Exemplos de get_contig_stats em Python

Exemplo n.º 1

 def test_total_size_4(self):
     _, _, _, total_size, _ = get_contig_stats(
         'test/test_contig_stats/contig_stats_4.fasta')
     self.assertEqual(total_size, 260)

Exemplo n.º 2

 def test_ambiguous_bases_3(self):
     _, _, _, _, ambiguous = get_contig_stats(
         'test/test_contig_stats/contig_stats_3.fasta')
     self.assertEqual(ambiguous, 'no')

Exemplo n.º 3

 def test_ambiguous_bases_4(self):
     _, _, _, _, ambiguous = get_contig_stats(
         'test/test_contig_stats/contig_stats_4.fasta')
     self.assertEqual(ambiguous, 'yes (4)')

Exemplo n.º 4

 def test_longest_1(self):
     _, _, longest_contig, _, _ = get_contig_stats(
         'test/test_contig_stats/contig_stats_1.fasta')
     self.assertEqual(longest_contig, 45)

Exemplo n.º 5

 def test_longest_2(self):
     _, _, longest_contig, _, _ = get_contig_stats(
         'test/test_contig_stats/contig_stats_2.fasta')
     self.assertEqual(longest_contig, 200)

Exemplo n.º 6

 def test_n50_2(self):
     _, n50, _, _, _ = get_contig_stats(
         'test/test_contig_stats/contig_stats_2.fasta')
     self.assertEqual(n50, 200)

Exemplo n.º 7

 def test_n50_1(self):
     _, n50, _, _, _ = get_contig_stats(
         'test/test_contig_stats/contig_stats_1.fasta')
     self.assertEqual(n50, 40)

Exemplo n.º 8

 def test_count_2(self):
     contig_count, _, _, _, _ = get_contig_stats(
         'test/test_contig_stats/contig_stats_2.fasta')
     self.assertEqual(contig_count, 3)

Exemplo n.º 9

Arquivo: test_contig_stats.py Projeto: fuying98/Kleborate

 def test_ambiguous_bases_4(self):
     _, _, _, ambiguous_bases = get_contig_stats(
         'test/sequences/contig_stats_4.fasta')
     self.assertEqual(ambiguous_bases, 'yes')

Exemplo n.º 10

Arquivo: test_contig_stats.py Projeto: fuying98/Kleborate

 def test_count_1(self):
     contig_count, _, _, _ = get_contig_stats(
         'test/sequences/contig_stats_1.fasta')
     self.assertEqual(contig_count, 4)