Python goldman_q_dna_pair Beispiele

Programmiersprache: Python

Namespace / Paketname: cogent.seqsim.usage

Methode / Funktion: goldman_q_dna_pair

Beispiele auf hotexamples.com: 2

Python goldman_q_dna_pair - 2 Beispiele gefunden. Dies sind die am besten bewerteten Python Beispiele für die cogent.seqsim.usage.goldman_q_dna_pair, die aus Open Source-Projekten extrahiert wurden. Sie können Beispiele bewerten, um die Qualität der Beispiele zu verbessern.

Beispiel #1

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Datei: test_usage.py Projekt: GavinHuttley/pycogent

    def test_goldman_q_dna_pair(self):
        """Should return expected rate matrix"""
        seq1 = "ATGCATGCATGC"
        seq2 = "AAATTTGGGCCC"

        expected = array([[-(2/3.0), (1/3.0), (1/3.0), 0],
                          [(1/3.0), -(2/3.0), 0, (1/3.0)],
                          [(1/3.0), 0, -(2/3.0), (1/3.0)],
                          [0, (1/3.0), (1/3.0), -(2/3.0)]])
        observed = goldman_q_dna_pair(seq1, seq2)
        self.assertFloatEqual(observed, expected)

Beispiel #2

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    def test_goldman_q_dna_pair(self):
        """Should return expected rate matrix"""
        seq1 = "ATGCATGCATGC"
        seq2 = "AAATTTGGGCCC"

        expected = array([[-(2 / 3.0), (1 / 3.0), (1 / 3.0), 0],
                          [(1 / 3.0), -(2 / 3.0), 0, (1 / 3.0)],
                          [(1 / 3.0), 0, -(2 / 3.0), (1 / 3.0)],
                          [0, (1 / 3.0), (1 / 3.0), -(2 / 3.0)]])
        observed = goldman_q_dna_pair(seq1, seq2)
        self.assertFloatEqual(observed, expected)