def read_molecule(r):
"""(reader) -> Molecule
Read a single molecule from r and return it, or return None to signal end
of file.
"""
# If there isn't another line, we're at the end of the file.
line = r.readlne()
if not line:
return None
# Name of the molecule: "COMPND name"
key, name = line.split()
# Other lines are either "END" or "Atom num kind x y z"
molecule = Molecule(name)
reading = True
while reading:
line = r.readline()
if line.startswith('END'):
reading = false
else:
key, num, kind, x, y, z = line.split()
molecule.add(Atom(num, kind, float(x), float(y), float(z)))
return molecule
def __init__(self):
# 原子表名称
table_ver = "元素周期表 Ver1.0 "
# 将 CSV 文件内容读入内存
# 设定 CSV 文件所在的路径 path （注意在 ATOM 和 CMD 环境下当前工作路径有所差异）
# for ATOM
csv_path = os.getcwd() + '\\' + 'config\\all_atoms.csv'
# for cmd Python
# csv_path = os.getcwd() + '\\' + '..\\config\\all_atoms.csv'
# for PyCharm
# csv_path = '..\\config\\all_atoms.csv'
df = pd.read_csv(csv_path, sep=',')
# 将CSV内容转化为二维数组
data = np.array(df.loc[:, :])
# 顺序读取所有元素，并初始化每个实例化的类
for row in data:
# 新生成一个空白的原子类
self._atom = Atom()
# 读取每一行的原子信息，并存入相应的类属性
self._atom.seq = row[0]
self._atom.symbol = row[1]
self._atom.name = row[2]
self._atom.set_spell_zh(row[3])
self._atom.mass = row[4]
self._atom.set_name_en(row[5])
self._atom.period = row[6]
self._atom.family = row[7]
self._atom.catalog = row[8]
# 将填好信息的原子类加入列表
self._atoms.append(self._atom)
# 更新计数器
self._count = len(self._atoms)
# 更新最大最小值
self._refresh_maxmin()
return
for i in range(0, total_columns):
print(data[row-1][i])
col = 2
print("\n打印第(%d)列的数据----------" % (col))
for j in range(0, total_rows):
print(data[j][col-1])
# 练习五，将二位数组内容批量赋予类，并建立一个类的列表
# 所有元素对象的 list
atoms = []
# 顺序读取所有元素，并初始化每个实例化的类
for row in data:
# 新生成一个空白的原子类
atom = Atom()
# 读取每一行的原子信息，并存入相应的类属性
atom.seq = row[0]
atom.symbol = row[1]
atom.name = row[2]
atom.set_spell_zh(row[3])
atom.mass = row[4]
atom.set_name_en(row[5])
atom.period = row[6]
atom.family = row[7]
atom.catalog = row[8]
# 将填好信息的原子类加入列表
atoms.append(atom)
# 打印所有的类
print("\n总共转化了 (%d) 个原子：" % (len(atoms)))
class AtomsTable:
# 私有属性
_atoms = [] # 所有元素对象的 list
_count = 0 # 本表容纳的原子个数
_max_seq = 0 # 最大的原子序号
_min_seq = 0 # 最小的原子序号
_max_mass = 0.0
_min_mass = 0.0
# 公共属性
table_ver = ""
atoms_iterator = iter(_atoms)
# 创建 atoms 列表
# 定义构造方法
def __init__(self):
# 原子表名称
table_ver = "元素周期表 Ver1.0 "
# 将 CSV 文件内容读入内存
# 设定 CSV 文件所在的路径 path （注意在 ATOM 和 CMD 环境下当前工作路径有所差异）
# for ATOM
csv_path = os.getcwd() + '\\' + 'config\\all_atoms.csv'
# for cmd Python
# csv_path = os.getcwd() + '\\' + '..\\config\\all_atoms.csv'
# for PyCharm
# csv_path = '..\\config\\all_atoms.csv'
df = pd.read_csv(csv_path, sep=',')
# 将CSV内容转化为二维数组
data = np.array(df.loc[:, :])
# 顺序读取所有元素，并初始化每个实例化的类
for row in data:
# 新生成一个空白的原子类
self._atom = Atom()
# 读取每一行的原子信息，并存入相应的类属性
self._atom.seq = row[0]
self._atom.symbol = row[1]
self._atom.name = row[2]
self._atom.set_spell_zh(row[3])
self._atom.mass = row[4]
self._atom.set_name_en(row[5])
self._atom.period = row[6]
self._atom.family = row[7]
self._atom.catalog = row[8]
# 将填好信息的原子类加入列表
self._atoms.append(self._atom)
# 更新计数器
self._count = len(self._atoms)
# 更新最大最小值
self._refresh_maxmin()
return
# 遍历所有元素，更新最大&最小 原子序数及相对质量
def _refresh_maxmin(self):
# 建立比较基准
max_seq = -1
max_mass = -1
min_seq = 9999
