viral-ngs

 def test_lastal_empty_input(self):
     empty_bam = os.path.join(util.file.get_test_input_path(), 'empty.bam')
     taxon_filter.filter_lastal_bam(
         empty_bam,
         self.lastdb_path,
         util.file.mkstempfname()
     )

コード例 #3

 def test_lastal_unbuilt_db(self):
     empty_bam = os.path.join(util.file.get_test_input_path(), 'empty.bam')
     in_bam = os.path.join(util.file.get_test_input_path(),
                           'TestDepleteHuman', 'test-reads-human.bam')
     outBam = util.file.mkstempfname('-out-taxfilt.bam')
     taxon_filter.filter_lastal_bam(in_bam, self.polio_fasta, outBam)
     assert_equal_bam_reads(self, outBam, empty_bam)

コード例 #4

ファイル: test_taxon_filter.py プロジェクト: broadinstitute/viral-ngs

 def test_lastal_empty_input(self):
     empty_bam = os.path.join(util.file.get_test_input_path(), 'empty.bam')
     outBam = util.file.mkstempfname('-out-taxfilt.bam')
     taxon_filter.filter_lastal_bam(
         empty_bam,
         self.lastdb_path,
         outBam
     )
     assert_equal_bam_reads(self, outBam, empty_bam)

コード例 #5

ファイル: test_taxon_filter.py プロジェクト: broadinstitute/viral-ngs

 def test_lastal_unbuilt_db(self):
     empty_bam = os.path.join(util.file.get_test_input_path(), 'empty.bam')
     in_bam = os.path.join(util.file.get_test_input_path(), 'TestDepleteHuman', 'test-reads-human.bam')
     outBam = util.file.mkstempfname('-out-taxfilt.bam')
     taxon_filter.filter_lastal_bam(
         in_bam,
         self.polio_fasta,
         outBam
     )
     assert_equal_bam_reads(self, outBam, empty_bam)

コード例 #6

 def test_lastal_empty_input(self):
     empty_bam = os.path.join(util.file.get_test_input_path(), 'empty.bam')
     outBam = util.file.mkstempfname('-out-taxfilt.bam')
     taxon_filter.filter_lastal_bam(empty_bam, self.lastdb_path, outBam)
     assert_equal_bam_reads(self, outBam, empty_bam)