).with_fitness_value(1),
)
population2 = (
stk.MoleculeRecord(
topology_graph=get_topology_graph(7),
).with_fitness_value(100),
stk.MoleculeRecord(
topology_graph=get_topology_graph(8),
).with_fitness_value(1),
)
@pytest.fixture(
params=(
CaseData(
selector=stk.AboveAverage(),
population=population1,
selected=(
stk.Batch(
records=(population1[0], ),
fitness_values={population1[0]: 10},
key_maker=stk.Inchi(),
),
stk.Batch(
records=(population1[0], ),
fitness_values={population1[0]: 10},
key_maker=stk.Inchi(),
),
stk.Batch(
records=(population1[1], ),
fitness_values={population1[1]: 9},
# Create the initial population.
population_size = 25
population = stk.EAPopulation.init_random(
building_blocks=[amines, aldehydes],
topology_graphs=[stk.cage.FourPlusSix()],
size=population_size,
random_seed=random_seed,
use_cache=True,
)
# #####################################################################
# Selector for selecting the next generation.
# #####################################################################
generation_selector = stk.Sequence(
stk.AboveAverage(duplicate_mols=False),
stk.RemoveMolecules(
remover=stk.AboveAverage(duplicate_mols=False),
selector=stk.Roulette(
duplicate_mols=False,
random_seed=random_seed,
),
),
num_batches=population_size,
)
# #####################################################################
# Selector for selecting parents.
# #####################################################################
crossover_selector = stk.StochasticUniversalSampling(
size=25,
use_cache=True)
# #####################################################################
# Selector for selecting the next generation.
# #####################################################################
generation_selector = stk.SelectorSequence(
stk.Fittest(num_batches=3, duplicates=False),
stk.Roulette(num_batches=22, duplicates=False))
# #####################################################################
# Selector for selecting parents.
# #####################################################################
crossover_selector = stk.AboveAverage(num_batches=5, batch_size=2)
# #####################################################################
# Selector for selecting molecules for mutation.
# #####################################################################
mutation_selector = stk.SelectorFunnel(
stk.AboveAverage(num_batches=10, duplicates=False),
stk.Roulette(num_batches=5))
# #####################################################################
# Crosser.
# #####################################################################
crosser = stk.Jumble(num_offspring_building_blocks=3)