Ejemplos de from_world en Python

Ejemplo n.º 1

def run(args):
    """Run a CWL preparation pipeline.
    """
    dirs, config, run_info_yaml = run_info.prep_system(args.sample_config,
                                                       args.systemconfig)
    world = run_info.organize(dirs, config, run_info_yaml)
    create.from_world(world, run_info_yaml)

Ejemplo n.º 2

Archivo: main.py Proyecto: dlorson/bcbio-nextgen

def run(args):
    """Run a CWL preparation pipeline.
    """
    dirs, config, run_info_yaml = run_info.prep_system(args.sample_config, args.systemconfig)
    integrations = args.integrations if hasattr(args, "integrations") else {}
    world = run_info.organize(dirs, config, run_info_yaml, add_provenance=False, integrations=integrations)
    create.from_world(world, run_info_yaml)

Ejemplo n.º 3

Archivo: main.py Proyecto: chapmanb/bcbio-nextgen

def run(args):
    """Run a CWL preparation pipeline.
    """
    dirs, config, run_info_yaml = run_info.prep_system(args.sample_config, args.systemconfig)
    integrations = args.integrations if hasattr(args, "integrations") else {}
    world = run_info.organize(dirs, config, run_info_yaml, is_cwl=True, integrations=integrations)
    create.from_world(world, run_info_yaml, integrations=integrations, add_container_tag=args.add_container_tag)

Ejemplo n.º 4

def run(args):
    """Run a CWL preparation pipeline.
    """
    dirs, config, run_info_yaml = run_info.prep_system(args.sample_config, args.systemconfig)
    integrations = args.integrations if hasattr(args, "integrations") else {}
    world = run_info.organize(dirs, config, run_info_yaml, add_provenance=False, integrations=integrations)
    create.from_world(world, run_info_yaml, integrations=integrations)

Ejemplo n.º 5

Archivo: multitasks.py Proyecto: rndw/bcbio-nextgen

def create_cwl(*args):
    return cwl_create.from_world(*args)

Ejemplo n.º 6

Archivo: multitasks.py Proyecto: gifford-lab/bcbio-nextgen

def create_cwl(*args):
    return cwl_create.from_world(*args)

Ejemplo n.º 7

Archivo: main.py Proyecto: Cyberbio-Lab/bcbio-nextgen

def run(args):
    """Run a CWL preparation pipeline.
    """
    dirs, config, run_info_yaml = run_info.prep_system(args.sample_config, args.systemconfig)
    world = run_info.organize(dirs, config, run_info_yaml, add_provenance=False)
    create.from_world(world, run_info_yaml)