Python SamtoolsIndexCommandline Beispiele

Beispiel #1

Datei: test_samtools_tool.py Projekt: sgalpha01/biopython

 def test_index(self):
     cmdline = SamtoolsIndexCommandline(samtools_exe)
     cmdline.set_parameter("input_bam", self.bamfile1)
     stdout, stderr = cmdline()
     self.assertFalse(
         stderr, f"Samtools index failed:\n{cmdline}\nStderr:{stderr}")
     self.assertTrue(os.path.exists(self.bamindexfile1))

Beispiel #2

Datei: test_samtools_tool.py Projekt: MCalvi/biopython

 def test_index(self):
     cmdline = SamtoolsIndexCommandline(samtools_exe)
     cmdline.set_parameter("input_bam", self.bamfile1)
     stdout, stderr = cmdline()
     self.assertFalse(stderr,
                      "Samtools index failed:\n%s\nStderr:%s"
                      % (cmdline, stderr))
     self.assertTrue(os.path.exists(self.bamindexfile1))

Beispiel #3

Datei: test_method.py Projekt: lowandrew/geneSipprV2

def test_index_bam(variables):
    targetpath = os.path.join(variables.targetpath, 'bait')
    bam_index = SamtoolsIndexCommandline(
        input=os.path.join(targetpath, 'genesippr_sorted.bam'))
    bam_index()
    size = os.stat(os.path.join(targetpath, 'genesippr_sorted.bam.bai'))
    assert size.st_size > 0

Beispiel #4

Datei: test_samtools_tool.py Projekt: kctsai066/hello-world

 def create_bam_index(self, input_bam):
     """Create index of an input bam file."""
     cmdline = SamtoolsIndexCommandline(samtools_exe)
     cmdline.set_parameter("input_bam", input_bam)
     stdout, stderr = cmdline()

Beispiel #5

Datei: test_samtools_tool.py Projekt: kevinwuhoo/biopython

 def create_bam_index(self, input_bam):
     """Creates index of an input bam file"""
     cmdline = SamtoolsIndexCommandline(samtools_exe)
     cmdline.set_parameter("input_bam", input_bam)
     stdout, stderr = cmdline()