Beispiel #1
0
 def __init__(self,name,dir,domain,region,seq):
     self.name = name
     self.direction = dir
     self.original_seq = seq
     self.domain = domain
     self.region = region
     self.primer_names = {}
     self.expanded_seqs = putils.expand(self.original_seq)
Beispiel #2
0
 def test_expand_primer(self):
     self.assertEqual(sorted(putils.expand('TG[GA]GNGTAA?AG')),sorted(['TGGGGGTAAG',  'TGGGAGTAAAG', 
                                                                       'TGGGCGTAAG',  'TGGGTGTAAAG', 
                                                                       'TGGGGGTAAAG', 'TGAGAGTAAAG', 
                                                                       'TGAGGGTAAG',  'TGAGCGTAAG', 
                                                                       'TGAGTGTAAAG', 'TGAGTGTAAG', 
                                                                       'TGGGCGTAAAG', 'TGGGTGTAAG', 
                                                                       'TGGGAGTAAG',  'TGAGAGTAAG', 
                                                                       'TGAGCGTAAAG', 'TGAGGGTAAAG']))
Beispiel #3
0
 def test_expand_Lbrace(self):
     self.assertEqual( sorted(putils.expand('TC{2,5}G')),sorted( ['TCCG','TCCCG','TCCCCG','TCCCCCG']) )
Beispiel #4
0
 def test_expand_star(self):
     self.assertEqual( sorted(putils.expand('TT*G')),    sorted( ['TG','TTG','TTTG']) ) 
Beispiel #5
0
 def test_expand_plus(self):
     self.assertEqual( sorted(putils.expand('TT+G')),    sorted( ['TTG','TTTG']) )
Beispiel #6
0
 def test_expand_qmark(self):
     self.assertEqual( sorted(putils.expand('TT?G')),    sorted( ['TTG','TG']) )
Beispiel #7
0
 def test_expand_Lbracket(self):
     self.assertEqual( sorted(putils.expand('T[TG]G')),  sorted( ['TTG','TGG']) ) 
Beispiel #8
0
 def test_expand_K(self):
     self.assertEqual( sorted(putils.expand('TKG')),     sorted( ['TTG','TGG']) )
Beispiel #9
0
 def test_expand_M(self):
     self.assertEqual( sorted(putils.expand('TMG')),     sorted( ['TAG','TCG']) )
Beispiel #10
0
 def test_expand_S(self):
     self.assertEqual( sorted(putils.expand('TSG')),     sorted( ['TGG','TCG']) )
Beispiel #11
0
 def test_expand_W(self):
     self.assertEqual( sorted(putils.expand('TWG')),     sorted( ['TAG','TTG']) )     
Beispiel #12
0
 def test_expand_Y(self):
     self.assertEqual( sorted(putils.expand('TYG')),     sorted( ['TCG','TTG']) )     
Beispiel #13
0
 def test_expand_R(self):
     self.assertEqual( sorted(putils.expand('TRG')),     sorted( ['TAG','TGG']) )  
Beispiel #14
0
 def test_expand_dot(self):
     self.assertEqual( sorted(putils.expand('T.G')),     sorted( ['TAG','TTG','TGG','TCG']) )