def test_rnastrand_long(self):
"""Two long examples from the RNAstrand database: CRW_00544 & CRW_00528
"""
# CRW_00544
# contextfold
pred_1 = '(((.((((....(((.........)))..................(((((((....((((...................................(((...........)))......((((((.....((((....))))......))))))((((.....((((((.((((((((....))))).........((((((...................)))).))...(((.......((((.((((((.......)))..)))....)))).....))).....(((((((.....)))))))...........((((.((((((((((.(((((((..........)))))))............(((((((........((((((((..........................((((.((((((((((((((.................................)))))))))...(((((((((((((.(((........((((((........((((....((((.............((((..((((((((((............))))))))))..))))...........(((((((......))))))).....(((((((....)))))))..(((((((.......)))))))...............((....)).................(((((.....((((....((((((...........))))))...))))....))))).....))))....)))).(((((.(((.....(((.........)))...)))...)))))........................(((((((.((((..(((.((((((((...((((((((((((((((((.......)))).((....))...........................)))))))))))))).......((((((....(((((.((((((.(.......).).((...(((..((((........)))).)))..))))))).))))).((.......)).......))))))....)))))))).........(((((....)))))...............)))))))))))).))((((.....((((..(((((((.(((....(((((((..(((((...(((.(((((((((((.....(((((((((((((......((((.(((.......((...................))....))))))).((..(((((((((........))))))))).......))......................)))))))....(....)..............................)))))).....(((((((.......))))..........(..(.......((.(((((((((((((((......(((............(((............)))....((((((..(((((((((((((.......(((((((((((...)))))))))))((((......((..((((((((.....(((((((........(........).(((((((((...((((.........))))((((((((((((((((..((((((((................)))))))).........(.......)...........))))))))))))))))........)))))))))....))))))).........))))))))..))......))))...((((((((((.((........)).))))))))))......)))))))))))))...............(((((((........(((........(((((((...)))))))....))))))))))............)))))).........................(((((....))))).............(((((...........)))))))).....((((((.(((.........))).)).))))...))))))))..((((((....))))))))))))).))....)..).......)))........................................(((((....((((((((..((((....))))..))))))))..)))))))))))))))).)))....)))))...))))))).....(((((...)))))............)))...))))))).((((((.((((((............)))))).)))))).....))))........................((((((((((((.....(((...((((........((((...))))..((((((((((((...............((((.((((.........)))).))))(((((..(((...((((.(((.(((((........))))).))).))))...)))..))))).......))))))))))))........))))...)))....))))))))))))....))))....)))))))))...)))))))))))))....)))))))))((((((.((.((((((((.................((((((((.((......(.(......(((((.((....((((((((....((((((...(........((((((((((.(((((.....(((((..(..((...(((((.....)))))..((((((....((.(((.....))).))...))))))..))..)..))))))))).).)))))))))))..))))))......))))))))....))..)))))......).).....)))))))))).....................((((((.....))))))..................))))))))...)).))))))..........)))))))).....(((((........)))))...)))))))(((((((.....((((((((((......)))))..........(((((((((.....(((((((((.................((((....)))).............(....).))))))))))))))))))...((.((((((((......)))))))).))....(((((....)))))........)))))...)))))))...........................)))))))))).)))).(((((((((..(((((...)))))...)))))))))(((((((.((((........(((((((...))))))).............((((((.(((((((...(((((((((((......................(((((........)))))..(((((.......(((.......)))..........((((....))))((.....(((....))).).)........))))))))))))...(............(((((.......(.((((((((((..((((.(((.((((((((...((.......))...)))))))..))))................((((((((((.....(((((...(((........(((((.....)))))..........................(((((((....))).)))).(((((...........)))))..............)))....)))))........)))....))))))).)))).)))))))))).))))))...........)........)))).)))))))))))))...)))))))))))...............))).))))))...((((................)))).....))))........)))).))))))).)))).)))..(((((((((((((((((..((...((((((((.........))))))))...................((((((((((..(((((..((((((.(.......(((((((....))))))).........).))))))..).)))).)))))))))).)).))))))))...(((((((...((((((((......))))))))..))))))))))))))))........((((.........(((((((.....))))))).....))))............'
