distSquareMatrix = dist.squareform(distMatrix)
linkageMatrix = hier.linkage(distMatrix,method='ward')
dendro = hier.dendrogram(linkageMatrix)
leaves2 = dendro['leaves']
transformedData = transformedData[:,leaves2]
##### leaves1 for the mutations sites
##### leaves2 for the taxa
fig_ = plt.figure(figsize=(6,6))
ax_ = fig_.add_subplot(111)
cax_ = ax_.matshow(transformedData,cmap='Blues',aspect="auto")
ax_.set_ylabel('Cells')
ax_.set_xlabel('Genomic Positions')
# fig_.colorbar(cax_)
fig_.savefig(out_path+"hier_clust_heatmap.png", dpi=1200)
###########################################################################
######################## Generate the VCF output ##########################
###########################################################################
VCF.gen_VCF(out_dir=out_path, genotype_mat=mat_, read_count_mat_=read_counts, chrs=chroms, posits=positions, alt_counts=alts, rfs=refs, ids=names, dps=depths)
###################################################################################
######################## Generate Perfect Phylogeny Newick ########################
###################################################################################
if K_==0:
Phylo_module.gen_Newick(genotype=mat_, PerfectPhy_path=PerfectPhy_path_, out_dir_path=out_path, names_=names)
