def main():
#import m_kpoints
#from m_kpoints import m_kpoints as mod
#print(m_kpoints.__doc__)
#v1 = np.zeros(3)
#v2 = v1 + 1.0
#print(v1, v2)
#ans, g0 = mod.isamek(v1, v2)
#print(ans,g0)
from abipy.core.kpoints import IrredZone, kmesh_from_mpdivs
filename = "/Users/gmatteo/Coding/abipy/abipy/data/runs/data_si_ebands/outdata/si_scf_GSR.nc"
structure = Structure.from_file(filename)
ibz = IrredZone.from_file(filename)
#print(ibz)
mpdivs = [8, 8, 8]
shifts = [0.0, 0.0, 0.0]
#tables = map_mesh2ibz(structure, mpdivs, shifts, ibz)
bz = kmesh_from_mpdivs(mpdivs, shifts)
ktab = slow_map_mesh2ibz(structure, bz, ibz.frac_coords)
def main():
#import m_kpoints
#from m_kpoints import m_kpoints as mod
#print(m_kpoints.__doc__)
#v1 = np.zeros(3)
#v2 = v1 + 1.0
#print(v1, v2)
#ans, g0 = mod.isamek(v1, v2)
#print(ans,g0)
from abipy.core.kpoints import IrredZone, kmesh_from_mpdivs
filename = "/Users/gmatteo/Coding/abipy/abipy/data/runs/data_si_ebands/outdata/si_scf_GSR.nc"
structure = Structure.from_file(filename)
ibz = IrredZone.from_file(filename)
#print(ibz)
mpdivs = [8, 8, 8]
shifts = [0.0, 0.0, 0.0]
#tables = map_mesh2ibz(structure, mpdivs, shifts, ibz)
bz = kmesh_from_mpdivs(mpdivs, shifts)
ktab = slow_map_mesh2ibz(structure, bz, ibz.frac_coords)
def test_unshifted_kmesh(self):
"""Testing the generation of unshifted kmeshes."""
mpdivs, shifts = [1, 2, 3], [0, 0, 0]
# No shift, no pbc.
kmesh = kmesh_from_mpdivs(mpdivs, shifts, order="unit_cell")
ref_string = \
"""[[ 0. 0. 0. ]
[ 0. 0. 0.33333333]
[ 0. 0. 0.66666667]
[ 0. 0.5 0. ]
[ 0. 0.5 0.33333333]
[ 0. 0.5 0.66666667]]"""
self.assertMultiLineEqual(str(kmesh), ref_string)
# No shift, with pbc.
pbc_kmesh = kmesh_from_mpdivs(mpdivs,
shifts,
pbc=True,
order="unit_cell")
ref_string = \
"""[[ 0. 0. 0. ]
[ 0. 0. 0.33333333]
[ 0. 0. 0.66666667]
[ 0. 0. 1. ]
[ 0. 0.5 0. ]
[ 0. 0.5 0.33333333]
[ 0. 0.5 0.66666667]
[ 0. 0.5 1. ]
[ 0. 1. 0. ]
[ 0. 1. 0.33333333]
[ 0. 1. 0.66666667]
[ 0. 1. 1. ]
[ 1. 0. 0. ]
[ 1. 0. 0.33333333]
[ 1. 0. 0.66666667]
[ 1. 0. 1. ]
[ 1. 0.5 0. ]
[ 1. 0.5 0.33333333]
[ 1. 0.5 0.66666667]
[ 1. 0.5 1. ]
[ 1. 1. 0. ]
[ 1. 1. 0.33333333]
[ 1. 1. 0.66666667]
[ 1. 1. 1. ]]"""
self.assertMultiLineEqual(str(pbc_kmesh), ref_string)
# No shift, no pbc, bz order
bz_kmesh = kmesh_from_mpdivs(mpdivs, shifts, pbc=False, order="bz")
ref_string = \
"""[[ 0. -0.5 -0.33333333]
[ 0. -0.5 0. ]
[ 0. -0.5 0.33333333]
[ 0. 0. -0.33333333]
[ 0. 0. 0. ]
[ 0. 0. 0.33333333]]"""
self.assertMultiLineEqual(str(bz_kmesh), ref_string)