# unafold
pred_2 = '............(..(((...((((..........(((((((((.(((((((...(((((.......((....(((((.................(((....)))....(((((((...............(((((((((((.((((.....((((.((((..(((((.((((((((....)))))..((((((..((((((((((.....)))))....)))))..............((((.(((..((....(((((((..(((((((...((((((.((((((..(((((......((((((((((((.........(((((((((...(((((((..........)))))))..))))))))).(((..(((((.......)))))...)))................))))))))))))......)))))...)))))).))))))......)))))))...(((((((((.....((((((..(((((.....((((((.(((((............((((((((((............((((..((((((((((.(((.....)))))))))))))..)))).............)))))))))).((((((......(((((((....)))))))..(((((((.......)))))))...............((....)).....((((((...(((((((((..((((((....((((((..((....)).))))))...))))))...((((((.........((((.((.......)).....((((((((((((...(((..(.((((((((.(((((((((....((..((.(((((((((((...(((((.(((((.......(((((((((((((((((((...)))))).((....)).(((..(((......)))....)))..))))))))))))))))))......(((((..(((((.(((((..((((......))))...((((.((((........))))))))....))))).)))))((((....(((((........)))))...)))).............(((((....))))).))))).........)))))))))))).)).)).))..)).....(((((((((((........))))).)))))).)))))))))..)))))))).)..)))((((((((..(...(((.......))).(((...(((((.....(((......)))...........(((((((((........))))))))).............)))))..)))....)..))))))))...((((.(((((((((((((((....(((((..((((((..((((........)))).(((.(((((.((((....((((.((((....)))))))).......))))))))))))....))))))(((...............)))......))))).......(((((((((((.((((((((((((...)))))))))))).............((((((((.((..(((((((...((((....)))).((((((((((((.((((.....))))......(((((((((((((((((..(((........(((((((....(((....)))....)))))))...........)))..)))))))))))))))))........)))))))))))).)))))))......)).)))))))).))))))))))).....((((((((((.(((......))).)))))))))).)))))))))))))))))))..(((((......(((((((((((((...(((.((((.(((.((.((((((.((((((....))))..)).)))))).)).)))))))..........................(((((....)))))(..((((((..(((((..((((((((.(((..((((......((((((.((((.......)))).)).))))...))))..(((.....)))..))))))))).)).)))))))))))..)..((((.(((.....(((((((.(((((((.(((((((((......(((((((....((((((((..((((....))))..))))))))..)))))))..........((((((((((((((....)).))))))))))))...............)))))))))...((((.((((.............))))..))))))))))))))))))..)))))))..)))..)))))))))))))..(((((((((((((((((((......((((((((..(((.....)))...(((((((((((((((..((.(((((((......)).))))).))..))..)))))))))))))............))))))))..(((((....((((((..(....)..))))))..)))))..)))))))))...((((((((...))))))))..)))))))))).)))))....((((((((......))))..)))))))))).)))))).))))..(((.....))).)))))).............)))))))))..))))))))))))..))))).)))))).((((((((..............(..((((.((((((((((..(((((.....(((((((((.(...(((((.....)))))..((((((((..((.(((.....))).)).))))))))).)))))..)))))))))...))))))))))..))))..)..(((((((...((((......))))...))))))).))))))))...)))))..))))))...))))))))))))))))..))..)))))))...)))))).....))).))..)))..))))))))..((((((..((((..(((...((((((......)))))).(((.((((......(((....)))............((((((((((((((..(((((((((.....(((((((((......((....((((...(((((........)))))...))))...))))))))))))))))))))...((.((((((((......)))))))).))......))))))))).)))))....)))))))..)))..))))...)))))).........)))).))))))))))).......((((((((((((((((...))))))).)))))))))(((((((.((((...(((((....(((((((((..(((((...(((((((......((..((((...((..(((((((.....(((((.......)))))(((((........)))))..((((((((....)))....(((((((...(((...((((....))))...))).(((....))).))))).))...))))))))))))..))...))))..))..))))))).)))))(((((((((((.((((.((..((((((((.((.(((....))).))))))))).)..))...(((....)))..(((((((((((((..(........)..)).)))..(((((.....)))))......((((...((..(((((....(((((((....))).)))).(((((.(((....)))))))).............(((....))))))))..))....)))).)))))))))))))))))))))))......)))))))))...((((((....)))))).....)))))....))))))))))))))).)))...)))))....))....(((.(((((.......))))))))...................))))))))))))....((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((.........)))))))).....)))).)).......((((((((((..((((...((((((((((.....(((((((....)))))))..)))).....))))))....)))).))))))))))....))))))))...(((((((...((((((((......))))))))..))))))))))))))))......))))))).)))))))))(((((.....)))))........)))).)))..)....'
