def test_intergenic(self):
# seg is compositon of BED6 and GTF interval:
seg = create_interval_from_list(
['1', '0', '10', '.', '.', '+'] +
['.', '.', '.', '.', '.', '.', '.', '.', '.'])
types = ['intergenic']
subtypes = [None]
genes = [('.', None, 0)]
interval = region.make_uniq_region(seg, types, subtypes, genes)
self.assertEqual(interval[:], [
'1', '.', 'intergenic', '1', '10', '.', '+', '.',
'gene_id "."; gene_name "None"; biotype "";'
])
def test_utr3(self):
# seg is compositon of BED6 and GTF interval:
seg = create_interval_from_list(
['1', '0', '10', '.', '.', '+'] +
['.', '.', '.', '.', '.', '.', '.', '.', '.'])
types = ['intron']
subtypes = ['3prime_overlapping_ncRNA']
genes = [('id1', 'A', 20)]
interval = region.make_uniq_region(seg, types, subtypes, genes)
self.assertEqual(interval[:], [
'1', '.', 'UTR3', '1', '10', '.', '+', '.',
'gene_id "id1"; gene_name "A"; biotype "mRNA";'
])
def test_take_longer_gene(self):
# seg is compositon of BED6 and GTF interval:
seg = create_interval_from_list(
['1', '0', '10', '.', '.', '+'] +
['.', '.', '.', '.', '.', '.', '.', '.', '.'])
types = ['CDS', 'CDS']
subtypes = ['protein_coding', 'protein_coding']
genes = [('id1', 'A', 20), ('id2', 'B', 40)]
interval = region.make_uniq_region(seg, types, subtypes, genes)
self.assertEqual(interval[:], [
'1', '.', 'CDS', '1', '10', '.', '+', '.',
'gene_id "id2"; gene_name "B"; biotype "mRNA";'
])
def test_multiple_biotypes(self):
# seg is compositon of BED6 and GTF interval:
seg = create_interval_from_list(
['1', '0', '10', '.', '.', '+'] +
['.', '.', '.', '.', '.', '.', '.', '.', '.'])
types = ['intron', 'intron']
subtypes = ['protein_coding', 'TEC']
genes = [('id1', 'A', 20), ('id1', 'A', 20)]
interval = region.make_uniq_region(seg, types, subtypes, genes)
self.assertEqual(interval[:], [
'1', '.', 'intron', '1', '10', '.', '+', '.',
'gene_id "id1"; gene_name "A"; biotype "lncRNA,pre-mRNA";'
])
def test_highest_rated_type(self):
# seg is compositon of BED6 and GTF interval:
seg = create_interval_from_list(
['1', '0', '10', '.', '.', '+'] +
['.', '.', '.', '.', '.', '.', '.', '.', '.'])
types = ['UTR3', 'intron', 'UTR5']
subtypes = ['protein_coding', 'TEC', 'non_stop_decay']
genes = [('id1', 'A', 20), ('id1', 'A', 20), ('id1', 'A', 20)]
interval = region.make_uniq_region(seg, types, subtypes, genes)
self.assertEqual(interval[:], [
'1', '.', 'UTR3', '1', '10', '.', '+', '.',
'gene_id "id1"; gene_name "A"; biotype "mRNA";'
])
def test_basic(self):
# seg is composed of borders(BED6) and segment(GTF) interval:
seg = create_interval_from_list(
['1', '0', '10', '.', '.', '+'] +
['.', '.', '.', '.', '.', '.', '.', '.', '.'])
types = ['UTR3']
subtypes = ['TEC']
genes = [('id1', 'A', 50)]
interval = region.make_uniq_region(seg, types, subtypes, genes)
self.assertEqual(interval[:], [
'1', '.', 'UTR3', '1', '10', '.', '+', '.',
'gene_id "id1"; gene_name "A"; biotype "lncRNA";'
])