Optimierung biologisch-realistischer Neuronenmodelle

Benötigte Software: java, python2.7, SciPy, NumPy, matplotlib, NEURON, inspyred Lokale Konfigurationen:

• Zu den Globalen Variablen muss der Pfad zu neuroConstruct_1.6.0 hinzugefügt werden. Unter Linux einfach "export NC_HOME=PfadZuNeuroconstruct" in die .bashrc einfügen. So kann jeder mit der gleichen nC.sh oder nC.bat arbeiten.
• NeuroConstruct muss so konfiguriert werden, dass NEURON gefunden wird. Dazu NeuroConstruct öffnen und unter allgemeine Einstellungen gehen.

Die Simulation kann mit start_sim.py gestarted werden, wobei man mit '-c ' je eine Konfiguration angeben kann.

python2.7 start_sim.py -c myconf.cfg

Über den Befehl

python2.7 -m cProfile -s time start_sim.py myconf.cfg

Lässt sich der Profiler anhängen.

Weitere Optionen sind über

python2.7 start_sim.py -h

aufrufbar.

Die "default.cfg" Datei enthält alle Parameter der Algorithmen, die konfigurierbar sind, sollte aber nicht geändert werden, damit eine neue Version nicht die eigene Konfiguration überschreibt. Stattdessen muss man eine neue Konfigurationsdatei erstellen und nur die Parameter der entsprechenden Sektionen einfügen, die von dem Standard abweichen. Es werden die "default.cfg" und die übergebene Konfiguration nacheinander ausgelesen.