cutoff = 0.4
dbns = [pred_1, pred_2]
try:
cutoff, consensus = calc_consensus_secstruc_for_dbn(dbns, threshold=cutoff)
except ConflictInBasePairsError, error:
conflicting_bps = BasePairs(eval(str(error).split('\'')[1]))
solve_conflicts(conflicting_bps)
consensus_pred = conflicting_bps.toVienna(len(pred_1), 0)
self.assertTrue(type(consensus_pred), ViennaStructure)
# CRW_00528
# ContextFold
pred_3 = '.((((...(((((((((((.(.((((..((((((((((........((((..(((........((((((.................(((........)))..................((((((.....(((....))).........))))))((((((((..((((.....))))..)).))))))(((......)))........))))))......((......(((((((..........))))))).......))................)))...((((.((((((((((((((((((.......))))))).)))))).))))))))).(((.(((((((((.(.(((((((((.....(((.(((((((((.....(((((((......(((((....)))))...(...).(((.......))))))))))....)))))))))..)))...)))))))))).))))))))).)))......(((((((........)))))))....(((((.((....)).)))))..)))).......)))))).)))))))).).........((....))................((((....))))...................)))))))))))............................................(((((....................(((((....))))).......(((((..........((((((...))))))..(((((((((((((((((........(((((..(((((((((((((((((........(((((..(............))))))................))))))))))))))))).)))))...))))))))))))))))).(((((....((((..((((((.......((((((((((......((((((..(((((....(((((((((((((.(((((((....))))))))))))))))))))......)))))..))))))((((((((((((((.........))))))))..(((....)))..)))))).....)))))))))).........)))))).)))).....))))).......)))))((((........)))).......((((((((((((((..(((((............((((...........))))....)))))..................((((((((((((.........)))))))).((((.........))))...........))))..((((((......))))))........))))))))))))))..))))).)))).....(((((((((((.....(...(((((((....)))))))..).................(((.......)))........))))))))))).(((...((.((........)).))....)))(((..(((((.(..(.(((((..........((((((((((...(((((....)))))...)...............(((((..((((((.....)))))).)))))...)))).)))))..........))))).)....)....)))))..)))(((((.(((.((..........)).))))))))((((.(((((.....))))).))))....(((((((..((....((((((....((((.......(((((((........(((((...(((.(((((((((..(((((............)))))...........((((.....((((........))))......))))))))))))))))........)))))....)))))))))))....))))))((((((((((..(.......((((....))))....)...)))))))))).............((((..(((......((((((.((....))))))))...)))..))))....(((((((...((((.....((...............(((((((.(((((((.((((....(((((((((.(.(((.......((....((((.....))))....))....(((....)))))).).)))))(.((((..(((((((....))))))).....)))))..............(((((........)))))........(((((((((((((............(((....))).............((((((...((((.((((.((((..(((((((.......))))))).........((((((((((....((((.....))))....)))))))))).....(((..((((((((....(((((((((....)))))))))......))))))))..)))........(((((((((....)))))))))....))))..)))).)))).........))))))........(((((...((((((.(((((((............))))))).)))))))))))...)))))))))).)))................)))).....)))).))).)))).)))))))....(((...)))............((((((((.(((.(((..........(((((....(....).....)))))(..(((((((((((((.((((((..((((.(((((.((((..(((((...((..((((((((((........................))))))))))..))...)))))..)))).))))).))))....................((((..(((((....))))).))))))))))........)))))))..)))))).).............(((((((((.(((((.............((((((((....((((....)))).....)))))))).....(((.((.((((((...........((((........))))..)))))).))....))).((((((.......))))))...(((((......))))).