Ejemplos de modularity_finetune_und en Python

Ejemplo n.º 1

Archivo: modularity_tests.py Proyecto: talcloud/bctpy

def test_modularity_finetune_und():
    x = load_sample(thres=.4)

    seed = 94885236
    _, q = bct.modularity_finetune_und(x, seed=seed)
    assert np.allclose(q, .25879794)

    fails = 0
    for i in range(100):
        _, q = bct.modularity_finetune_und(x)
        try:
            assert np.allclose(q, .25, atol=0.03)
        except AssertionError:
            if fails >= 5:
                raise
            else:
                fails += 1

    seed = 71040925
    ci, oq = bct.modularity_louvain_und(x, seed=seed)
    _, q = bct.modularity_finetune_und(x, ci=ci, seed=seed)
    print(q, oq)
    # assert np.allclose(q, .25892588)
    assert np.allclose(q, .25856714)
    assert q - oq >= -1e6

    ci, oq = bct.modularity_und(x)
    for i in range(100):
        _, q = bct.modularity_finetune_und(x, ci=ci)
        assert np.allclose(q, .25, atol=0.002)
        assert q - oq >= -1e6

Ejemplo n.º 2

Archivo: modularity_tests.py Proyecto: Bigxiaofeng/bctpy

def test_modularity_finetune_und():
    x = load_sample(thres=.4)

    seed = 94885236
    _, q = bct.modularity_finetune_und(x, seed=seed)
    assert np.allclose(q, .25879794)

    fails = 0
    for i in range(100):
        _, q = bct.modularity_finetune_und(x)
        try:
            assert np.allclose(q, .25, atol=0.03)
        except AssertionError:
            if fails >= 5:
                raise
            else:
                fails += 1

    seed = 71040925
    ci, oq = bct.modularity_louvain_und(x, seed=seed)
    _, q = bct.modularity_finetune_und(x, ci=ci, seed=seed)
    print(q, oq)
    # assert np.allclose(q, .25892588)
    assert np.allclose(q, .25856714)
    assert q - oq >= -1e6

    ci, oq = bct.modularity_und(x)
    for i in range(100):
        _, q = bct.modularity_finetune_und(x, ci=ci)
        assert np.allclose(q, .25, atol=0.002)
        assert q - oq >= -1e6

Ejemplo n.º 3

Archivo: modularity_tests.py Proyecto: poldrack/bctpy

def test_modularity_louvain_und():
	x = load_sample(thres=.4)

	seed = 38429004
	_,q = bct.modularity_louvain_und(x, seed=seed)
	assert np.allclose(q, 0.25892588)

	fails = 0
	for i in xrange(100):
		ci,q = bct.modularity_louvain_und(x)
		try:
			assert np.allclose(q, .25, atol=0.01)
		except AssertionError:
			if fails>=5: raise
			else: fails+=1

	seed = 94885236
	_,q = bct.modularity_finetune_und(x, seed=seed)
	assert np.allclose(q, .25879794)

Ejemplo n.º 4

Archivo: modularity_tests.py Proyecto: talcloud/bctpy

def test_modularity_louvain_und():
    x = load_sample(thres=.4)

    seed = 38429004
    _, q = bct.modularity_louvain_und(x, seed=seed)
    assert np.allclose(q, 0.25892588)

    fails = 0
    for i in range(100):
        ci, q = bct.modularity_louvain_und(x)
        try:
            assert np.allclose(q, .25, atol=0.01)
        except AssertionError:
            if fails >= 5:
                raise
            else:
                fails += 1

    seed = 94885236
    _, q = bct.modularity_finetune_und(x, seed=seed)
    assert np.allclose(q, .25879794)

Ejemplo n.º 5

Archivo: graph.py Proyecto: aestrivex/cvu

def calculate_modules(adj):
    ci,_ = bct.modularity_louvain_und(adj)
    ci2,_ = bct.modularity_finetune_und(adj, ci=ci)
    return ci2

Ejemplo n.º 6

Archivo: graph.py Proyecto: rick-mukherjee-z/cvu

def calculate_modules(adj):
    ci, _ = bct.modularity_louvain_und(adj)
    ci2, _ = bct.modularity_finetune_und(adj, ci=ci)
    return ci2