# No shift, pbc, bz order
bz_kmesh = kmesh_from_mpdivs(mpdivs, shifts, pbc=True, order="bz")
ref_string = \
"""[[ 0. -0.5 -0.33333333]
[ 0. -0.5 0. ]
[ 0. -0.5 0.33333333]
[ 0. -0.5 0.66666667]
[ 0. 0. -0.33333333]
[ 0. 0. 0. ]
[ 0. 0. 0.33333333]
[ 0. 0. 0.66666667]
[ 0. 0.5 -0.33333333]
[ 0. 0.5 0. ]
[ 0. 0.5 0.33333333]
[ 0. 0.5 0.66666667]
[ 1. -0.5 -0.33333333]
[ 1. -0.5 0. ]
[ 1. -0.5 0.33333333]
[ 1. -0.5 0.66666667]
[ 1. 0. -0.33333333]
[ 1. 0. 0. ]
[ 1. 0. 0.33333333]
[ 1. 0. 0.66666667]
[ 1. 0.5 -0.33333333]
[ 1. 0.5 0. ]
[ 1. 0.5 0.33333333]
[ 1. 0.5 0.66666667]]"""
self.assertMultiLineEqual(str(bz_kmesh), ref_string)
def test_unshifted_kmesh(self):
"""Testing the generation of unshifted kmeshes."""
mpdivs, shifts = [1, 2, 3], [0, 0, 0]
# No shift, no pbc.
kmesh = kmesh_from_mpdivs(mpdivs, shifts, order="unit_cell")
ref_string = """[[ 0. 0. 0. ]
[ 0. 0. 0.33333333]
[ 0. 0. 0.66666667]
[ 0. 0.5 0. ]
[ 0. 0.5 0.33333333]
[ 0. 0.5 0.66666667]]"""
self.assertMultiLineEqual(str(kmesh), ref_string)
# No shift, with pbc.
pbc_kmesh = kmesh_from_mpdivs(mpdivs, shifts, pbc=True, order="unit_cell")
ref_string = """[[ 0. 0. 0. ]
[ 0. 0. 0.33333333]
[ 0. 0. 0.66666667]
[ 0. 0. 1. ]
[ 0. 0.5 0. ]
[ 0. 0.5 0.33333333]
[ 0. 0.5 0.66666667]
[ 0. 0.5 1. ]
[ 0. 1. 0. ]
[ 0. 1. 0.33333333]
[ 0. 1. 0.66666667]
[ 0. 1. 1. ]
[ 1. 0. 0. ]
[ 1. 0. 0.33333333]
[ 1. 0. 0.66666667]
[ 1. 0. 1. ]
[ 1. 0.5 0. ]
[ 1. 0.5 0.33333333]
[ 1. 0.5 0.66666667]
[ 1. 0.5 1. ]
[ 1. 1. 0. ]
[ 1. 1. 0.33333333]
[ 1. 1. 0.66666667]
[ 1. 1. 1. ]]"""
self.assertMultiLineEqual(str(pbc_kmesh), ref_string)
# No shift, no pbc, bz order
bz_kmesh = kmesh_from_mpdivs(mpdivs, shifts, pbc=False, order="bz")
ref_string = """[[ 0. -0.5 -0.33333333]
[ 0. -0.5 0. ]
[ 0. -0.5 0.33333333]
[ 0. 0. -0.33333333]
[ 0. 0. 0. ]
[ 0. 0. 0.33333333]]"""
self.assertMultiLineEqual(str(bz_kmesh), ref_string)
# No shift, pbc, bz order
bz_kmesh = kmesh_from_mpdivs(mpdivs, shifts, pbc=True, order="bz")
ref_string = """[[ 0. -0.5 -0.33333333]
[ 0. -0.5 0. ]
[ 0. -0.5 0.33333333]
[ 0. -0.5 0.66666667]
[ 0. 0. -0.33333333]
[ 0. 0. 0. ]
[ 0. 0. 0.33333333]
[ 0. 0. 0.66666667]
[ 0. 0.5 -0.33333333]
[ 0. 0.5 0. ]
[ 0. 0.5 0.33333333]
[ 0. 0.5 0.66666667]
[ 1. -0.5 -0.33333333]
[ 1. -0.5 0. ]
[ 1. -0.5 0.33333333]
[ 1. -0.5 0.66666667]
[ 1. 0. -0.33333333]
[ 1. 0. 0. ]
[ 1. 0. 0.33333333]
[ 1. 0. 0.66666667]
[ 1. 0.5 -0.33333333]
[ 1. 0.5 0. ]
[ 1. 0.5 0.33333333]
[ 1. 0.5 0.66666667]]"""
self.assertMultiLineEqual(str(bz_kmesh), ref_string)
def test_unshifted_kmesh(self):
"""Testing the generation of unshifted kmeshes."""
