def test_molecule_center_calculation_of_benzene():
"""Tests molecule center for benzene"""
benzene = Molecule(read=benzene_xyz)
benzene_com = benzene.get_center() # Center of mass
benzene_cog = benzene.get_center(mass=False) # Geometric center
assert np.allclose(get_molecule_center(benzene.atoms, benzene.coordinates), [0, 0, 0])
assert np.allclose(benzene_com, [0, 0, 0])
assert np.allclose(benzene_com, benzene_cog)
def test_centering_benzene_molecule_to_given_coordinates():
"""Tests molecule center for benzene"""
benzene = Molecule(read=benzene_xyz)
benzene.center([5, 0, -5])
assert np.allclose(benzene.get_center(), [5, 0, -5])
benzene.center()
assert np.allclose(benzene.get_center(), [0, 0, 0])
benzene.translate([0, 0, 7])
assert np.allclose(benzene.get_center(), [0, 0, 7])
benzene.rotate(([0, 0, 0], [0, 1, 0]), np.pi / 2)
assert np.allclose(benzene.get_center(), [7, 0, 0])
benzene.rotate(([0, 0, 0], [0, 1, 0]), np.pi / 2, center=True)
assert np.allclose(benzene.get_center(), [7, 0, 0])
def test_benzene_reflection_yz_plane_should_change_x_axis_position():
mol = Molecule(read=benzene_xyz)
mol.center([5, 0, 0])
mol.reflect('yz')
assert np.allclose(mol.get_center(), [-5, 0, 0])