web.config - используется для распознования azure приложения и понимания как запускать проект. Там находится handler, настройки приложения, настройки отладки и всяческие переменные.

./github/workflows/master_azurebot-test-1.yml - файл для конфигурации деплоя через github actions где файл разбивается на определённые шаги по которым github собирает, подготавливает проект:

• выбирается версия python который будет использоваться;
• настраивается и включается виртуальное окружение python, чтобы установить все необходимые библиотеки;
• упаковывается проект;
• устаналиваются настройки публикации проекта.

app.py - основной запуской файл, где находится APP который берёт настройки из config.py.

./bots/custom_prompt_bot.py - логика бота.

В данный момент web.config скорее всего использует неправильный handler который в свою очередь использует файл ptvs_virtualenv_proxy.py и app.wsgi_app функцию.