def rm_spaces(s):
return " ".join(s.split()).replace("[ ", "[")
mpdivs, shifts = [1, 2, 3], [0, 0, 0]
# No shift, no pbc.
kmesh = kmesh_from_mpdivs(mpdivs, shifts, order="unit_cell")
ref_string = \
"""[[ 0. 0. 0. ]
[ 0. 0. 0.33333333]
[ 0. 0. 0.66666667]
[ 0. 0.5 0. ]
[ 0. 0.5 0.33333333]
[ 0. 0.5 0.66666667]]"""
self.assertMultiLineEqual(rm_spaces(str(kmesh)), rm_spaces(ref_string))
# No shift, with pbc.
pbc_kmesh = kmesh_from_mpdivs(mpdivs,
shifts,
pbc=True,
order="unit_cell")
ref_string = \
"""[[ 0. 0. 0. ]
[ 0. 0. 0.33333333]
[ 0. 0. 0.66666667]
[ 0. 0. 1. ]
[ 0. 0.5 0. ]
[ 0. 0.5 0.33333333]
[ 0. 0.5 0.66666667]
[ 0. 0.5 1. ]
[ 0. 1. 0. ]
[ 0. 1. 0.33333333]
[ 0. 1. 0.66666667]
[ 0. 1. 1. ]
[ 1. 0. 0. ]
[ 1. 0. 0.33333333]
[ 1. 0. 0.66666667]
[ 1. 0. 1. ]
[ 1. 0.5 0. ]
[ 1. 0.5 0.33333333]
[ 1. 0.5 0.66666667]
[ 1. 0.5 1. ]
[ 1. 1. 0. ]
[ 1. 1. 0.33333333]
[ 1. 1. 0.66666667]
[ 1. 1. 1. ]]"""
self.assertMultiLineEqual(rm_spaces(str(pbc_kmesh)),
rm_spaces(ref_string))
# No shift, no pbc, bz order
bz_kmesh = kmesh_from_mpdivs(mpdivs, shifts, pbc=False, order="bz")
ref_string = \
"""[[ 0. -0.5 -0.33333333]
[ 0. -0.5 0. ]
[ 0. -0.5 0.33333333]
[ 0. 0. -0.33333333]
[ 0. 0. 0. ]
[ 0. 0. 0.33333333]]"""
self.assertMultiLineEqual(rm_spaces(str(bz_kmesh)),
rm_spaces(ref_string))
# No shift, pbc, bz order
bz_kmesh = kmesh_from_mpdivs(mpdivs, shifts, pbc=True, order="bz")
ref_string = \
"""[[ 0. -0.5 -0.33333333]
[ 0. -0.5 0. ]
[ 0. -0.5 0.33333333]
[ 0. -0.5 0.66666667]
[ 0. 0. -0.33333333]
[ 0. 0. 0. ]
[ 0. 0. 0.33333333]
[ 0. 0. 0.66666667]
[ 0. 0.5 -0.33333333]
[ 0. 0.5 0. ]
[ 0. 0.5 0.33333333]
[ 0. 0.5 0.66666667]
[ 1. -0.5 -0.33333333]
[ 1. -0.5 0. ]
[ 1. -0.5 0.33333333]
[ 1. -0.5 0.66666667]
[ 1. 0. -0.33333333]
[ 1. 0. 0. ]
[ 1. 0. 0.33333333]
[ 1. 0. 0.66666667]
[ 1. 0.5 -0.33333333]
[ 1. 0.5 0. ]
[ 1. 0.5 0.33333333]
[ 1. 0.5 0.66666667]]"""
self.assertMultiLineEqual(rm_spaces(str(bz_kmesh)),
rm_spaces(ref_string))
def test_unshifted_kmesh(self):
"""Testing the generation of unshifted kmeshes."""
