def add_command(subparsers):
parser = subparsers.add_parser('taxid-report', description=description)
parser.add_argument('input')
parser.add_argument('--output')
parser.add_argument('--taxid-column', type=int, default=2)
ncbitax.add_taxonomy_arguments(parser)
parser.set_defaults(func=taxid_report)
def add_command(subparsers):
parser = subparsers.add_parser('mmseqs-report')
parser.add_argument('input', help='Input mmseqs taxonomy tsv output')
parser.add_argument('output', help='Output report')
parser.add_argument('--total-reads', required=True, type=int)
ncbitax.add_taxonomy_arguments(parser)
parser.set_defaults(func=mmseqs_report)
def add_command(subparsers):
parser = subparsers.add_parser('blast-report')
parser.add_argument('blast_m8', help='Input BLAST m8 file.')
parser.add_argument('--blast-lca', help='Per-read LCA result.')
parser.add_argument('--blast-report', help='Kraken-like output report.')
parser.add_argument('--total-reads', type=int, required=True, help='Total reads for generating unclassified fraction in the blast report')
parser.add_argument('--min-bit-score', type=float)
parser.add_argument('--max-expected-value', type=float)
parser.add_argument('--top-percent', type=float)
ncbitax.add_taxonomy_arguments(parser)
parser.set_defaults(func=blast_report)
def add_filter_command(subparsers):
parser = subparsers.add_parser('filter')
parser.add_argument('blast_m8', help='Input BLAST m8 file.')
parser.add_argument('--output')
parser.add_argument('--paired', action='store_true')
parser.add_argument('--min-bit-score', type=float, default=70)
parser.add_argument('--max-expected-value', type=float, default=1e-6)
parser.add_argument('--top-percent', type=float, default=10)
parser.add_argument('--min-identity',
default=0.90,
type=float,
help='Only consider blast hits with >x identity')
# parser.add_argument('--min-coverage', default=0.3, type=float, help='Filter out hits with >x coverage ratio')
ncbitax.add_taxonomy_arguments(parser)
parser.set_defaults(func=blast_filter)
def add_fasta_filter_command(subparsers):
parser = subparsers.add_parser('fasta-filter')
parser.add_argument('blast_m8_fn')
parser.add_argument('-o',
'--output-fasta',
required=True,
help='Output filtered contigs fasta.')
parser.add_argument('-f',
'--fasta',
required=True,
help='Contigs fasta to filter')
parser.add_argument('--min-identity',
default=0.65,
type=float,
help='Only consider blast hits with >x identity')
parser.add_argument('--min-coverage',
default=0.3,
type=float,
help='Filter out hits with >x coverage ratio')
ncbitax.add_taxonomy_arguments(parser)
parser.set_defaults(func=blast_fasta_filter)
def add_report_command(subparsers):
parser = subparsers.add_parser('report')
parser.add_argument('blast_m8', help='Input BLAST m8 file.')
parser.add_argument('--blast-report')
parser.add_argument('--blast-taxids')
parser.add_argument('--total-reads')
parser.add_argument('--mode',
default='lca',
choices=('lca', 'split'),
help='Mode to assign hits to taxids')
parser.add_argument('--paired', action='store_true')
parser.add_argument('--min-bit-score', type=float, default=70)
parser.add_argument('--max-expected-value', type=float, default=1e-6)
parser.add_argument('--top-percent', type=float, default=10)
parser.add_argument('--min-identity',
default=0.90,
type=float,
help='Only consider blast hits with >x identity')
# parser.add_argument('--min-coverage', default=0.3, type=float, help='Filter out hits with >x coverage ratio')
ncbitax.add_taxonomy_arguments(parser)
parser.set_defaults(func=blast_report)
def add_combine_command(subparsers):
parser = subparsers.add_parser('combine')
parser.add_argument('--output')
parser.add_argument('--megablast', help='Megablast m8')
parser.add_argument('--blastn', help='Blastn m8')
parser.add_argument('--blastx', help='Blastx m8')
parser.add_argument(
'--blacklist-taxids',
help=
'Comma separated taxids to blacklist - takes precedence over whitelist'
)
parser.add_argument('--whitelist-taxids',
help='Comma separated taxids to whitelist')
parser = ncbitax.add_taxonomy_arguments(parser)
parser.set_defaults(func=blast_combine)
def add_command(subparsers):
parser = subparsers.add_parser('metaothello-report')
parser.add_argument('input', help='Input metaothello read assignments')
parser.add_argument('output', help='Output report')
ncbitax.add_taxonomy_arguments(parser)
parser.set_defaults(func=metaothello_report)