(((((.......))))).......))))).....)).)))))))))).))).)))))))).....))....)))).((((((........)))))).........((((........))))(((((((((..((((((((.(((((((((((((((((((((((..........(((((..((((((((.(((((((((........)))))))))....))))))))............))))).)))))).))))))))))).............((((((((((....((.....(((((......(((..((.............))..)))..)))))....))....))))))))))(((((.(((((....)))))...))))))))))).)))))))..((.((((((((...........))))))))))...)..)))))))))...........((((((((......((((((...(.(.((.......((((((((.......)))))))).((((....)))))).)..)...))))))(((..((((...))))..)))..((((((((..((((.....((((.(((...((((((((..............(((((.......)))))(((...)))...))))))))..)))))))......((((((((((((((.(((((((.......))))))).)....((.........))....)))))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....((((..((((.(((........(((((((.....)))))))....)))..))))..)))).....(.((((((...(.(....).)..)))))).)(((((..........((((((((((....)))))..)))))........))))).(((....(((((............)))))....))).........((((((.....))))))(((((((((.......(((((((....)))))))(((((.......)))))..((.........((((((((.((((((((.............)))))))).......))))))))........))((((.(((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))).))))...........)))))))))......)))).........((((....))))))))))))......))))))))(((((......))))))))))))...))..)))))))...............'
#unafold
pred_4 = '..(((((.(((((.....((..(((.((((((((((((...((...((((........((((.................((..((((((.(((((((.....((((...........(((((((((((.(((....))).))))....)))))))(((((((..((((.....))))..)).))))).))))..(((((..((((.........))))..)))))................)))))))...))))))..)).................(((((((((....(((((((((((((((.......))))))).))))))))(((..(((.....((..(((((((.(((..((((.....(((((((...((((((((((................((((....))))......((((.....))))........)))))))))))))))))...))))..))).)))))))..))...)))..))).)))))))))......)))).....(((((((......))))))).))))..))...))))))).)))))..)))..))....((....))..)))))............(((.((((((......(((((((((((..(((((.......))))).....((((((....(((((((((((.(((((((..((((...))))..))))....))).)))))))))))((((((((((....((((((((((......(((((((((....((((((((((((((((((......((((((..((..(..((((((((((((....(((..(((((..(((.....)))..).))))..))).....)).))))))))))..)..)).)))))).)))))))))))))))))).......(((((((..((((((((((((((..((.((((((((.......))))))))..((..(((((((((((.(((((((....))))))))))))))))))..))..))......)))).))))))..))))..)))))))(((((((..((((((.((((.....((((((((.........(..(((((((....((((((((((...........(((((((((...(((((((......(((((.((..((((((((((((((..((....................((((...(((((((((((((....)))))))...))))))..)))).....(((((((((........)))...))))))..)).....((((((((((((..............))))).))).))))..))))))))))))))..))...(((((((...(((((((((((.........(((((((....)))))))....((.(((.(((.(((....)))))).))).))......)))))))))))...(((........))).)))))))......)))))....((....))....)))))))...))).))))))....(((((....)))))..)))))))))))))))))..).(((((..((.....))..)))))))))))))..........((((((((((.(((((....((((((...(((((((.(((..((...................((((((...(((.((((.........((((...((((....))))..)))).........)))).))).....)))))).(((((((((....(((((((((.......(((.....(((....)))......)))..(((((((((.((((.(((........))))).))........((((((...........))))))))))))))))))))))))..(((((((((((((........(((((....)))))......))))))))))).))........)))))))))..))..))).))))))).(((((((((.(((......(((((..(((...(((....)))....)))..........(((((..((((((.(((...(((((((..((((.......))))...))))))).....(((((...(((....)))..)))))..))).)))))).