def rm_spaces(s):
return " ".join(s.split()).replace("[ ", "[")
mpdivs, shifts = [1, 2, 3], [0, 0, 0]
# No shift, no pbc.
kmesh = kmesh_from_mpdivs(mpdivs, shifts, order="unit_cell")
ref_string = \
"""[[ 0. 0. 0. ]
[ 0. 0. 0.33333333]
[ 0. 0. 0.66666667]
[ 0. 0.5 0. ]
[ 0. 0.5 0.33333333]
[ 0. 0.5 0.66666667]]"""
self.assertMultiLineEqual(rm_spaces(str(kmesh)), rm_spaces(ref_string))
# No shift, with pbc.
pbc_kmesh = kmesh_from_mpdivs(mpdivs, shifts, pbc=True, order="unit_cell")
ref_string = \
"""[[ 0. 0. 0. ]
[ 0. 0. 0.33333333]
[ 0. 0. 0.66666667]
[ 0. 0. 1. ]
[ 0. 0.5 0. ]
[ 0. 0.5 0.33333333]
[ 0. 0.5 0.66666667]
[ 0. 0.5 1. ]
[ 0. 1. 0. ]
[ 0. 1. 0.33333333]
[ 0. 1. 0.66666667]
[ 0. 1. 1. ]
[ 1. 0. 0. ]
[ 1. 0. 0.33333333]
[ 1. 0. 0.66666667]
[ 1. 0. 1. ]
[ 1. 0.5 0. ]
[ 1. 0.5 0.33333333]
[ 1. 0.5 0.66666667]
[ 1. 0.5 1. ]
[ 1. 1. 0. ]
[ 1. 1. 0.33333333]
[ 1. 1. 0.66666667]
[ 1. 1. 1. ]]"""
self.assertMultiLineEqual(rm_spaces(str(pbc_kmesh)), rm_spaces(ref_string))
# No shift, no pbc, bz order
bz_kmesh = kmesh_from_mpdivs(mpdivs, shifts, pbc=False, order="bz")
ref_string = \
"""[[ 0. -0.5 -0.33333333]
[ 0. -0.5 0. ]
[ 0. -0.5 0.33333333]
[ 0. 0. -0.33333333]
[ 0. 0. 0. ]
[ 0. 0. 0.33333333]]"""
self.assertMultiLineEqual(rm_spaces(str(bz_kmesh)), rm_spaces(ref_string))
# No shift, pbc, bz order
bz_kmesh = kmesh_from_mpdivs(mpdivs, shifts, pbc=True, order="bz")
ref_string = \
"""[[ 0. -0.5 -0.33333333]
[ 0. -0.5 0. ]
[ 0. -0.5 0.33333333]
[ 0. -0.5 0.66666667]
[ 0. 0. -0.33333333]
[ 0. 0. 0. ]
[ 0. 0. 0.33333333]
[ 0. 0. 0.66666667]
[ 0. 0.5 -0.33333333]
[ 0. 0.5 0. ]
[ 0. 0.5 0.33333333]
[ 0. 0.5 0.66666667]
[ 1. -0.5 -0.33333333]
[ 1. -0.5 0. ]
[ 1. -0.5 0.33333333]
[ 1. -0.5 0.66666667]
[ 1. 0. -0.33333333]
[ 1. 0. 0. ]
[ 1. 0. 0.33333333]
[ 1. 0. 0.66666667]
[ 1. 0.5 -0.33333333]
[ 1. 0.5 0. ]
[ 1. 0.5 0.33333333]
[ 1. 0.5 0.66666667]]"""
self.assertMultiLineEqual(rm_spaces(str(bz_kmesh)), rm_spaces(ref_string))
