def tp_pars(some_str: str) -> List:
"""
Функция для парсинга температуры и давленя в *.out файле
Parameters
---------
some_str: str
Returns
------
Список содержащий два объекта класса Setting,
Температура и давление соответственно
"""
_temperature = r'(Temperature)\s*([0-9.]+)\s*([\w]+).'
_pressure = r'(Pressure)\s*([0-9.]+)\s*([\w]+).'
tp_string = re.search(_temperature + r'\s*' + _pressure, some_str)
if tp_string:
return [
Setting(name=tp_string.group(1),
value=tp_string.group(2),
unit=tp_string.group(3)),
Setting(name=tp_string.group(4),
value=tp_string.group(5),
unit=tp_string.group(6))
]
def tsrot_pars(some_string: str):
"""Функция необходима для парсинга строк в которые входит TSrot
(вращательная энтропия умноженная на температуру), на вход
принимает строку в которой параметры указаны в kcal/mol,
а возвращает объект класса Setting переконвертировав в J/mol.
Parameters
---------
some_string: str
Строка содержащая в себе значение вращательной энтропии
Returns
------
Возвращает объект класса Setting, содержащий в себе
значения TSrot в J/mol.
"""
_sn_coef_ = r'sn=\s?([\d.]+)'
_some_info_ = r'[\s]+qrot.sn=[\s]+[-\d.]+\s'
_tsrot_segment_ = r'T\*S\(rot\)=[\s]+'
_value_ = r'([-\d.]+)[\s]+kcal\/mol'
_reg = re.search(_sn_coef_ + _some_info_ + _tsrot_segment_ + _value_,
some_string)
if _reg:
_sn_coef = _reg.group(1)
_value = _reg.group(2)
_unit = 'kcal/mol'
return Setting(name=f'{_sn_coef} T*S(rot)', value=_value,
unit=_unit).convert(koef=4184, unit='J/mol')
def freq_pars(some_str: str) -> list:
"""
Функция для парсинга частот
Parameters
---------
some_string: str
Строка содержащая в себе значение частоты
Return
------
Возвращает список содержащий в себе объекты класса Setting,
с значениями частот в cm**-1.
"""
_current_freq_ = []
_name_ = r'(\w+)'
_freq_value_ = r'([-\d.]+)'
_reg_str = _name_ + r'\s\-\-\s*'
# Когда в строке не 3 частоты
# Мы можем учесть это размером регулярного выражения
for i in range(len(some_str.split()) - 2):
_reg_str += _freq_value_ + r'\s*'
freq_str = re.search(_reg_str, some_str)
if freq_str:
for i in range(2, len(some_str.split())):
_current_freq_.append(
Setting(name='freq.', value=freq_str.group(i), unit='cm**-1'))
return _current_freq_
def name_value_pars(some_str: str):
_name = r'([\w\s]+)'
_dots = r'\s*[\.]+\s*'
_value = r'([\d]+)'
_reg = re.search(_name + _dots + _value, some_str)
if _reg:
return Setting(name=_reg.group(1), value=_reg.group(2), unit='')
def setting_pars(settings_str: str):
# TODO Документация job_indx
"""Функция для извлечения параметров расчета из строк,
принимает строку из *.tab файла, содержащую подстроку
'Settings'
Arguments
---------
settings_str: str
Строка *.tab файла, содержащая ключевое слово 'Settings'
Return
------
job_indx: str
settings_list: tuple
Кортеж содержащий объекты класса Setting, описывающие
условия проведения расчета
Example
-------
>>> setting_pars('Settings job 2 : T= 223.15 K ; x(1)= 0.1000;')
(2, (T= 223.15 K, x(1)= 0.1 %))
"""
settings_list = []
job_indx, new_line = settings_str.split(":")
job_indx = job_indx.split()[2]
settings = new_line.split(";")
for setting in settings:
new_setting = None
if len(setting.split()) == 3:
settings_list.append(Setting.from_record(setting))
elif len(setting.split()) == 2:
new_setting = Setting.from_record(setting)
new_setting.convert(name=compound_nr(new_setting.name), unit="%")
settings_list.append(new_setting)
elif len(setting.split()) > 3:
# TODO: Проблемное место, пофиксить n в chunkit
for element in chunkit(setting.split(),
n=len(setting.split()) / 2):
new_setting = Setting.from_record(element)
new_setting.convert(name=compound_nr(new_setting.name),
unit="%")
settings_list.append(new_setting)
return int(job_indx), tuple(settings_list)
def settings_df(self, detailed=None):
# TODO Документация
"""
"""
columns = [self.job_indx]
index = [x.name for x in self.settings]
if 'p=' in index:
pass
else:
index.append('p=')
self.settings.append(Setting(name='p=', value=1, unit='atm'))
if detailed:
data = self.settings
else:
data = [x.value for x in self.settings]
return pd.DataFrame(columns=columns, index=index, data=data)
def freq_pars(some_str: str):
"""Функция для парсинга строк содержащих значения частот
Parameters
---------
some_string: str
Строка содержащая в себе значение частоты
Returns
------
Возвращает объект класса Setting, содержащий в себе
значения параметра в cm**-1.
