Ejemplos de Church en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: demo_case_basic_feature.py Proyecto: smeanapole/Chamaeleo

from Chamaeleo.methods.fixed import Church, Goldman, Grass, Blawat
from Chamaeleo.methods.flowed import DNAFountain, YinYangCode

from Chamaeleo.utils.pipelines import BasicFeaturePipeline

if __name__ == "__main__":
    root_path = os.path.dirname(Chamaeleo.__file__)

    file_paths = {
        "Mona Lisa.jpg":
        os.path.join(root_path, "data", "pictures", "Mona Lisa.jpg")
    }

    coding_schemes = {
        "Base": BaseCodingAlgorithm(),
        "Church et al.": Church(),
        "Goldman et al.": Goldman(),
        "Grass et al.": Grass(),
        "Blawat et al.": Blawat(),
        "DNA Fountain": DNAFountain(redundancy=0.5),
        "Yin-Yang Code": YinYangCode(),
    }
    needed_indices = [True, True, True, True, True, False, True]

    pipeline = BasicFeaturePipeline(coding_schemes=coding_schemes,
                                    needed_indices=needed_indices,
                                    file_paths=file_paths,
                                    segment_length=100,
                                    need_logs=True)

    pipeline.calculate()

Ejemplo n.º 2

Archivo: test_trans_church.py Proyecto: smeanapole/Chamaeleo

 def setUp(self):
     random.seed(30)
     self.tool = Church(need_logs=False)
     self.tool.segment_length = 160
     self.test_list = [[random.randint(0, 1) for _ in range(160)] for _ in range(4)]

Ejemplo n.º 3

if __name__ == "__main__":
    root_path = os.path.dirname(Chamaeleo.__file__)
    read_file_path = os.path.join(root_path, "data", "pictures",
                                  "Mona Lisa.jpg")

    current_path = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
    generated_file_path = os.path.join(current_path, "generated_files")
    dna_path = os.path.join(generated_file_path, "target.dna")

    feature_log_path = os.path.join(root_path, "examples", "log_files",
                                    "seq_features.logs")
    robustness_log_path = os.path.join(root_path, "examples", "log_files",
                                       "robustness.logs")

    coding_schemes = {"Base": BaseCodingAlgorithm(), "Church et al.": Church()}

    pipeline = OptimalChoicePipeline(coding_schemes=coding_schemes,
                                     feature_log_path=feature_log_path,
                                     robustness_log_path=robustness_log_path)

    pipeline.calculate_best()

    pipeline.output_records(
        selected_coding_scheme="Church et al.",
        error_correction=None,
        input_path=read_file_path,
        output_path=dna_path,
        segment_length=120,
        needed_index=True,
        need_logs=True,

Ejemplo n.º 4

Archivo: test_trans_church.py Proyecto: smeanapole/Chamaeleo

class TestEncodeDecode(unittest.TestCase):

    def setUp(self):
        random.seed(30)
        self.tool = Church(need_logs=False)
        self.tool.segment_length = 160
        self.test_list = [[random.randint(0, 1) for _ in range(160)] for _ in range(4)]

