Praca inżynierska: Narzędzia wspierające równoległe obliczenia na sekwencjach DNA

• Mikołaj Nowak
• Piotr Oleksy
• Piotr Oramus

Opiekun pracy: dr inż Maciej Malawski

Część BATCH znajduje się w repozytorium pod adresem: https://bitbucket.org/pioole/dna

• Aktualnie aplikacja znajduję się pod tym adresem.
• Jeżeli jeszcze tego nie zrobiłeś - załóż konto używając opcji Sign Up
• Zaloguj się używając danych podanych przy rejestracji
• Aby dokonać zsekwencjonowania genomu:
  • Przygotuj genom w formacie fastq.gz - musi mieć on możliwość pobrania z sieci. Przykładowe genomy spełniające powyższe kryteria znajdują się tutaj.
  • W aplikacji wybierz z paska menu pozycję Submit a new job.
  • Wybierz dowolną nazwę dla job'u, który dokona sekwencjonowania w klastrze PL-GRID.
  • Podaj URL, pod którym dostępny jest Twój genom.
  • Podaj PROXY.
    • Jeżeli nie wiesz skąd je wziąć - skorzystaj z dokumentacji PL-GRID w celu wygenerowania nowego PROXY
    • Jeżeli przechowujesz PROXY w pliku proxy_file, to aby zmienić go na tekst użyj polecenia:

    cat proxy_file | base64 | tr -d '\n'
    

    • Uzyskany tekst wklej do odpowiedniego pola tekstowego w aplikacji.
  • Jeżeli masz bezpośredni dostęp do klastra (np. poprzez SSH) i wiesz co robisz, po kliknięciu Click here to expand more options możesz ustawić również ściężkę (absolutną), w której pojawi się output job'u oraz ścieżkę absolutną do katalogu, w którym wykonywane będę obliczenia (workspace directory).
  • Naciśnij Submit.
  • Jeżeli wszystko zakończy się poprawnie, powinieneś zostać przekierowany na stronę z komunikatem o sukcesie. Job został zakolejkowany.
  • Na stronie All jobs możesz śledzić postęp job'u.