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SES591/FINAL_CODE
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Name | Name | Last commit message | Last commit date | |
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MAIN CODE: BooleanBioNet-InfoDyn.py ==> need to work on it! ################################################################################# ## 0. Prepare network with proper input format (split by tab) data/example/example-net-edges.dat data/example/example-net-edges.dat Format: 0-1) NODE_FILE (two columns) node-name (or node-index) threshold 0-2) EDGE_FILE node-name1 node-name2 weight-edge-from-node1-to-node2 ################################################################################# ################################################################################# ## 1. Code to read network structure from files in ## 0 code/input_net.py ################################################################################# ################################################################################# ## 2. Code for updating states of each network code/updating_rule.py ################################################################################# ################################################################################# ## 3. Code for time evolution of each network code/time_evol.py Function: 3-1) transition_map: generate transition mapping between every network state ==> need to be added! 3-2) time_series: generate time series data for informational measures ################################################################################# ################################################################################# ## 4. Code to measure TE and AI for a given time series data (over ensemble or trajectory) code/info_dyn.py ==> need to complete generalized version! Function: 4-1)compute_TE 4-2)compute_AI #################################################################################
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