min_mass = 9999
# 遍历，寻找最大最小值
for atom in self._atoms:
if atom.seq > max_seq:
max_seq = atom.seq
if atom.seq < min_seq:
min_seq = atom.seq
if atom.mass > max_mass:
max_mass = atom.mass
if atom.mass < min_mass:
min_mass = atom.mass
# 更新内部属性
self._max_seq = max_seq
self._min_seq = min_seq
self._max_mass = max_mass
self._min_mass = min_mass
return
# ---------- 以下为供外部调用的函数 --------------
# 获取原子列表的个数
def get_count(self):
return self._count
# 获取最大最小值 - 原子序号
def get_max_seq(self):
return self._max_seq
def get_min_seq(self):
return self._min_seq
# 获取最大最小值 - 相对原子量
def get_max_mass(self):
return self._max_mass
def get_min_mass(self):
return self._min_mass
# 依据指定的原子序号获取的原子信息（返回一个 atom 类）
def get_atom_by_seq(self, num):
found_atom = Atom()
# 遍历搜寻
for atom in self._atoms:
if atom.seq == num:
found_atom.seq = atom.seq
found_atom.symbol = atom.symbol
found_atom.name = atom.name
found_atom.set_spell_zh(atom.get_spell_zh())
found_atom.mass = atom.mass
found_atom.set_name_en(atom.get_name_en())
found_atom.period = atom.period
found_atom.family = atom.family
found_atom.catalog = atom.catalog
return found_atom
# 依据指定的原子英文符号获取的原子信息（返回一个 atom 类）
def get_atom_by_symbol(self, symbol):
found_atom = Atom()
# 遍历搜寻
for atom in self._atoms:
if atom.symbol == symbol:
found_atom.seq = atom.seq
found_atom.symbol = atom.symbol
found_atom.name = atom.name
found_atom.set_spell_zh(atom.get_spell_zh())
found_atom.mass = atom.mass
found_atom.set_name_en(atom.get_name_en())
found_atom.period = atom.period
found_atom.family = atom.family
found_atom.catalog = atom.catalog
return found_atom
def get_atom_by_symbol(self, symbol):
found_atom = Atom()
# 遍历搜寻
for atom in self._atoms:
if atom.symbol == symbol:
found_atom.seq = atom.seq
found_atom.symbol = atom.symbol
found_atom.name = atom.name
found_atom.set_spell_zh(atom.get_spell_zh())
found_atom.mass = atom.mass
found_atom.set_name_en(atom.get_name_en())
found_atom.period = atom.period
found_atom.family = atom.family
found_atom.catalog = atom.catalog
return found_atom
"""
# If there isn't another line, we're at the end of the file.
line = r.readlne()
if not line:
return None
# Name of the molecule: "COMPND name"
key, name = line.split()
# Other lines are either "END" or "Atom num kind x y z"
molecule = Molecule(name)
reading = True
while reading:
line = r.readline()
if line.startswith('END'):
reading = false
else:
key, num, kind, x, y, z = line.split()
molecule.add(Atom(num, kind, float(x), float(y), float(z)))
return molecule
ammonia = Molecule("AMMONIA")
ammonia.add(Atom(1, "N", 0.257, -0.363, 0.0))
ammonia.add(Atom(2, "H", 0.257, 0.727, 0.0))
ammonia.add(Atom(3, "H", 0.771, -0.727, 0.890))
ammonia.add(Atom(4, "H", 0.771, -0.727, -0.890))
ammonia.translate(0, 0, 0.2)
all_families = ( 'I-A', 'II-A', \
'III-B', 'IV-B', 'V-B', 'VI-B', 'VII-B',
'VIII', \
'I-B', 'II-B', \
'III-A', 'IV-A', 'V-A', 'VI-A', 'VII-A', \
'0' )
# 分类
all_types = ( '金属', '非金属', '稀有气体')
"""
# --- 使用类开始 --
# 练习一： 创建一个类
print("开始创建一个原子类：")
x = Atom()
x.show_myself()
# 练习二：修改类的公有/私有成员
print("\n对1个原子类赋值：")
x.seq = 1 # 原子序号
x.name = '氢' # 元素中文符号
x.symbol = 'H' # 元素英文符号
x.mass = 1.008 # 精确的相对原子质量
x.period = 1 # 属于哪个周期（行）
x.family = 'I-A' # 属于哪个族（列）
x.catalog = '非金属' # 属于哪个分类
x.set_name_en('Hydrogen')
x.set_spell_zh('qīng')
x.show_myself()