((((......((((((((....)))))))).....)))).)))))..))))).(((((........))))).)))....(((((((((((((..(((....((((.((((((...............((((......(((.((((((((((((.(((((.......)))))..........(((((((((((....((((.....))))....)))))))))))..(((((..((((((((..(((((((..((....))..))).))))...))))))))..))).)).....(((((((((....)))))))))))).))).)))))).)))(((((.....)))))......))))......(((((..(((..........)))..))))).)))))).)))).)))...)))))))))).)))............((((.((((((.(((......)))..(((((((.....)))).))).....................(((((((((((((.......((((......))))..((((((..(.(((((((((((((...((.((((.(((((.((((..(..(((((..(((..((((((((((..(((..(((.....)))..))).)))))))))).)))..))))))..)))).))))).)))).)).................((((..(((((....))))).))))..............)))))))..))))))........(((((..(((((((((...............((((((((((((....((((....)))).....)))))))..(((((((((...(((((....((((.((((((........)))))).)))).)))))...)))))))))..)))))...............(((.((((..((((((.......)))))).))))...))).....)).)))))))..)))))((((((((((...((((......((((((..((...(((((((......(((((((((........)))))))))......((((((((..((((.(((((((((((((((((..((.((((..((....(((((((((..((((((((......)))))))).....)))))))))....))...)))).))..)))))).))))))))))).(((((.......(((.(((((...(((((((..(((.....))).)))))))....)))))....(((....(((((((....)))))))...))).)))....(((((....)))))..)))))..))))..)))))))).((.((((((((...........)))))))))).....)))))))........(((..((((((((..((((.....(((....((((...((.((((((((((.....)))))))))).))...))))....)))...((((((((((...((((.(((((.......))))).......)))).))))))).))).....))))..))).)))))..))).))..)))))).....))))..)))))).))))....)..))))))...)))))))).)))))...)))))))))).))))).)))).....))))))....)))))..(((((..(..(((.((..((((...(((((((....))).))))......))))..)).)))..)..)))))....)))))))))).........)))).))))))..((((.(((((((....((((.......((((((.......))))))...(((((.((((((....)))))))))))....)))).....)))))))....))))...))))))).((((((........))))))........)))))))))..))))))))))...........(((((.(((((((((....((((((((.((((....))))...))))))))))))))))))))))....))))))))))(((.((((((((((............((((.((((((((((..(((((((((....)))))))))..)))))))))).)))).....(((((((........))))))).)))))))))))))))))))....)))).))))))).((((.((..(((((......)))))..))))))...)))))).))).))))).........'
# consensus
cutoff = 0.4
dbns = [pred_3, pred_4]
try:
cutoff, consensus = calc_consensus_secstruc_for_dbn(dbns, threshold=cutoff)
except ConflictInBasePairsError, error:
conflicting_bps = BasePairs(eval(str(error).split('\'')[1]))
solve_conflicts(conflicting_bps)
consensus_pred = conflicting_bps.toVienna(len(pred_3), 0)
self.assertTrue(type(consensus_pred), ViennaStructure)
else:
self.assertTrue(False)
class CalcConsensusSecstrucForBpsTests(TestCase):
"""
Tests for calc_consensus_secstruc_for_bps
"""
def setUp(self):
"""
"""
list_of_dbns = [ViennaStructure(x) for x in SECSTRUCS]
def test_solve_conflicts_even_more_conflicting_base_pairs(self):
"""solve_conflicts - nested conflict
"""
combinations = solve_conflicts(self.even_more_conflicting_bps)
self.assertEqual(combinations, self.even_more_ref_combinations)
def test_solve_conflicts_no_conflicts(self):
"""solve_conflicts - no conflicts in input
"""
combinations = solve_conflicts(BasePairs([(1,2),(3,4),(5,6)]))
self.assertEqual(combinations, [[(1,2),(3,4),(5,6)], []])
def test_solve_conflicts_of_conflicting_base_pairs(self):
"""solve_conflicts - single conflict
"""
combinations = solve_conflicts(self.conflicting_bps)
self.assertEqual(combinations, self.ref_combinations)