thisoption = parser.get_option('--filewithloci')
thisoption.help = 'give statistics for all the AbfgpGeneLocusDirectories listed in this --filewithloci'
(OPTIONS, args) = parser.parse_args()
OPTIONS.target = None # dummy option
validate_abgpinputoptions(parser,OPTIONS)
validate_abgpoptions(parser,OPTIONS)
################################################################################
################################################################################
if OPTIONS.loci:
input = {} # input data structure, empty
for locusdir in OPTIONS.loci:
locus = AbgpGeneLocusDirectory(locusdir)
locuskey = locus._create_auto_key(
identifier2organism=ABGP_LOCUS_IDENTIFIER2ORGANISM_MAPPING
)
if input.has_key(locuskey):
for suffix in list('abcdefghijklmnopqrstuvwxyz'):
if not input.has_key(locuskey+suffix):
input.update( locus.toinputdict(key=locuskey+suffix) )
break
else:
input.update( locus.toinputdict(key=locuskey) )
else:
print "Exception.NoAbgpGeneLocusDirectoriesProvided"
print ""
parser.print_help()
sysexit()
################################################################################
