Ejemplos de TFSeqTools.slice_to_ref en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: testTFSeqTools.py Proyecto: JudoWill/PySeqUtils

def test_slice_to_ref():

    test_base = 'ACTGTTgggTTGCGTA'
    test_ref = 'ACTGTTTTGCGTA'

    start = 4
    stop = 8

    res = TFSeqTools.slice_to_ref(test_ref, start, stop, test_ref)
    yield eq_, test_ref[4:8].lower(), res.lower(), 'Simple Slice is wrong!'

    expect = 'TTgggTT'
    res = TFSeqTools.slice_to_ref(test_ref, start, stop, test_base)
    yield eq_, expect.lower(), res.lower(), 'Aligned Slice is wrong!'

Ejemplo n.º 2

Archivo: LTRgraphs.py Proyecto: JudoWill/ResearchNotebooks

def region_extractor(conb_ltr, start, stop, seq):
    oseq = TFSeqTools.slice_to_ref(seq, conb_ltr, start, stop)
    nseq = oseq.replace('-', '')
    if len(nseq):
        return nseq
    else:
        return np.nan