def test_002_snap_files(self):
xnat.download_resources(config='.xnat.cfg',
experiment_id='BBRCDEV_E02859',
resource_name='SPM12_SEGMENT',
destination='/tmp',
raw=True)
parser = parse.create_parser()
args = '--bg /tmp/BBRCDEV_E02859_T1.nii.gz ' \
'/tmp/BBRCDEV_E02859_SPM12_SEGMENT_c1.nii.gz ' \
'/tmp/BBRCDEV_E02859_SPM12_SEGMENT_c2.nii.gz '\
'/tmp/BBRCDEV_E02859_SPM12_SEGMENT_c3.nii.gz ' \
'-o /tmp/test.png --axes x --opacity 30'
args = parser.parse_args(args.split(' '))
parse.run(args)
def test_003_snap_xnat(self):
parser = parse.create_parser()
args = '--config .xnat.cfg -e BBRCDEV_E02859 ' \
'-o /tmp/test.png --axes x --opacity 30'
args = parser.parse_args(args.split(' '))
parse.run(args)
def test_001_check_logic(self):
parser = parse.create_parser()
import os
os.system('touch /tmp/.xnat.cfg')
os.system('touch /tmp/toto.jpg')
args = [
'/tmp/.xnat.cfg', '/tmp/.xnat.cfg', '/tmp/.xnat.cfg', '-o',
'/tmp/toto.jpg'
]
args = parser.parse_args(args)
parse.check_logic(args)
try:
args = '/tmp/.xnat.cfg /tmp/.xnat.cfg /tmp/.xnat.cfg ' \
'/tmp/.xnat.cfg -o /tmp/toto.jpg'
args = parser.parse_args(args.split(' '))
parse.check_logic(args)
except Exception as e:
print(e)
pass
try:
args = '/tmp/.xnat.cfg /tmp/.xnat.cfg /tmp/.xnat.cfg ' \
'/tmp/.xnat.cfg /tmp/.xnat.cfg -o /tmp/toto.jpg'
args = parser.parse_args(args.split(' '))
parse.check_logic(args)
except Exception as e:
print(e)
pass
args = '/tmp/.xnat.cfg -o /tmp/toto.jpg'
args = parser.parse_args(args.split(' '))
parse.check_logic(args)
args = '/tmp/.xnat.cfg --bg /tmp/.xnat.cfg -o /tmp/toto.jpg'
args = parser.parse_args(args.split(' '))
parse.check_logic(args)
try:
args = '--config /tmp/.xnat.cfg -e BBRC_E000 --nobg --opacity 10 '\
'-o /tmp/toto.jpg'
args = parser.parse_args(args.split(' '))
parse.check_logic(args)
except Exception as e:
print(e)
pass
try:
args = '/tmp/.xnat.cfg /tmp/.xnat.cfg /tmp/.xnat.cfg ' \
'--opacity 10 -o /tmp/toto.jpg'
args = parser.parse_args(args.split(' '))
parse.check_logic(args)
except Exception as e:
print(e)
pass
args = '--config /tmp/.xnat.cfg -e BBRC_E000 -o /tmp/toto.jpg'
args = parser.parse_args(args.split(' '))
parse.check_logic(args)
args = '--config /tmp/.xnat.cfg -e BBRC_E000 --nobg -o /tmp/toto.jpg'
args = parser.parse_args(args.split(' '))
parse.check_logic(args)
try:
args = '--config /tmp/.xnat.cfg -e BBRC_E000 --nobg -o '\
'/tmp/toto.gif'
args = parser.parse_args(args.split(' '))
parse.check_logic(args)
except Exception as e:
print(e)
pass
args = '--config /tmp/.xnat.cfg -e BBRC_E000 -o /tmp/toto.gif'
args = parser.parse_args(args.split(' '))
parse.check_logic(args)