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ApexbioF02/parallel_humann

 
 

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Parallel HuMAnN v1.0

  • Update HuMAnN3.0 with parallel computing
  • Speed up to 2x-4x times
  • compatible with HuMAnN 3.0

说明

  • 基于HuMAnN 3.0版本优化,兼容HuMAnN 3.0版本
  • 主要使用Python Multiprocessing优化大文件处理流程
  • 优化部分文件IO过程
  • 整体实现2-4倍的加速
  • 移除HuMAnN 3中memory-use参数的支持,影响运行效率

如何使用?

请参见wiki

TODO

  • 继续优化Diamond Output post-processing
  • 在更多数据集上测试结果一致性

HUMAnN Src



About

Update humann with parallel processing to speed up the annotation process

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  • Python 100.0%