"""
_freq_number_ = r'([\d]+):\s+'
_value_ = r'([-\d.]+)'
_unit_ = r'\s(cm\**-1)'
_reg = re.search(_freq_number_ + _value_ + _unit_, some_str)
if _reg:
return Setting(name='freq.', value=_reg.group(2), unit=_reg.group(3))
def molecular_mass_pars(some_str: str) -> Setting:
"""
Функция для извлечения молекулярной массы
Parameters
----------
some_str : str
Строка для парсинга
Returns
-------
Setting
Содержит название, значение и единицы измерения параметра
"""
_mol_mass = r'Molecular mass:\s*([0-9.]+)\s*([\w]+).'
_mol_mass_string = re.search(_mol_mass, some_str)
if _mol_mass_string:
return Setting(name='molecular mass',
value=_mol_mass_string.group(1),
unit=_mol_mass_string.group(2))
def scf_energy_pars(some_str: str):
"""
Функция для извлечения электронной энергии
Parameters
----------
some_str : str
Строка для парсинга
Returns
-------
Setting
Содержит название, значение и единицы измерения параметра
"""
_scf_energy = r'SCF\sDone:\s*E[\w\d()-]*\s*=\s*([-\d.]*)'
_scf_energy_string = re.search(_scf_energy, some_str)
if _scf_energy_string:
return Setting(name='scf energy',
value=_scf_energy_string.group(1),
unit='Eh').convert(koef=EH_JMOL, unit='J/mol')
def other_param_pars(some_string: str):
"""Функция предназначена для парсинга параметров, указанных в Eh,
автоматически конвертирует их в J/mol
Parameters
---------
some_string: str
Строка содержащая в себе значения вращательной энтропии
Returns
------
Возвращает объект класса Setting, содержащий в себе
значения параметра в J/mol.
"""
_name_ = r'([\w\s]+\w+)'
_dots_ = r'\s*[\.]+\s*'
_value_ = r'([-\d.]+)\s*.*'
_reg = re.search(_name_ + _dots_ + _value_, some_string)
if _reg:
return Setting(name=_reg.group(1), value=_reg.group(2),
unit='Eh').convert(koef=EH_JMOL, unit='J/mol')
def properties_pars(some_str: str) -> Setting:
"""
Извлекает значение и название типа энтропии из строки
Parameters
----------
some_str : str
Строки типа: "Vibrational 120.478 27.641 25.420"
Returns
-------
Setting
Содержит название, значение в J/Mol*K, и единицы измерения
"""
_name_ = some_str.split()[0]
_value_ = r'([0-9]{1,10}\.[0-9]{3})'
_whitespace_ = r'\s{2,15}'
entropy_str = re.search(
_value_ + _whitespace_ + _value_ + _whitespace_ + _value_, some_str)
if entropy_str:
return Setting(name=_name_ + ' entropy',
value=entropy_str.group(3),
unit='Cal/mol*K').convert(koef=4.184, unit='J/mol*K')
def parameter_pars(some_str: str) -> Setting:
"""Функция для парсинга термодинамических параметров, должна
принимать строки содержащие в себе один элемент из списка
PARAMETER_LIST
Parameters
---------
some_str: str
Строка для парсинга
Return
------
Возвращает объект класса Setting, содержащий в себе термодинамические
параметры в J/mol
"""
_name_ = some_str.split('=')[0]
_value_ = r'(-?[0-9]{1,10}\.[0-9]{6})'
param_str = re.search(_value_, some_str)
# coef = 4.359744 * 6.022e5
# hartree_to_j_coef / N_Avogadro
if param_str:
return Setting(name=_name_[1:], value=param_str.group(1),
unit='Eh').convert(koef=EH_JMOL, unit='J/mol')
def tp_pars(some_string: str):
"""Функция для парсинга строк содержащих значения температуры и давления
Parameters
---------
some_string: str
Строка содержащая в себе значение параметра
(температура или давление)
Returns
------
Возвращает объект класса Setting, содержащий в себе
значения параметра в J/mol.
