Beispiel #1
0
 def test_002_snap_files(self):
     xnat.download_resources(config='.xnat.cfg',
                             experiment_id='BBRCDEV_E02859',
                             resource_name='SPM12_SEGMENT',
                             destination='/tmp',
                             raw=True)
     parser = parse.create_parser()
     args = '--bg /tmp/BBRCDEV_E02859_T1.nii.gz ' \
            '/tmp/BBRCDEV_E02859_SPM12_SEGMENT_c1.nii.gz ' \
            '/tmp/BBRCDEV_E02859_SPM12_SEGMENT_c2.nii.gz '\
            '/tmp/BBRCDEV_E02859_SPM12_SEGMENT_c3.nii.gz ' \
            '-o /tmp/test.png --axes x --opacity 30'
     args = parser.parse_args(args.split(' '))
     parse.run(args)
Beispiel #2
0
 def test_003_snap_xnat(self):
     parser = parse.create_parser()
     args = '--config .xnat.cfg -e BBRCDEV_E02859 ' \
            '-o /tmp/test.png --axes x --opacity 30'
     args = parser.parse_args(args.split(' '))
     parse.run(args)
Beispiel #3
0
    def test_001_check_logic(self):
        parser = parse.create_parser()
        import os
        os.system('touch /tmp/.xnat.cfg')
        os.system('touch /tmp/toto.jpg')
        args = [
            '/tmp/.xnat.cfg', '/tmp/.xnat.cfg', '/tmp/.xnat.cfg', '-o',
            '/tmp/toto.jpg'
        ]
        args = parser.parse_args(args)
        parse.check_logic(args)

        try:
            args = '/tmp/.xnat.cfg /tmp/.xnat.cfg /tmp/.xnat.cfg ' \
                   '/tmp/.xnat.cfg -o /tmp/toto.jpg'
            args = parser.parse_args(args.split(' '))
            parse.check_logic(args)
        except Exception as e:
            print(e)
            pass

        try:
            args = '/tmp/.xnat.cfg /tmp/.xnat.cfg /tmp/.xnat.cfg ' \
                   '/tmp/.xnat.cfg /tmp/.xnat.cfg -o /tmp/toto.jpg'
            args = parser.parse_args(args.split(' '))
            parse.check_logic(args)
        except Exception as e:
            print(e)
            pass

        args = '/tmp/.xnat.cfg -o /tmp/toto.jpg'
        args = parser.parse_args(args.split(' '))
        parse.check_logic(args)

        args = '/tmp/.xnat.cfg --bg /tmp/.xnat.cfg -o /tmp/toto.jpg'
        args = parser.parse_args(args.split(' '))
        parse.check_logic(args)

        try:
            args = '--config /tmp/.xnat.cfg -e BBRC_E000 --nobg --opacity 10 '\
                   '-o /tmp/toto.jpg'
            args = parser.parse_args(args.split(' '))
            parse.check_logic(args)
        except Exception as e:
            print(e)
            pass

        try:
            args = '/tmp/.xnat.cfg /tmp/.xnat.cfg /tmp/.xnat.cfg ' \
                   '--opacity 10 -o /tmp/toto.jpg'
            args = parser.parse_args(args.split(' '))
            parse.check_logic(args)
        except Exception as e:
            print(e)
            pass

        args = '--config /tmp/.xnat.cfg -e BBRC_E000 -o /tmp/toto.jpg'
        args = parser.parse_args(args.split(' '))
        parse.check_logic(args)

        args = '--config /tmp/.xnat.cfg -e BBRC_E000 --nobg -o /tmp/toto.jpg'
        args = parser.parse_args(args.split(' '))
        parse.check_logic(args)

        try:
            args = '--config /tmp/.xnat.cfg -e BBRC_E000 --nobg -o '\
                   '/tmp/toto.gif'
            args = parser.parse_args(args.split(' '))
            parse.check_logic(args)
        except Exception as e:
            print(e)
            pass

        args = '--config /tmp/.xnat.cfg -e BBRC_E000 -o /tmp/toto.gif'
        args = parser.parse_args(args.split(' '))
        parse.check_logic(args)