    def test_list_to_sequence(self):
        dna_sequences = self.tool.silicon_to_carbon(self.test_list, 160 * 4).get("dna")
        self.assertEqual(dna_sequences, [
            ['T', 'C', 'C', 'T', 'C', 'G', 'G', 'A', 'A', 'T', 'A', 'A', 'A', 'C', 'C', 'T', 'G', 'C', 'T', 'A', 'C',
             'G', 'T', 'A', 'T', 'C', 'G', 'T', 'C', 'T', 'G', 'G', 'C', 'C', 'C', 'G', 'C', 'C', 'G', 'T', 'C', 'A',
             'G', 'T', 'G', 'G', 'T', 'C', 'C', 'C', 'G', 'G', 'T', 'G', 'T', 'G', 'A', 'A', 'C', 'G', 'G', 'A', 'C',
             'G', 'T', 'T', 'G', 'G', 'G', 'T', 'T', 'T', 'G', 'C', 'A', 'T', 'G', 'A', 'A', 'A', 'G', 'C', 'T', 'T',
             'A', 'T', 'C', 'A', 'G', 'G', 'T', 'T', 'C', 'C', 'G', 'A', 'G', 'C', 'A', 'G', 'G', 'A', 'A', 'G', 'A',
             'T', 'C', 'T', 'G', 'C', 'T', 'T', 'A', 'T', 'T', 'C', 'T', 'G', 'T', 'A', 'A', 'C', 'G', 'T', 'G', 'A',
             'A', 'C', 'T', 'A', 'C', 'G', 'C', 'C', 'C', 'G', 'A', 'A', 'T', 'T', 'C', 'G', 'A', 'C', 'A', 'A', 'A',
             'G', 'A', 'A', 'G', 'C', 'A', 'C', 'T', 'G', 'C', 'G', 'A', 'T'],
            ['T', 'A', 'G', 'T', 'C', 'G', 'T', 'A', 'T', 'T', 'C', 'G', 'A', 'C', 'A', 'T', 'C', 'C', 'A', 'C', 'T',
             'T', 'C', 'A', 'G', 'C', 'T', 'T', 'G', 'G', 'G', 'A', 'C', 'C', 'C', 'A', 'C', 'A', 'A', 'T', 'C', 'G',
             'A', 'G', 'G', 'T', 'C', 'C', 'C', 'A', 'G', 'G', 'T', 'A', 'G', 'A', 'T', 'A', 'C', 'G', 'G', 'A', 'G',
             'G', 'T', 'C', 'A', 'A', 'G', 'A', 'G', 'A', 'T', 'G', 'G', 'A', 'C', 'G', 'C', 'T', 'T', 'C', 'C', 'A',
             'C', 'C', 'G', 'T', 'C', 'A', 'A', 'A', 'C', 'A', 'A', 'G', 'C', 'A', 'C', 'C', 'G', 'G', 'A', 'A', 'T',
             'A', 'T', 'C', 'T', 'A', 'A', 'C', 'T', 'T', 'A', 'C', 'C', 'A', 'A', 'A', 'G', 'A', 'G', 'A', 'C', 'T',
             'C', 'G', 'G', 'T', 'T', 'C', 'C', 'G', 'A', 'C', 'G', 'G', 'T', 'C', 'G', 'C', 'G', 'G', 'A', 'A', 'A',
