Ejemplos de TestFile en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: line_select_tests.py Proyecto: yuzhenpeng/bx-python

class Test(base.BaseScriptTest, unittest.TestCase):
    command_line = "./scripts/line_select.py ${features}"
    input_features = base.TestFile("""0
                                       1
                                       1
                                       0
                                       1
                                       0""")
    input_stdin = base.TestFile("""a
                                    b

                                    d
                                    e
                                    f""")
    output_stdout = base.TestFile("""b

                                      e""")

Ejemplo n.º 2

Archivo: bnMapper_tests.py Proyecto: yuzhenpeng/bx-python

class Test1(base.BaseScriptTest, unittest.TestCase):
    command_line = "./scripts/out_to_chain.py ./test_data/epo_tests/epo_547_hs_mm_12way_mammals_65.out --chrsizes ./test_data/epo_tests/hg19.chrom.sizes ./test_data/epo_tests/mm9.chrom.sizes"
    command_line = "./scripts/bnMapper.py ./test_data/epo_tests/hpeaks.bed ./test_data/epo_tests/epo_547_hs_mm_12way_mammals_65.chain"
    output_stdout = base.TestFile(filename="./test_data/epo_tests/hpeaks.mapped.bed4")

Ejemplo n.º 3

Archivo: bnMapper_tests.py Proyecto: yuzhenpeng/bx-python

class Test7(base.BaseScriptTest, unittest.TestCase):
    command_line = "./scripts/bnMapper.py ./test_data/epo_tests/hg19_one_peak.bed ./test_data/epo_tests/hg19.mm9.rBest.chain.gz"
    output_stdout = base.TestFile(filename="./test_data/epo_tests/hg19_one_peak.mapped.bed")

Ejemplo n.º 4

Archivo: bnMapper_tests.py Proyecto: yuzhenpeng/bx-python

class Test6(base.BaseScriptTest, unittest.TestCase):
    command_line = "./scripts/bnMapper.py -g9 -t0.7 ./test_data/epo_tests/hpeaks.bed ./test_data/epo_tests/epo_547_hs_mm_12way_mammals_65.chain"
    output_stdout = base.TestFile(filename="./test_data/epo_tests/hpeaks.mapped.nopeak2.bed4")

Ejemplo n.º 5

Archivo: maf_extract_ranges_indexed_tests.py Proyecto: yuzhenpeng/bx-python

class Test(base.BaseScriptTest, unittest.TestCase):
    command_line = "./scripts/maf_extract_ranges_indexed.py ./test_data/maf_tests/mm8_chr7_tiny.maf -c -m 5 -p mm8. < ${bed}"
    input_bed = base.TestFile(
        filename="./test_data/maf_tests/dcking_ghp074.bed")
    output_stdout = base.TestFile(
        filename="./test_data/maf_tests/dcking_ghp074.maf")

Ejemplo n.º 6

class Test1(base.BaseScriptTest, unittest.TestCase):
    command_line = "./scripts/maf_build_index.py ${maf} ${maf_index}"
    input_maf = base.TestFile(
        filename="./test_data/maf_tests/mm8_chr7_tiny.maf")
    output_maf_index = base.TestFile(
        filename="./test_data/maf_tests/mm8_chr7_tiny.maf.index")

Ejemplo n.º 7

class Test(base.BaseScriptTest, unittest.TestCase):
    command_line = "./scripts/lzop_build_offset_table.py"
    input_stdin = base.TestFile(
        filename="./test_data/maf_tests/mm8_chr7_tiny.maf.lzo")
    output_stdout = base.TestFile(
        filename="./test_data/maf_tests/mm8_chr7_tiny.maf.lzot")