"""
_name_ = r'([\w\s]+)'
_dots_ = r'\s*[\.]+\s*'
_value_ = r'([\d]+.[\d]+)'
_unit_ = r'\s*(\w+)'
_reg = re.search(_name_ + _dots_ + _value_ + _unit_, some_string)
if _reg:
return Setting(name=_reg.group(1).split()[0],
value=_reg.group(2),
unit=_reg.group(3))
def post_process(element: Setting):
if element.name.lower() == 'number of atoms':
element.convert(name='natoms')
elif element.name.lower() == 'total':
element.convert(name='molecular mass')
elif element.name.lower() == 'zero point energy':
element.convert(name='zero-point energy')
elif element.name.lower() == 'final gibbs free enthalpy':
element.convert('sum of electronic and thermal free energies')
elif element.name.lower() == 'total enthalpy':
element.convert(name='sum of electronic and thermal enthalpies')
elif element.name.lower() == 'electronic energy':
element.convert(name='scf energy')
elif 'THERMOCHEMISTRY AT' in element.name:
element = None
elif element.name.lower() == 'number of degrees of freedom':
element.convert('deg. of freedom')
elif element.name.lower() == 'freq.' and element.value == 0:
element = None
else:
pass
return element
def file_pars(file_path: str) -> pd.Series:
"""
Принимает на вход путь к файлу, и парсит его, возвращая результаты в виде
pandas.Series, если в файле не было данных или нужного файла не существует
вылетит с ошибкой.
Parameters
----------
file_path : str
Путь к файлу *.out
Returns
-------
pd.Series
Серия содержит термохимические и структурные параметры,
необходимые для дальнейшего получения термодинамических данных
"""
read_data = read_data_gaussian(file_path)
_all_parameters = []
if read_data:
for line in read_data:
if 'Frequencies' in line:
_all_parameters.append(freq_pars(line))
elif any(xs in line for xs in PARAMETER_LIST):
_all_parameters.append(parameter_pars(line))
elif any(xs in line for xs in PROPERTIES_LIST):
_all_parameters.append(properties_pars(line))
elif 'Temperature' in line:
_all_parameters.append(tp_pars(line))
elif 'Molecular mass' in line:
_all_parameters.append(molecular_mass_pars(line))
elif 'SCF Done' in line:
_all_parameters.append(scf_energy_pars(line))
elif 'NAtoms' in line:
_all_parameters.append(
Setting(name='natoms', value=line.split()[1], unit='n'))
elif 'Full point group' in line:
sym_line = line.split()[3]
_all_parameters.append(
Setting(name=line.split()[4],
value=line.split()[5],
unit=''))
elif 'Deg. of freedom' in line:
_all_parameters.append(
Setting(name='deg. of freedom',
value=line.split()[3],
unit=''))
else:
pass
raw_data = list_unpack(_all_parameters)
data = [parameter for parameter in raw_data if parameter is not None]
# TODO Comments
if data:
indexes = [parameter.name for parameter in data]
series = pd.Series(data=[x.value for x in data],
name='parameters',
index=indexes)
series.loc['full point group'] = sym_line
series.loc['qm_program'] = 'gaussian'
if series.loc['natoms'] == 1:
series.loc['atom'] = True
series.loc['linear'] = True
else:
series.loc['atom'] = False
if series.loc['deg. of freedom'] == 1:
series.loc['linear'] = True
elif series.loc[
'natoms'] > 1 and series.loc['natoms'] * 3 - 5 == len(
series.loc['freq.']):
series.loc['linear'] = True
else:
series.loc['linear'] = False
return series