Genix est un programme de génie génétique principalement destiné à l’étude des SVT. Ce programme s’utilise dans un terminal GNU/Linux et comporte un menu interactif permettant des réaliser l’ensemble des traitements possibles. Il a été développé dans le but d’offrir une alternative aux logiciels (libres et non libres) pédagogiques de traitement de séquences déjà existant mais utilisables uniquement sous Windows.
- Recherche et ajout de séquences (nucléotidiques et peptidiques)
- Création de séquences (nucléotidiques et peptidiques)
- Transcritpion
- Traduction
- Rétro-transcription
- Affichage d’informations sur les séquences
- Alignements et comparaisons simples locales et globales
- Alignements et comparaisons multiples (Clustalw)
- Choix du code génétique utlilisé pour la traduction
- Représentation des tables des différents codes génétiques
- Affichage des séquences peptidiques par une représentation à une ou trois lettres par acide aminé
- Choix de la représentations des alignements (genix, emboss, clustalw, phylip, anagène-like)
- Sauvegarde des séquences créées, ou modifiées par transcription , traduction ou rétro-transcription
- Conversion de séquences au format .edi en fasta
- Création de fasta mono et multi-séquences
- Affichage des scores et/ou matrices de similitudes associés aux alignements
Genix est un programme qui fonctionne uniquement sous GNU Linux. Il est écrit en python et requiert une version de python >= 3.4
Genix requiert des dépendances python qui ne sont pas présentes dans la librairie standard (numpy, biopython, xhtml2pdf, pandas) et des dépendances non python (Clustalw, Emboss, Rebase, Phylip).
pip install numpy biopython xhtml2pdf pandas
http://www.clustal.org/clustal2/
Sur Debian:
sudo apt-get install clustalw
http://emboss.sourceforge.net/download/
Sur Debian:
sudo apt-get install emboss
Rebase est indispensable pour utiliser les fonctions liées aux enzymes de restriction; il s'agit notamment des fonctions restrict et remap.
1: placez vous dans le répertoire de rebase
cd /usr/share/EMBOSS/data/REBASE
2: télécharger les fichiers withrefm et proto depuis le serveur ftp de rebase
sudo wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/rebase/withrefm*
Puis
sudo wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/rebase/proto*
3: décompresser
sudo uncompress withrefm.707.gz
Et
sudo uncompress proto.707.gz
Vous n'aurez pas forcément le version 707.... c'est à adapter
4: extraire rebase
rebaseextract
Et voilà... c'est terminé.
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/install.html
Sur Debian:
sudo apt-get install phylip
Téléchargement avec wget:
~ $ wget https://github.com/YannBouyeron/genix/archive/master.zip
~ $ unzip master.zip
~ $ mv genix-master genix
Telechargement avec git:
~ $ git clone https://github.com/YannBouyeron/genix.git
Rendre le programme executable:
~ $ cd genix && mv genix.py genix && sudo chmod 755 genix && sudo cp genix* /usr/local/bin && cd ..
Accéder au menu interactif:
~ $ genix -m
Accéder au menu interactif (si vous n’avez pas rendu le programme exécutable):
~ $ cd genix
~/genix $ python3 genix.py -m
Accéder à l’aide:
~ $ genix -h
~ $ cd /usr/local/bin/
/usr/local/bin $ sudo rm genix*