             'C', 'A', 'G', 'G', 'T', 'C', 'C', 'A', 'C', 'C', 'C', 'G', 'C'],
            ['T', 'A', 'A', 'T', 'G', 'T', 'C', 'T', 'C', 'A', 'T', 'T', 'G', 'G', 'T', 'G', 'G', 'G', 'A', 'A', 'T',
             'G', 'C', 'A', 'A', 'A', 'G', 'G', 'G', 'T', 'A', 'G', 'T', 'A', 'G', 'G', 'T', 'A', 'T', 'T', 'T', 'G',
             'T', 'G', 'G', 'C', 'T', 'T', 'C', 'C', 'G', 'G', 'A', 'C', 'G', 'C', 'T', 'C', 'A', 'T', 'A', 'A', 'C',
             'T', 'A', 'G', 'G', 'T', 'T', 'A', 'T', 'G', 'G', 'G', 'T', 'C', 'A', 'C', 'A', 'C', 'C', 'A', 'C', 'C',
             'A', 'T', 'G', 'T', 'C', 'C', 'G', 'A', 'G', 'T', 'C', 'T', 'A', 'A', 'A', 'G', 'G', 'G', 'T', 'A', 'C',
             'C', 'G', 'C', 'A', 'T', 'T', 'A', 'T', 'C', 'T', 'A', 'A', 'T', 'T', 'T', 'A', 'T', 'A', 'C', 'T', 'C',
             'C', 'G', 'G', 'C', 'C', 'C', 'A', 'A', 'T', 'T', 'G', 'G', 'G', 'A', 'T', 'G', 'G', 'C', 'G', 'G', 'G',
             'A', 'C', 'G', 'T', 'T', 'G', 'C', 'T', 'T', 'C', 'A', 'T', 'C'],
            ['C', 'T', 'T', 'A', 'G', 'G', 'A', 'G', 'T', 'A', 'G', 'C', 'C', 'C', 'G', 'T', 'T', 'G', 'T', 'C', 'C',
             'C', 'G', 'A', 'T', 'C', 'T', 'G', 'T', 'G', 'C', 'C', 'C', 'G', 'T', 'C', 'C', 'C', 'A', 'G', 'C', 'T',
             'T', 'A', 'G', 'A', 'G', 'C', 'T', 'C', 'C', 'T', 'C', 'T', 'A', 'G', 'G', 'C', 'T', 'G', 'C', 'T', 'C',
             'A', 'C', 'C', 'C', 'A', 'A', 'C', 'T', 'A', 'C', 'C', 'A', 'C', 'T', 'C', 'T', 'G', 'T', 'G', 'G', 'A',
             'T', 'C', 'T', 'A', 'G', 'T', 'T', 'C', 'A', 'T', 'A', 'A', 'C', 'A', 'A', 'T', 'C', 'C', 'G', 'G', 'T',
             'C', 'G', 'C', 'T', 'C', 'T', 'A', 'G', 'C', 'A', 'T', 'G', 'C', 'T', 'C', 'A', 'C', 'A', 'A', 'T', 'G',
             'A', 'A', 'T', 'C', 'C', 'G', 'A', 'A', 'T', 'C', 'G', 'A', 'T', 'A', 'T', 'G', 'G', 'T', 'A', 'A', 'T',
             'G', 'A', 'G', 'G', 'C', 'A', 'A', 'T', 'C', 'G', 'G', 'T', 'G']
        ])

