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gbusr/CosmicadDetection-Keras-Tensorflow-FasterRCNN

 
 

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红细胞图片目标检测

实验背景

该实验是基于四百张红细胞显微图,使用Transfer Learning(迁移学习)和Faster RCNN,在Azure数据科学虚拟机里利用预装的Keras和Tensorflow框架完成红细胞的检测。

实验环境

  • Azure数据科学虚拟机:NC6类型,Ubuntu
  • Keras 2.0.9
  • Tensorflow 1.4.0
  • Anaconda Python 3.5.2 with CUDA 8.0

1. 虚拟机准备

  1. 创建Azure 数据科学虚拟机 在全球版Azure的管理门户上搜索Azure数据科学虚拟机(Data Science Virtual Machine),开始创建。注意选择Ubuntu系统,HDD磁盘类型,NC6型号虚拟机。创建成功后,通过Putty连接虚拟机。

  2. 训练环境配置 配置Keras默认后台为Tensorflow。也可以在/home//.keras里面找到keras.json文件。 如果使用Python环境运行代码,可以运行source activate py35,启动虚拟环境,也可以直接使用Python。

数据说明

数据里包含约四百张红细胞显微图片,以及对应的Pascal VOC格式的标注(xml),下载

参考来源

代码说明

  • pascal_voc_parser.py: 数据预处理,读取图片和其VOC格式(xml)的标注,转换成"path/image.jpg,x1,y1,x2,y2,class_name"这种格式。
    • 输入为数据路径,图片存储在JPEGImages中,标注存储在Annotations中。
    • 目前文件中将路径中的所有图片都设定为训练集,如果分割测试集,需要调整代码。
  • train_frcnn.py: 模型训练。
    • get_data函数需要设置数据存储的路径(即dataset的路径)
    • 通过epoch_length和num_epochs修改训练次数和每一次的训练长度。
    • 代码里面没有设置validation set,只针对训练集。
  • test_frcnn.py: 测试模型。
    • 将图片放到测试文件夹中。
    • 需要读取训练时保存的config.pickle文件和训练好的模型model.hdf5。

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  • Python 100.0%