def test_diatomic_dummy_molecule_rotation_around_global_axis():
""" Test dummpy molecule for 90 degree rotations on global z-axis """
mol = Molecule()
mol.atoms = ['C'] * 2
mol.coordinates = np.array([[1, 0, 0], [0, 1, 0]])
mol.rotate(([0, 0, 0], [0, 0, 1]), np.pi / 2, center=False)
assert np.allclose(mol.coordinates, [[0, 1, 0], [-1, 0, 0]])
mol.rotate(([0, 0, 0], [0, 0, 1]), np.pi, center=False)
assert np.allclose(mol.coordinates, [[0, -1, 0], [1, 0, 0]])
def test_centering_benzene_molecule_to_given_coordinates():
"""Tests molecule center for benzene"""
benzene = Molecule(read=benzene_xyz)
benzene.center([5, 0, -5])
assert np.allclose(benzene.get_center(), [5, 0, -5])
benzene.center()
assert np.allclose(benzene.get_center(), [0, 0, 0])
benzene.translate([0, 0, 7])
assert np.allclose(benzene.get_center(), [0, 0, 7])
benzene.rotate(([0, 0, 0], [0, 1, 0]), np.pi / 2)
assert np.allclose(benzene.get_center(), [7, 0, 0])
benzene.rotate(([0, 0, 0], [0, 1, 0]), np.pi / 2, center=True)
assert np.allclose(benzene.get_center(), [7, 0, 0])