    def test_sequence_to_list(self):
        bit_segments = self.tool.carbon_to_silicon([
            ['T', 'C', 'C', 'T', 'C', 'G', 'G', 'A', 'A', 'T', 'A', 'A', 'A', 'C', 'C', 'T', 'G', 'C', 'T', 'A', 'C',
             'G', 'T', 'A', 'T', 'C', 'G', 'T', 'C', 'T', 'G', 'G', 'C', 'C', 'C', 'G', 'C', 'C', 'G', 'T', 'C', 'A',
             'G', 'T', 'G', 'G', 'T', 'C', 'C', 'C', 'G', 'G', 'T', 'G', 'T', 'G', 'A', 'A', 'C', 'G', 'G', 'A', 'C',
             'G', 'T', 'T', 'G', 'G', 'G', 'T', 'T', 'T', 'G', 'C', 'A', 'T', 'G', 'A', 'A', 'A', 'G', 'C', 'T', 'T',
             'A', 'T', 'C', 'A', 'G', 'G', 'T', 'T', 'C', 'C', 'G', 'A', 'G', 'C', 'A', 'G', 'G', 'A', 'A', 'G', 'A',
             'T', 'C', 'T', 'G', 'C', 'T', 'T', 'A', 'T', 'T', 'C', 'T', 'G', 'T', 'A', 'A', 'C', 'G', 'T', 'G', 'A',
             'A', 'C', 'T', 'A', 'C', 'G', 'C', 'C', 'C', 'G', 'A', 'A', 'T', 'T', 'C', 'G', 'A', 'C', 'A', 'A', 'A',
             'G', 'A', 'A', 'G', 'C', 'A', 'C', 'T', 'G', 'C', 'G', 'A', 'T'],
            ['T', 'A', 'G', 'T', 'C', 'G', 'T', 'A', 'T', 'T', 'C', 'G', 'A', 'C', 'A', 'T', 'C', 'C', 'A', 'C', 'T',
             'T', 'C', 'A', 'G', 'C', 'T', 'T', 'G', 'G', 'G', 'A', 'C', 'C', 'C', 'A', 'C', 'A', 'A', 'T', 'C', 'G',
             'A', 'G', 'G', 'T', 'C', 'C', 'C', 'A', 'G', 'G', 'T', 'A', 'G', 'A', 'T', 'A', 'C', 'G', 'G', 'A', 'G',
             'G', 'T', 'C', 'A', 'A', 'G', 'A', 'G', 'A', 'T', 'G', 'G', 'A', 'C', 'G', 'C', 'T', 'T', 'C', 'C', 'A',
             'C', 'C', 'G', 'T', 'C', 'A', 'A', 'A', 'C', 'A', 'A', 'G', 'C', 'A', 'C', 'C', 'G', 'G', 'A', 'A', 'T',
             'A', 'T', 'C', 'T', 'A', 'A', 'C', 'T', 'T', 'A', 'C', 'C', 'A', 'A', 'A', 'G', 'A', 'G', 'A', 'C', 'T',
             'C', 'G', 'G', 'T', 'T', 'C', 'C', 'G', 'A', 'C', 'G', 'G', 'T', 'C', 'G', 'C', 'G', 'G', 'A', 'A', 'A',
             'C', 'A', 'G', 'G', 'T', 'C', 'C', 'A', 'C', 'C', 'C', 'G', 'C'],
            ['T', 'A', 'A', 'T', 'G', 'T', 'C', 'T', 'C', 'A', 'T', 'T', 'G', 'G', 'T', 'G', 'G', 'G', 'A', 'A', 'T',
             'G', 'C', 'A', 'A', 'A', 'G', 'G', 'G', 'T', 'A', 'G', 'T', 'A', 'G', 'G', 'T', 'A', 'T', 'T', 'T', 'G',
             'T', 'G', 'G', 'C', 'T', 'T', 'C', 'C', 'G', 'G', 'A', 'C', 'G', 'C', 'T', 'C', 'A', 'T', 'A', 'A', 'C',
             'T', 'A', 'G', 'G', 'T', 'T', 'A', 'T', 'G', 'G', 'G', 'T', 'C', 'A', 'C', 'A', 'C', 'C', 'A', 'C', 'C',
             'A', 'T', 'G', 'T', 'C', 'C', 'G', 'A', 'G', 'T', 'C', 'T', 'A', 'A', 'A', 'G', 'G', 'G', 'T', 'A', 'C',
             'C', 'G', 'C', 'A', 'T', 'T', 'A', 'T', 'C', 'T', 'A', 'A', 'T', 'T', 'T', 'A', 'T', 'A', 'C', 'T', 'C',
             'C', 'G', 'G', 'C', 'C', 'C', 'A', 'A', 'T', 'T', 'G', 'G', 'G', 'A', 'T', 'G', 'G', 'C', 'G', 'G', 'G',
             'A', 'C', 'G', 'T', 'T', 'G', 'C', 'T', 'T', 'C', 'A', 'T', 'C'],
            ['C', 'T', 'T', 'A', 'G', 'G', 'A', 'G', 'T', 'A', 'G', 'C', 'C', 'C', 'G', 'T', 'T', 'G', 'T', 'C', 'C',
             'C', 'G', 'A', 'T', 'C', 'T', 'G', 'T', 'G', 'C', 'C', 'C', 'G', 'T', 'C', 'C', 'C', 'A', 'G', 'C', 'T',
             'T', 'A', 'G', 'A', 'G', 'C', 'T', 'C', 'C', 'T', 'C', 'T', 'A', 'G', 'G', 'C', 'T', 'G', 'C', 'T', 'C',
             'A', 'C', 'C', 'C', 'A', 'A', 'C', 'T', 'A', 'C', 'C', 'A', 'C', 'T', 'C', 'T', 'G', 'T', 'G', 'G', 'A',
             'T', 'C', 'T', 'A', 'G', 'T', 'T', 'C', 'A', 'T', 'A', 'A', 'C', 'A', 'A', 'T', 'C', 'C', 'G', 'G', 'T',
             'C', 'G', 'C', 'T', 'C', 'T', 'A', 'G', 'C', 'A', 'T', 'G', 'C', 'T', 'C', 'A', 'C', 'A', 'A', 'T', 'G',
             'A', 'A', 'T', 'C', 'C', 'G', 'A', 'A', 'T', 'C', 'G', 'A', 'T', 'A', 'T', 'G', 'G', 'T', 'A', 'A', 'T',
             'G', 'A', 'G', 'G', 'C', 'A', 'A', 'T', 'C', 'G', 'G', 'T', 'G']
        ]).get("bit")

        self.assertEqual(bit_segments, self.test_list)